亞歷山大六世算不上是個腐敗、邪惡的教皇，在當時那個時代，用佛羅倫斯的政治家弗朗切斯科·圭恰迪尼的話來說，「如果教皇不比別人壞，那就該表揚他是個好人了」。他是個有魅力的人，精力充沛，還公然貪圖享樂。他會勸導女人忽視他平凡的相貌和難看的、發福的身材。而不論男女都會為他的才智折服。「他胸懷抱負，」一個與亞歷山大六世同時代的人寫道，「口才一流，演講時激情澎湃，機靈狡黠，但最重要的是在需要採取行動的時候，他表現出來的才智令人欽佩。」羅馬人民對於亞歷山大六世當選教皇是非常歡迎的，他們覺得這個教皇的品味和活潑開朗的個性對他們而言意味著好事。當亞歷山大六世走過街道時，圍觀民眾們的歡呼聲和號角聲此起彼伏，但是他似乎適應不了如此熱烈的場面，當他走到拉特朗大教堂時，他一下暈倒在紅衣主教裡亞裡奧的懷裡。
羅馬人民的興高採烈看起來是值了：亞歷山大六世雖然沒有像民眾預想的那樣會慷慨解囊，但是在執法中明目張胆濫用職權的現象被終結了，市價變得更為合理、穩定，而曾經死個人如同家常便飯的街頭，每晚也再沒有喋血事件發生。不過，一些考慮深遠的人還是對亞歷山大六世產生了擔心，怕他對子女的寵溺，尤其是對他那邪惡又迷人的兒子切薩雷的維護，可能會造成可怕的後果。就在他父親加冕成為教皇的那一天，年僅二十七歲的切薩雷被任命為瓦倫西亞大主教。儘管切薩雷獲得了很多世俗利益，這在大主教中絕無僅有，他在不久之後還是升為了紅衣主教。隨後切薩雷走上了一條不那麼光彩的權力之路：他通過賄賂、襲擊、謀殺等手段成為羅馬涅公爵和教會軍隊的首領。
亞歷山大六世對切薩雷寄予厚望，但是在切薩雷就任紅衣主教沒多久，就有一個同樣具有壯志雄心的人對切薩雷構成了威脅。這個人就是其貌不揚，但是浪漫、愛冒險的法蘭西國王查理八世。1494年，查理八世宣稱他作為安茹王朝的繼承人要接管那不勒斯王國。當年9月，查理八世率領他的重裝大軍越過阿爾卑斯山，進入了倫巴第。已經佔據佛羅倫斯的法蘭西軍隊正逐步向羅馬逼近，亞歷山大六世意識到如果此刻下禁令禁止查理八世自由通行於教皇領地，查理八世是不會搭理的。亞歷山大六世人生中第一次顯得完全沒了主意。他召集了那不勒斯的軍隊，又把他們解散了；他帶著他的貴重物品、武器、彈藥躲進了聖天使堡，同時又在考慮逃去別的地方。他還是下了禁令不讓查理八世自由通行，但隨後又撤銷了禁令。
查理八世的先頭部隊於1494年12月31日下午三點進入羅馬，而他的最後一支部隊在深夜才通過了人民大門。大批人馬點著火炬和燈籠穿行在狹窄的街道上。這支隊伍裡有身穿彩色軍裝的瑞士和日耳曼步兵，他們扛著大刀和長槍；還有加斯科涅弓箭手、法蘭西騎士和運著加農炮和重炮的炮兵。當然，還有被護衛簇擁的查理八世本人。他是個個子不高、相貌醜陋的年輕人。他長了一個大大的鷹鉤鼻，肉嘟嘟的嘴唇很厚，嘴巴總是張開著。他在聖馬可宮外下馬，貝內文託大主教洛倫佐·奇博慌不迭地出來迎接，領著他進入聖馬可宮。查理八世換了雙拖鞋進了餐廳，坐在了爐火邊。一個僕人為他梳理頭髮和他那凌亂的紅鬍子。食物被擺在了餐桌上，一名宮廷侍從先把每道菜嘗一下，再讓查理八世用餐，吃剩下的食物都被倒進了一個銀罐子裡；同樣，酒也要被檢查是否安全，宮廷內侍把吊在金鍊子上的獨角獸角放在酒中攪動，經四名醫生查驗確認無毒後，查理八世才會端起酒杯。