截止到2013年底，潼南區有2個街道、20個鎮。為梓潼街道、桂林街道、上和鎮、龍形鎮、古溪鎮、寶龍鎮、玉溪鎮、米心鎮、群力鎮、雙江鎮、花巖鎮、柏梓鎮、崇龕鎮、塘壩鎮、新勝鎮、太安鎮、小渡鎮、臥佛鎮、五桂鎮、田家鎮、別口鎮、壽橋鎮。
梓潼街道
梓潼街道位於潼南區中部。幅員面積127.8平方公裡。轄20個行政村、7個社區。渝遂高速公路穿境而過，緊鄰渝遂快速鐵路，至重慶、成都均只需1小時。
桂林街道
桂林街道位於潼南區中部偏北，為縣政府所在地。幅員面積96.18平方公裡。轄14個行政村，2個社區。渝遂快速鐵路、渝遂高速公路穿境而過，潼古路、玉潼路、群桂路貫通，村道網絡已全部建成。
上和鎮
上和鎮位於潼南區東部。幅員面積68.2平方公裡。轄10個行政村、1個社區。涪江河沿境而過。
龍形鎮
龍形鎮位於區城東北部。幅員面積80.36平方公裡。轄12個行政村。王興公路、龍上路、龍檬路橫貫境內，交通極為便捷，區位優勢突出，為潼南「東北門戶」。
古溪鎮
古溪鎮位於潼南區北部。幅員面積110.06平方公裡。轄22個行政村、1個社區。為全國第二批發展改革試點小城鎮、重慶市中心鎮、重慶市衛生鎮，潼南縣城市副中心。
寶龍鎮
寶龍鎮位於潼南區東北角。幅員面積42.32平方公裡。轄9個行政村。王興公路穿境而過。
玉溪鎮
玉溪鎮位於潼南區西北部。幅員面積54.4平方公裡。轄10個行政村、1個社區。遂渝快速鐵路穿境而過，涪江縱貫全境。
米心鎮
米心鎮位於潼南區最北端。幅員面積51.9平方公裡。轄12個行政村、1個社區。是潼南對外開放的北部窗口。
群力鎮
群力鎮位於潼南區西北部。幅員面積48.5平方公裡。轄8個行政村。
雙江鎮
雙江鎮位於潼南區西部。幅員面積119.4平方公裡。轄20個行政村、1個社區。是全國首批歷史文化名鎮、全國愛國主義教育基地、重慶市首批中心鎮、重慶市經濟百強鎮之一。
花巖鎮
花巖鎮位於潼南區西北部。幅員面積25.3平方公裡。轄5個行政村。花巖鎮是西南片區七彩山雞養殖基地和矮柱密梨種植基地。
柏梓鎮
柏梓鎮位於潼南區西南部。幅員面積134.75平方公裡。轄27個行政村、1個社區。為潼南縣經濟十強鎮。319國道過境。
崇龕鎮
崇龕鎮位於潼南區城西北部。幅員面積87.6平方公裡。轄16個行政村、1個社區。有陳摶山、八角井、會仙橋、明月山等文物古蹟。
塘壩鎮
塘壩鎮位於潼南區中部偏南。幅員面積101.54平方公裡。轄17個行政村、2個社區。是重慶市小城鎮建設示範鎮、百強鎮。
新勝鎮
新勝鎮位於潼南區西南部。幅員面積52.3平方公裡。轄8個行政村。距國道319線9千米，距遂渝高速公路13千米。
太安鎮
太安鎮位於潼南區西南部。幅員面積61平方公裡。轄12個村、1個社區。為重慶市級經濟百強鎮。
小渡鎮
小渡鎮位於潼南區東部。幅員面積88.28平方公裡。轄16個行政村、1個社區。國道319線、省道205線穿境而過。
臥佛鎮
臥佛鎮位於潼南區南部。幅員面積96.7平方公裡。轄15個行政村、1個社區。省道205線、小臥路橫貫全境，距319國道僅14公裡，距遂渝高速公路出口僅16公裡。
五桂鎮
五桂鎮位於潼南區最南端。幅員面積32.9平方公裡。轄5個行政村。省道205線貫穿全境。
田家鎮
田家鎮位於潼南區城東南部。幅員面積63.13平方公裡。轄12個行政村。
別口鎮
別口鎮位於潼南區東部。幅員面積41.34平方公裡。轄7個行政村。
壽橋鎮
壽橋鎮位於潼南區東南部。幅員面積20.94平方公裡。轄4個行政村。與銅梁縣兩面接壤。