來10分鐘get小分子三級結構(.pdb)

「歷史文章」那天是生信星球陪你的第158天

   你想找輛共享單車，發現滿街都是別家車，沒有一輛你能騎。

   你想學點生信，搜了「初學者教程」，滿眼儘是高大上，沒有一句能看懂。

   終於你跨越茫茫宇宙，來到生信星球，發現了初學者的新大陸！

花花那天很開心，打開公眾號後臺竟然有700粉絲咯，
感謝大家的關注和分享，公眾號日更永不斷~~~

　　獲得本文所需軟體：在生信星球公眾號(文末有二維碼)後臺回覆：」小分子結構"，包括chemdraw、openbabel、pymol打包發給你。

要做分子對接需要準備兩個文件：蛋白質的結構坐標信息、小分子的結構坐標信息文件，格式是.pdb，這個格式的文件用三級結構可視化軟體就可以讀取和顯示。

　　蛋白的結構坐標信息是從PDB資料庫http://www.rcsb.org/中獲得，或者自己進行三級結構預測，方法詳見：https://www.jianshu.com/p/f4e37c62399b。
　　小分子的結構信息文件如何獲得？
　　首先你要知道你的小分子中文名、英文名和CAS號，其中CAS號是唯一且確定的，用它來檢索最有效。
查CAS號用這個網站：http://www.chemyq.com/，其實直接百度也行。

首頁長的像谷歌，然而看下一頁像不像膏藥哈哈哈哈哈。他的作用就是你輸入中文名可以查到CAS號。接著你就可以用這個CAS號去別的資料庫找了。

從哪裡找呢：

方法一：CAS號直接檢索

最好用的當屬pubchem：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=3D-Conformer

還有chemspider：http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.10947.html?rid=7a636e35-5283-484a-97e0-f556d928c8fa

方法二：從PDB資料庫複合物中分離

從pdb資料庫首頁檢索你的小分子CAS號，含有該配體的複合物，用pymol分離，方法詳見：https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8

那麼，自己合成的新型藥物、新化合物，在資料庫中肯定是沒有的，那怎麼獲得呢？
比如你有一個長這樣的化合物（我胡亂畫的）：

解決辦法就是自己畫啊！用chemdraw（官網：http://www.chemdraw.com.cn/，可試用15天）

就用到這兩個 step1：用chemdraw畫出平面結構 step2：平面結構轉為三級結構

畫好平面結構後直接edit-selectall-copy

然後打開chem-3D，直接粘貼

step3：導出三級結構的坐標文件

save as-選擇 mol2或sdf，命名時不要省略後綴。

step4：sdf格式轉化為pdb格式

神器openbabel！

然後來總結下：

總結

攢錢買麥旋風，點一下廣告＝2毛