認知科學涉及的很多重大問題在過去都是哲學問題，哲學家處理這些問題通常是從常識性的觀察入手，通過思辨來發展和豐富其理論，然後再與常識或直覺進行比對。認知科學藉助科學儀器和更為可靠的觀察方法系統地收集經驗數據，通過建立各種計算和數學的模型來推進理論的發展，再利用實驗來對各種假說或模型進行檢驗。就研究方法而言，認知科學的出現無疑帶來了進步，促進了對人類心智奧秘的探索和了解。
如今，認知科學已侵襲到了幾乎所有哲學分支的領地，從形上學（心身問題、自由意志問題）和認識論（知識的來源、自我知識、他心問題）到倫理學（道德推理和判斷的認知機制）和宗教哲學（宗教起源的認知基礎），更不用說心靈哲學和語言哲學這些本身就與對心智本性的理解密不可分的哲學探討，甚至對哲學的研究方法也帶來了強烈的衝擊（實驗哲學的興起）。本文無法對認知科學對哲學造成的影響進行全面的回顧和分析，只擬對天賦知識與觀念、合理性問題和自由意志問題略作介紹，以求部分地展示認知科學對相關的哲學研究帶來的改變。
人的觀念（概念）和知識從何而來？這是一個古老的哲學問題。對這個問題的回答，在哲學史上一直存在著兩大門派之爭。自柏拉圖以降的唯理論者（重要的歷史人物包括笛卡爾和萊布尼茲）認為，人的知識是與生俱來的，而不是通過感官從經驗中習得的，來自外部的經驗刺激所起的作用不過是「觸發」心智中先天就已具有的觀念和知識。而以英國經驗論者（包括洛克、休謨、貝克萊和密爾等，亞里斯多德在一定程度上可以被視為這一派的思想先驅）則堅信人的觀念和知識來源於感官經驗，人是通過經驗從環境中獲得關於外部世界的知識的。近代科學革命以後，經驗論逐漸佔得上風，這一狀況直到上個世紀五十年代因喬姆斯基的工作而發生了重大轉變。喬姆斯基指出，兒童在成長過程中接受的語言方面的經驗學習十分有限，但卻能在很小的年齡具備相當強的語言能力，他們關於語法規則的知識不大可能經由經驗學習而獲得，而是先天地具有複雜的語言知識。福多進一步發展了這一先天論思想，主張人的大部分簡單概念是與生俱來的。發展心理學在過去三十餘年取得了長足的進步，發展了不少巧妙的實驗方法來探究兒童（包括嬰兒）的心理世界。一些心理學家認為，出生不久的嬰兒（從出生後數個小時到十幾個月）實際上已具有了一些核心領域的概念和知識，這些核心領域包括物理對象、數字、因果關係和社會關係等，而這些「核心概念」或「核心知識」很可能是先天得來的，為後面的經驗學習提供了必要的基礎，但並非所有的概念都是與生俱來的，仍有大量的概念和知識是通過後天學習得來的。 當然，如何解讀這些實驗結果還存在著很多爭議，即便是對「天賦」、「習得」這些基本概念也存在著不同的理解。但無論如何，這樣一個古老的哲學問題在認知科學迅猛發展的今天，正逐步轉變為一個經驗問題，關於這個問題的討論離不開語言學、兒童心理學和進化心理學的參與。
長期以來，理性（reason）與合理性（rationality）一直是哲學特別關注的對象，而這通常被視為人類所具有的獨一無二的特徵。哲學家和社會科學（包括經濟學與社會學等）領域的學者致力於刻畫合理性的基本特徵，藉助邏輯學、概率理論和其它形式化工具發展出關於合理性的規範性理論。然而，從上個世紀六十年代起，心理學家不斷發現人們在日常生活中進行判斷和決策時並未很好地遵循學者們所刻畫的合理性規範，而是採用許多簡單易用的經驗法則和竅門來形成判斷和決定，而且時常會使用情緒和直覺而不是推理來完成相應的任務。這一現象引起了關於合理性的大論戰，哲學家、心理學家和社會科學家紛紛介入其中。 一些新的關於合理性的看法，如「受限的合理性」（bounded rationality）、「生態學合理性」（ecological rationality）和「社會合理性」（social rationality）等，相繼浮出水面，其共同點是：關於人類的合理性的理解，不能脫離人的心智結構和能力，也不能忽視人所處的物質環境和社會環境。認知科學已經深刻地影響了我們今天對於什麼是理性、合理性以及關於人性的基本看法。
人是否具有自由意志？這是一個歷史悠久的哲學問題。如果我們生活的這個世界，包括人本身，如同經典物理學和現代遺傳學所描繪的那樣，是一個完全符合決定論的世界，那麼人的選擇和行動還是自由的嗎？某人的選擇和行動難道不是由（此人出生）之前的事態和自然定律預先確定好了的嗎？人自以為是因為自己有意識的思考和決策而導致了自己的行為，或許這不過是個幻覺而已？自由意志問題除了關乎對於人性的基本理解，還與道德責任的基礎、人的尊嚴與價值等問題密切相關。哲學家對於什麼是自由的選擇和自由的行動、意志的自由是否與決定論相容等問題討論了上千年，眾說紛紜，相持不下。最近，認知科學開始進駐這片領地，心理學和神經科學為處理關於自由意志的哲學難題帶來了新的視野和新的素材。 神經科學家班傑明•利伯特在實驗中發現，當實驗受試依造自己的決定和節拍移動肢體的時候，與之相關的特定的腦電波在受試者自己意識到該決定之前的350毫秒就已經發生了，這似乎表明我們自認為是自主的、自由的選擇和行動實際上是由無意識的大腦活動決定的。心理學家丹尼爾•魏格勒（Daniel Wegner）則認為人們認為是自己的意識導致了自己的行動，這確實只不過是一個幻覺而已。 這樣一些實驗發現和關於自由意志的論點引發了激烈的討論，最近在《自然》雜誌上發表的一則報導這樣寫到：「科學家認為他們能夠證明自由意志是幻覺，而哲學家則敦促他們要多想一想」。確實，無論是對一些基本概念（如決定、意圖、自主、自由等）的理解和運用，還是對實驗結果的詮釋，都還存在著諸多疑點和爭議，就此斷定自由意志不存在或者只是幻覺，還為時過早。
認知科學進駐哲學的許多傳統領地，這是一個無法避免和逆轉的趨勢。採取「鴕鳥政策」無視這一狀況，或者因循守舊地一味抗拒，並非哲學所應該具有的明智態度。認知科學帶來了新的見解、觀點和研究手段，促進了人們對許多困難的哲學問題的研究和思考，改變了在當代探討這些問題的基本面貌。
在過去的五十多年裡，哲學一直是認知科學的一個活躍成員，擔當了多重角色，為推動認知科學發展起到了重要作用，哲學家的貢獻也得到了認知科學界的普遍認可。 認知科學在不斷發展壯大的過程中，越來越多地進佔了哲學的傳統領地，為探討和解決歷史悠久的哲學問題注入了新的活力。五十年的時光，對於人生來說是一段悠長的歲月，而對於人類歷史而言只不過是短暫的一瞬間。但哲學與認知科學能夠坦誠攜手、風雨同舟地一路走來，其中確有不少耐人尋味之處值得品評和思考。 至於哲學是否能在認知科學中擁有一個永久席位，是否會隨著認知科學成為一門成熟的、統一的科學而漸漸淡出，認知科學的不斷發展和擴張是否會令哲學喪失自己的領地，這些問題已超出了本文討論的範圍。