做實驗室裡的Github,Labstep想為實驗科學的「可重複性危機」提供...

2020-12-27 36氪

在過去的幾年內,「可重複性危機」這一概念在實驗科學領域的引起了越來越多的關注。

自然雜誌在2016年進行的調查顯示,在 1576 名研究者中,有 70% 表示有過無法重複他人論文中的實驗的經歷,50%表示他們曾無法重現他們自己的實驗結果。50%的行業內研究者認為實驗可重複性低下是嚴重的危機,而認為危機不存在或表示不清楚的研究者僅有不到10%。

實驗結果難以被驗證,由實驗推導出的理論自然也被打上了問號。這不僅在消耗著公眾對於科學的信任,也導致了科研資源的巨大浪費。2015年,PLoS Biology 發表研究稱,僅僅在生物醫學一個學科領域內,美國高校內的實驗室就要花費 280 億美元在那些難以被重複的實驗上。

「可重複性危機」的原因之一在於,在全球大多數科學實驗室內,記錄的方式仍然相當原始——用紙筆寫下每一步的操作、用量以及觀察數據。這一方式的笨重繁瑣也是導致實驗記錄不夠完善,而無法為之後的實驗提供有效參考的重要原因。

在線平臺 Labstep希望從這一角度切入,通過更智能化的實驗流程記錄增強實驗的可重複性。

研究者們可以在這個平臺上創建分布實驗流程,就像常見的食譜類APP一樣。如果將Labstep提供的API接口接入實驗設備,實驗數據就能夠自動上傳同步至平臺,並作為一個信息點,清晰地被記錄在時間線上。這個實驗流程可以被分享給實驗室同事,也可以向更多的研究者開放。

如果想要重複已有實驗,研究者們可以通過APP或平臺搜索相應的流程。除了一步步模仿重複之外,他們還可以通過互動式的功能對某一實驗步驟發表評價,或者標記他們在某一步中做的改動。

研究者向學術期刊投稿時,他們可以在附錄中提供一個Labstep網址,這樣其他的研究者們就可以瀏覽並重複這個實驗,對實驗結果進行交叉驗證。

Labstep網頁端及APP(圖片來源:Labstep官網)

更智能的實驗記錄方法使得實驗操作更加開源透明,增加了重複操作的成功率,但Labstep能帶來的改變不止於此。

一方面,自動化的實驗記錄方式能夠為研究者們節省大量的時間,方便不同地區的研究者們遠程協作,讓他們更專注於探索人類知識的邊界。另一方面,對數據的全面記錄也使選擇性記錄數據更容易被發現,一定程度上減少了主觀誤差等學術不端的行為。

創始人及CEO Jake Schofield表示:「Labstep想要做成實驗室裡的Github。」

Labstep團隊(圖片來源:TechCrunch)

據TechCrunch報導,截至這筆投資之前,全球共有超過三百八十所高校使用 Labstep 的產品,包括斯坦福、哈佛、麻省理工、牛津、劍橋、帝國理工、倫敦大學學院等。

日前 LabStep宣布獲得來自前投資方 Seedcamp 的一百萬英鎊投資。這支來自倫敦的團隊目前只有不到二十名成員,擁有工業界與學術界的的R&D背景。創始人及CEO Jake Schofield曾是供職於牛津大學的生物科學家。團隊計劃利用這筆資金將成員人數翻番,以進一步提升產品。

相關焦點

  • 韓春雨論文的可重複性問題,要怎麼「科學解決」?
    科研結果的可重複性問題,再一次成為學界和公眾熱議的話題。已發表的結果,怎麼會不可重複?事實上,雖然科學界反思了這麼多年「可重複性」的問題,但這麼些年中,真的具備可重複性的實驗並不多——事實上,許多年輕的科研人員在實驗室中需要學習的第一課就是:許多看起來高大上的文章都是錯的,或者只對了一部分。這並不是導師們信口雌黃。
  • 韓春雨論文的可重複性問題,怎樣「科學解決」?  科學人
    科研結果的可重複性問題,再一次成為學界和公眾熱議的話題。事實上,雖然科學界反思了這麼多年「可重複性」的問題,但這麼些年中,真的具備可重複性的實驗並不多——事實上,許多年輕的科研人員在實驗室中需要學習的第一課就是:許多看起來高大上的文章都是錯的,或者只對了一部分。這並不是導師們信口雌黃。
  • 科學網—科學家關注心理學實驗可重複性
    大部分心理學實驗是由單一實驗室進行的,通常只有數個研究人員參與。不過,涉及全世界數十個心理學實驗室的幾個合作項目最近已經形成。它們的目標是測試心理科學的再現性。 這些合作的首個顯著結果於近日發表,心理學家長舒一口氣,他們的領域只有相對較小的瑕疵:13個實驗中有10個可以重複。再現性是科學的咒語。
  • 科學家關注心理學實驗可重複性—新聞—科學網
    大部分心理學實驗是由單一實驗室進行的,通常只有數個研究人員參與。不過,涉及全世界數十個心理學實驗室的幾個合作項目最近已經形成。它們的目標是測試心理科學的再現性。 這些合作的首個顯著結果於近日發表,心理學家長舒一口氣,他們的領域只有相對較小的瑕疵:13個實驗中有10個可以重複。再現性是科學的咒語。
  • 機器學習正遭遇「可重複性危機」,或已成「鍊金術」?
    雷鋒網 AI 科技評論按:機器學習以其特有的優勢逐漸在科學研究中得到大量應用,然而,其內在的「黑箱」特點也帶來了一系列問題,有研究者認為正是機器學習的這種不可解釋性導致了當下科學研究的「可重複性危機」——如果科學不可重複,那我們是否還能稱之為真正的科學嗎?與此同時,更有研究者聲稱機器學習已經成為一種「鍊金術」。
  • 科學實驗的可重複性原則及挑戰—新聞—科學網
    科學實驗作為檢驗理論、驗證事實、發現知識的重要方法和工具,實驗的可重複增加了實驗為真、知識為真的可能性,起到科學事實是否成立的判據功能。實驗可重複性是科學知識真實性和確定性的基礎,為判斷科學活動的可靠性提供依據,一定程度上意味著科學知識的普世性。因此,可重複性成為重要的科學原則。
  • 心理學的危機:為什麼超六成的實驗無法重複?
    可重複性是科學之所以成為科學的一項重要定義。然而,最近一期科學(Science)雜誌上刊登的一篇論文顯示,研究者嘗試重現發表在三份頂級心理學期刊上的100項研究,結果超過六成無法成功再現。[1]事實上,心理學實驗的可重複性近年來在學界受到了極大的關注,而大量實驗無法復現的現象不僅引發了對這一領域是否存在學術不端的廣泛討論,整個學科的合法性也受到了一定程度的挑戰。研究心理學為什麼需要做實驗?行為科學(Behavioral Science)主要指代研究人或動物行為的學科。
  • GraphPad Prism 統計教程 - 如何使實驗可重複?
    在本文中,我們提供了一些建議,以增加結果可重複的可能性。什麼是可重複性(replicability)?如果可以重複進行並得到相同的分析結果,則科學實驗是可重複的。由於各種因素,像隨機變量,可重複性並不像某些人想像的那麼普遍。
  • 韓春雨向《自然》提交實驗可重複性數據
    聲明中稱期刊已經獲得了與NgAgo系統可重複性相關的新數據,在決定是否採取進一步行動之前,需要調查研究這些數據。質疑是否能推進科學?輿論再起風雲,但聲音不再單一。藉口下臺?科學要經得起質疑 但絕非以勢壓人  @當年小有名氣:一篇震驚世界的學術論文面世,必然會引起全世界所有做同樣事情的實驗室去關注和復現。當投入大量的人力物力無法復現後,要求原作者提供實驗數據作為證據,無可厚非。而韓春雨無法給出明確證據,至少說明他提出的方法,不是每次都能成功。
  • 探索基於重複的實驗設計
    近年來,一場「可重複危機」引發了科學界的極大關注。該危機的「誕生」源於兩類論證。一是統計調查發現,一些已發表的科學研究結果難以被重複實現。在生命科學、生理學、流行病學、生態學等諸多領域,特定研究方向中不可重複的比例甚至可以達到75%以上。二是一部分科學工作者承認自己在日常科研工作中並不會進行重複實驗。前者說明了論文數量呈指數形式增加的今天,不可重複問題的規模已不可小覷。
  • 解決可重複性危機:元分析還是預註冊?
    心理學的可重複性危機激起了相關研究人員的反思,許多心理學家提出了自己的一些解決方法,目前最主流的方法是預註冊重複實驗和元分析方法。那麼,哪種方法更好呢?其實,這兩種方法都有其自身的優勢和缺點,結合起來更能有益於可重複性問題的解決。我們要如何進行結合呢?
  • 國際腦研究實驗室:助力齧齒動物行為的可重複性建立新標準
    2017年9月19日由分布在世界各地的21個經驗豐富的神經科學小組正式成立國際腦研究實驗室(International Brain Laboratory)。該研究團隊在2020年1月17日在bioRxiv上發文,表明在該視覺決策任務中,可通過自動化訓練協議與標準化的實驗裝置,軟體和程序來實現可重複性。
  • 他們試圖重複心理學的多個經典實驗,竟然只有一半成功了
    可重複性再遭審視其實,「可重複性危機」已經困擾心理學界好幾年。在人們通過各種實驗知曉一系列消耗意志力的事項後,重複實驗卻發現,自我耗竭效應並不明顯,很難找到支持它的證據。為了嘗試重複更多經典實驗,開放科學中心於2013年成立。但他們的首次結果並不足夠樂觀:在100項已發表的心理學實驗中,只有不到40%成功重複。而作為該中心的新項目,Many Labs 2的結果表明,在更嚴格的統計學標準下,重複成功率僅為50%。
  • ...protocol」與Science/AAAS合作,提高實驗可重複性|36氪新藥新療法
    生命科學的研究是一個漫長的過程,科學家的心血凝聚在一個個的實驗中,科學家的成就體現在一篇篇的論文中,每一個激動人心的科學發現都是「站在巨人的肩膀上」。可是,實驗室之間的信息並不是共享、透明的。與互聯互通的網際網路相比,科研界是一個比較封閉的圈子。
  • 《科學》社論:確保數據有最大可獲取性
    《科學》社論:確保數據有最大可獲取性 (圖片提供:《科學》) 「科學就是數據,數據就是科學。」 最新出版的《科學》雜誌在社論中指出,「數據推動著科學的發展。」不僅如此,社會經濟、政治、環境和健康等事業的發展,也需要藉助於對科學數據的分析。但是,因不能充分提供公開、透明和可供分享的數據,科學界飽受批評。
  • 社會科學研究新危機:超1/3實驗結果被發現無法重複
    研究人員首先從 2010 年至 2015 年期間發表的實驗性社科論文找到所有涉及隨機對照實驗,對照試驗可以是由大學生做問卷調查的形式完成,也可以是網絡問卷形式,然後再嘗試從這些符合他們要求的論文中選取主要實驗結論進行重複研究。為了對普遍使用的複製方法進行擴展和改進,該團隊不僅獲取了原始研究材料,還在進行研究之前讓原作者對協議進行審查和認可。
  • 心理學實驗為什麼很難重複,真是因為你我差距太大了嗎?
    圖片來源:圖蟲可重複性再遭審視其實,「可重複性危機」已經困擾心理學界好幾年。雖然各種質疑、捍衛之聲聚訟紛然,越來越多的人已經意識到,即使是那些業界公認的心理學現象,也不一定是真的。在人們通過各種實驗知曉一系列消耗意志力的事項後,重複實驗卻發現,自我耗竭效應並不明顯,很難找到支持它的證據。為了嘗試重複更多經典實驗,開放科學中心(Center for Open Science)於2013年成立。但他們的首次結果並不足夠樂觀:在100項已發表的心理學實驗中,只有不到40%成功重複。
  • 美國科學促進會(AAAS)與Bio-protocol合作 共同提升科研成果可重複性
    中新網北京8月14日電 為促進生命科學研究的透明化和可重複性,美國科學促進會(AAAS),世界權威學術期刊《科學》系列期刊的非營利出版社,於美國東部時間8月13日正式宣布與生命科學實驗方案共享平臺Bio-protocol展開為期四年的合作。
  • 癌症研究通過可重複性實驗—新聞—科學網
    圖片來源:Adva/Flickr (CC BY-NC 2.0) 一個旨在檢測癌症生物學可重複性的項目近日公布了第二批驗證結果,這一次它帶來的是好消息:兩篇重要癌症論文的絕大多數實驗可以被重複 最新可重複性研究於6月27日發表於開放獲取在線生命科學期刊eLife,它們緊隨今年1月對5篇論文進行可重複性驗證之後。此前就高影響力癌症研究能否被重複的驗證產生了矛盾的信息。 但在此次的兩項新重複性實驗中,仍有一個重要小鼠實驗未能重複,《癌症生物學》可重複性項目負責人之一表示,這表明動物研究可重複性當前面臨的問題。
  • 科學網—癌症研究通過可重複性實驗
    研究人員已經成功複製了癌症研究結果,但與小鼠有關的實驗是很難被重複的。圖片來源:Adva 一個旨在檢測癌症生物學可重複性的項目近日公布了第二批驗證結果,這一次它帶來的是好消息:兩篇重要癌症論文的絕大多數實驗可以被重複。 最新可重複性研究6月27日發表於開放獲取在線生命科學期刊eLife,它們緊隨今年1月對5篇論文進行可重複性驗證之後。此前就高影響力癌症研究能否被重複的驗證研究產生了矛盾的結果。