儀器操作必須在儀器管理培訓合格後才能獨立操作。儀器管理老師會不定期進行培訓，培訓合格頒發儀器獨立操作資格證書。
流式細胞儀:
（1）實驗結束後，於關機前清潔加樣針的外管和內管，防止加樣針堵塞或有染料殘留。
（2）流式細胞儀使用一段時間後，在鞘液管路，廢液管路和流動池中會有殘留的碎片汙染物等，因此，需要定期清洗管路，要求至少每月做一次，如果處理樣本很大，或經常使用附著性染料，則需要增加管路清洗頻率。
（3）需要定期進行儀器檢查和清潔。
（4）清洗管路時使用含氯洗液。注意用含氯洗液清洗管路完畢後，必須換水再次清洗管路，且清洗時間超過洗液清洗時間，以防止管路中有洗液殘留。
（5）關機以後，有水的上樣管應保持原位，防止加樣針有結晶形成。
（6）細胞數要大於1x106 個/mL，至少2個平行樣，建議3個。
（7）樣品如果呈絮狀，要提前超聲分散。
（8）樣品除待測顆粒或細胞外，其餘培養基、試劑均需滅菌過膜。
（9）染色試劑儘量條件一致，推薦使用成套試劑盒。
細胞活力分析系統:
（1）細胞數要大於5x105個/mL，2um<粒徑<50um。
（2）樣品除待測顆粒或細胞外，其餘培養基、試劑均需滅菌過膜。
全自動微生物生長曲線分析儀：
（1）樣品體積<400 uL
（2）厭氧樣品必須在厭氧工作檯中加入樣品到樣品板。
（3）樣品加入樣品版後，用封口膜封好。一層即可，不能太厚。
（4）準備空白樣品，通常平行樣3個。
（5）樣品板注意不要傾斜，以免樣品間流動汙染。