科學家繪製出胎兒染色質可及性的人類細胞圖譜
作者：
小柯機器人發布時間：2020/11/16 13:54:15
美國華盛頓大學Jay Shendure等研究人員合作繪製出胎兒染色質可及性的人類細胞圖譜。該研究於2020年11月13日發表於國際一流學術期刊《科學》。
研究人員在胎兒組織中生成了染色質可及性和基因表達的人類細胞圖譜。對於染色質的可及性，研究人員設計了一種三級組合索引測定法，並將其應用於代表15個器官的53個樣品中，分析了約80萬個單細胞。研究人員利用基因表達定義的細胞類型來注釋這些數據，並分類顯示了數十萬個候選調控元件（特定於細胞類型的染色質可及性）。研究人員報導了譜系特異性轉錄因子的特性（例如神經元中的POU2F1）、廣泛分布的細胞類型（例如血液和內皮細胞）的器官特異性分化以及複雜性狀遺傳力的細胞類型特異性富集。
這些數據是探索各種組織和細胞類型中體內人類基因調控的豐富資源。
據介紹，涉及人類細胞類型分化的染色質圖譜具有基礎研究意義。
附：英文原文
Title: A human cell atlas of fetal chromatin accessibility
Author: Silvia Domcke, Andrew J. Hill, Riza M. Daza, Junyue Cao, Diana R. O』Day, Hannah A. Pliner, Kimberly A. Aldinger, Dmitry Pokholok, Fan Zhang, Jennifer H. Milbank, Michael A. Zager, Ian A. Glass, Frank J. Steemers, Dan Doherty, Cole Trapnell, Darren A. Cusanovich, Jay Shendure
Issue&Volume: 2020/11/13
Abstract: The chromatin landscape underlying the specification of human cell types is of fundamental interest. We generated human cell atlases of chromatin accessibility and gene expression in fetal tissues. For chromatin accessibility, we devised a three-level combinatorial indexing assay and applied it to 53 samples representing 15 organs, profiling ~800,000 single cells. We leveraged cell types defined by gene expression to annotate these data and cataloged hundreds of thousands of candidate regulatory elements that exhibit cell type–specific chromatin accessibility. We investigated the properties of lineage-specific transcription factors (such as POU2F1 in neurons), organ-specific specializations of broadly distributed cell types (such as blood and endothelial), and cell type–specific enrichments of complex trait heritability. These data represent a rich resource for the exploration of in vivo human gene regulation in diverse tissues and cell types.
DOI: 10.1126/science.aba7612
Source: https://science.sciencemag.org/content/370/6518/eaba7612
Science：《科學》，創刊於1880年。隸屬於美國科學促進會，最新IF：41.037