現行《營業稅暫行條例》第十一條規定：中華人民共和國境外的單位或者個人在境內提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產，在境內未設有經營機構的，以其境內代理人為扣繳義務人；在境內沒有代理人的，以受讓方或者購買方為扣繳義務人。該規定取消了原《營業稅暫行條例》第十一條規定的「建築安裝業務實行分包或者轉包的，以總承包人為扣繳義務人」的規定。《中華人民共和國稅收徵收管理法》第三十條規定：扣繳義務人依照法律、行政法規的規定履行代扣、代收稅款的義務。對法律、行政法規沒有規定負有代扣、代收稅款義務的單位和個人，稅務機關不得要求其履行代扣、代收稅款義務。作為納稅人和稅務機關，應根據新的法規，積極應對變化。
《中華人民共和國稅收徵收管理法》第三十條規定：扣繳義務人依照法律、行政法規的規定履行代扣、代收稅款的義務。對法律、行政法規沒有規定負有代扣、代收稅款義務的單位和個人，稅務機關不得要求其履行代扣、代收稅款義務。因此，從2009年1月1日起，作為稅務機關不得以任何名義要求總承包人代扣代繳稅款，當總承包人代扣分包方營業稅時，分包方應當拒絕，並按新規定在施工地自行完稅。
針對上述變化納稅人的操作
甲建築企業（以下簡稱「甲企業」）總承包建設單位200萬元的工程，分包給乙建築企業（以下簡稱「乙企業」）60萬元。
甲應該給建設方開具200萬元發票。但按200－60=140（萬元）計稅，因為《營業稅暫行條例》第五條第（三）項規定，納稅人將建築工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款後的餘額為營業額。扣除依據為乙企業開具給甲企業的60萬元發票。
乙應該給甲企業開具60萬元發票並按60萬元計稅。
納稅人申報事項
建築業已實行稅控發票，仍以上例。甲企業在收到建設方工程款200萬元時，用稅控機開具200萬元發票給建設方，在撥付分包乙企業60萬元時，向乙企業索要60萬元發票作為扣除憑據。申報營業稅時，對使用《建築業營業稅納稅申報表》的，在「應稅收入」欄填200萬元，憑乙方開的發票或分包合同在「應稅減除項目」欄填60萬元，這樣「應稅營業額」就是140萬元。對使用《各稅申報表》的，在「計稅金額或數量」欄直接填寫140萬元。乙企業同樣操作。
注意事項
1.雖然甲企業總承包200萬元工程，但可能先收到30萬元，需要開發票給建設方。這時可能暫未給乙企業撥款，沒取得乙的發票，甲可以先全額繳稅。當甲收到款項超過計稅收入140萬元時，要向稅務機關提供乙開具的發票或分包合同，以此作為扣除依據。
2.無論甲、乙企業涉及應繳納的營業稅、城市建設維護稅、教育費附加，都要向施工地繳納。因為《營業稅暫行條例》第十四條規定，納稅人提供應稅勞務應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報納稅。但是，納稅人提供的建築業勞務以及國務院財政、稅務主管部門規定的其他應稅勞務，應當向應稅勞務發生地的主管稅務機關申報納稅。
3.對未購買稅控裝置的建築業納稅人（包括臨時從建築項目、外埠施工企業）在向當地稅務機關申請代開發票時，如果發生總承包或分包項目，應把分包合同向稅務機關備案。當納稅人在不能及時取得分包方發票時，可依據分包合同允許納稅人同比例預扣，並要求一定期限內提供分包方發票。到期仍不能提供，可按《稅收徵收管理法》相關規定給予處罰。如果不允許預扣，導致納稅人多繳納了稅款，還要根據《稅收徵收管理法》第五十一條規定：「納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。」這樣會給雙方工作帶來許多不必要的麻煩。