1986年5月20日,中國與葡萄牙政府正式發布新聞公報,宣布6月30日在北京展開澳門問題的談判,解決澳門問題。到6月,中國代表團由周南率領歡迎葡萄牙代表團「並在歡迎詞引用唐詩「潮落江平未有風,蘭舟共濟與君同」來比喻中葡兩國就澳門問題的談判,是夥伴之間的關係,而不是對手之間的關係。自此,中葡兩國正式就澳門問題舉行會談。
四輪會談全在中國首都北京舉行,分別舉行於:
第一輪會談於1986年6月30日—7月1日
第二輪會談於1986年9月9日—10日
第三輪會談於1986年10月21日—22日
第四輪會談於1987年3月18日—23日
第一輪會談開始時,中國代表已建議會談總議程:
中國政府對澳門行使主權的有關問題;
中國對澳門行使主權後的安排;
過渡時期的安排。
葡萄牙代表同意中國代表提出之總議程並按之討論。其次,中國代表提交了《中葡聯合聲明》草案的中、葡、英文版本,並對此作出簡要的說明解釋。
第二輪會談時,中國代表提交《中葡聯合聲明》的附件,並作出相關說明。葡萄牙代表團表示需要對全部文件進行深入研究後,才能作出全面的評論,故提議在第三輪會談上才作出全面評論。最後,雙方就第三輪會談的時間、第三輪會談後成立工作小組的時間和中國代表團長周南在11月訪問葡萄牙之新聞公報細節等進行了磋商,取得了廣泛的一致。
直到第三輪會談,葡萄牙代表終於評論首兩輪會談中國代表團所提交的文件,並將中國的意見分為「同意、接受的」、「需要作出適當修改和補充的」和「需要進一步弄清一些概念的確切內容和含義後才能做出評論的」。中國代表隨即讚許葡萄牙代表的積極回應,並就葡萄牙代表所提及的一些擬修改的問題進行磋商。會談當中,葡萄牙代表更主動提議將部分重要的、實質性的、難度較大的問題在周南訪問葡萄牙時,才與葡萄牙總統和總理磋商。但周南表示:「不能將我的訪問視為一輪關於澳門問題的談判,也不能以我的訪問來代替關於澳門問題的正式會談。我在與貴國領導人的會晤中,如談到澳門問題,也只能是我們在談判中遇到的重要的、懸而未決的問題,而不是把所有的問題留到訪葡時才解決。」其後,雙方就設立工作小組的細節進行具體討論和將所提出的全部協議文件草案。最後,雙方同意工作小組在周南訪問葡萄牙後便開始工作。
首三輪會談,中葡雙方討論比較順利。但在周南訪問葡萄牙時,葡萄牙政府就交還澳門的日期上改變原本的立場,並將此日期要延至下世紀初。結果,周南在會晤葡萄牙總統後,取消了原定的參觀訪問計劃。其後中國外交部發言人在1986年12月31日鄭重聲明:「在2000年前收回澳門是中國政府和包括澳門同胞在內的十億中國人民的不可動搖的堅定立場和強烈願望,任何超越2000年後交回澳門的主張,都是不能接受的。」1987年1月6日,葡萄牙國務會議經過4個多小時的討論後,原則上同意1999年將澳門治權交還中國。中葡兩國在解決了此爭議後,1987年3月18日開始第四輪的會談。
第四輪會談中,中葡雙方代表團共同表示不希望再遇到重大障礙,並期望是次會談為澳門問題之最後一次談判回合。由於雙方的誠意,即使在澳門葡裔人士擁有雙重國籍和保護澳門的葡萄牙文化特色仍有分歧,但都給雙方尊重態度和相互讓步解決了。最終,中方容許葡裔澳門人自行選擇國籍(即中國籍或維持葡萄牙國籍),而中方亦尊重澳門的葡萄牙文化特色。經過四輪會談後,雙方聯合發表新聞公報,宣布兩國已就澳門問題達成協議,並將於3月26日在北京舉行草籤聯合聲明的儀式,儀式由兩國的政府代表團團長進行草籤。
1987年4月13日,中國國務院總理趙紫陽和葡萄牙總理施華高分別代表中葡兩國政府在北京人民大會堂西大廳正式籤署《中葡聯合聲明》。
1987年,中葡兩國各在各自政府內取得《中葡聯合聲明》的批准。中葡兩國政府終於在1988年1月15日互換批准書,《中葡聯合聲明》正式生效。1988年1月15日,中華人民共和國外交部已公布了中葡聯合聯絡小組和中葡土地小組中方成員的名單,就澳門過渡期間之問題進行了磋商。同年4月13日,第七屆全國人民代表大會第一次會議決定成立「澳門特別行政區基本法起草委員會」,1988年10月25日「澳門特別行政區基本法起草委員會」便開始在北京召開第一次的全體會議,當中通過起草工作的大體規劃和步驟,並決定籌組「澳門特別行政區基本法諮詢委員會」。終於在1993年3月31日,全國人民代表大會通過了《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》,此標誌著澳門進入了過渡期的後半段(或稱後過渡期)。
在籌組澳門特別行政區第一屆政府、立法會和司法機關方面,一切按照《全國人民代表大會關於澳門特別行政區第一屆政府、立法會和司法機關產生辦法的決定》之規定產生。澳門特別行政區籌備委員會負責籌備成立澳門特別行政區的有關事宜,並負責籌組由200位有代表性的澳門人士組成澳門特別行政區第一屆政府推選委員,再利用協商與提名選舉方式產生第一任澳門特別行政區行政長官,提交中華人民共和國中央人民政府(國務院)任命。結果在1999年5月15日舉行的澳門特區首任行政長官競選中,何厚鏵以近82%的支持率在兩名候選人中勝出。
而澳門立法會的組成,則按《澳門特別行政區基本法》的有關規定,由澳葡政府最後一屆立法會的成員,並符合由選舉產生的議員如擁護《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》、願意效忠中華人民共和國澳門特別行政區和符合澳門特別行政區基本法規定條件者,經澳門特別行政區籌備委員會確認,即可成為澳門特別行政區第一屆立法會議員。若有議員缺額,才由澳門特別行政區籌備委員會決定補充。司法機關方面,澳門特別行政區法院由澳門特別行政區籌備委員會依照《澳門特別行政區基本法》負責籌組。
在整段過渡期內,澳葡政府在中方的督促下,採取了三大措施,確保澳門政權順利交接,包括中文合法化、公務員本地化和法律本地化,合稱「三化」。