所謂政教分離，也就是政治和宗教的分離，即政治權力和宗教權力這兩種權力的剝離，二者相互獨立，互不幹涉。政教分離的反面，也就是政教合一，也就是政權和教權合二為一的政治制度，在這種制度下面，一個國家的元首同時也是宗教的領袖。放眼古今中外，對比中西方社會的現代化歷程，我們可以發現幾乎現代化國家都具備政教分離這一特徵，而前現代化的國家或社會都處於政教合一的體制下面，那麼我們是否可以說政教是否分離是區別一個國家是否現代化的重要標誌，或者更進一步說，政教分離是一個國家走向現代化必備的基本前提呢？
一、前現代化社會：宗教的起源
現在我們都說要建設現代化的國家，實現社會主義的全面現代化，那麼現代化的標準是什麼呢？什麼樣的國家才能被稱為是現代化的國家呢？這個問題現在還沒有答案，因為我們都還沒有見過現代化的國家是什麼樣子。有人說，西方國家已經基本上實現了現代化，但是請注意，西方的現代化是資本主義國家的現代化，而且西方社會也存在種種矛盾和問題，只能說西方社會距離現代化相比我們更近了，而不能說他們已經完全實現了現代化。那麼現代化是否存在一個普適性的標準呢？我認為是有的。要回答這個問題，就要向前追溯，回到人類社會的源頭，去考察前現代化社會甚至是原始社會的特徵，因為前現代化社會就是現代化社會的反面，那麼相應地現代化社會的特徵也就是前現代化社會的特徵的反義詞。如果說前現代化社會是落後、愚昧和迷信的，那麼現代化社會就必然應該是先進、文明和科學的。
今天我們要探討的是一個國家的政治現代化，而這也是現代化過程中必須面對的一個根本問題。有人說政治現代化的前提就是民主，但是我們有沒有想過，民主的前提又是什麼呢？所謂民主，用現在的話講，就是人民當家作主，那麼人民憑什麼能夠當家作主呢？必然是一國的人民具備足夠的知識和相應的自我治理的能力，否則當家作主就無從談起，因為不具備做主人翁的能力。這就相當於法律上的完全民事行為能力人，未滿十八歲的成年人是沒有完全民事行為能力的。所以一個國家的民主必然是要跟民眾素質相掛鈎的，一個國家的民主程度隨著民眾素質的提高而提高，而民眾的素質又跟教育有關係。如果民眾的素質上不去，民主自然就只是一個概念而已。一個國家民眾素質的提高和權利意識的覺醒主要依靠教育，試想假如一個國家實行的是愚民政策，民智得不到開發，長此以往都是一幫愚民了，何來的當家作主的能力和主人翁意識呢？這就是由於統治者壟斷了教育所造成的後果。因此就要說到政教分離了，這裡的教不僅僅是宗教，還應包括教育，因為現代社會教化民眾依靠的是教育，主要是學校教育，而古代社會依靠的則是宗教。只有政教分離了，統治者不再能夠控制民眾的思想，民眾的獨立性和主人翁意識才能夠體現出來，政治上的民主才有了民眾基礎。所以政教分離是一個國家現代化，或者政治現代化的基本前提。而古代社會幾乎無一例外都是政教合一的，政治和宗教天然地就是結合在一起的。
這就要說到宗教的起源問題，現在世界上所有大的宗教都是起源於前現代化社會的，也就是古代社會，到現在也有上千年的歷史了。而宗教如果再往前繼續追溯的話，那就是遠古社會的圖騰崇拜和自然崇拜。遠古時期的人們，由於缺乏對大自然的知識，並且要靠天吃飯，因此對神奇的大自然充滿了敬畏之心，認為大自然後面有一個神靈在背後主宰，甚至自然界的一草一木都具有靈性。正是在這樣的心理基礎上，根據自然界的動物或植物創造出了圖騰，形成了圖騰崇拜，比如烏龜或狼圖騰，中國的龍這一形象就是遠古華夏先民崇拜的一種圖騰，並由此成為了一個民族的標誌。而在遠古社會，一個圖騰就是一個部落的標誌，大家聚在一起形成一個部落，並創造出一個圖騰作為一種共同的信仰，這就是區分大家是否是同一個部落的重要標識。如果咱們崇拜同一個圖騰，那麼就是同一個部落的，就要團結在一起，而不能相互廝殺。在《人類簡史》中，作者把這種虛構的圖騰稱之為想像的共同體，人類的想像力第一次開花結果，並從此人類社會進入了智人社會。智人社會有一個最根本的特徵，就是有了圖騰崇拜這一想像共同體，從而組織起更大規模的社會協作，而在圖騰崇拜出現之前是不可能凝聚成如此大規模的人類部落的。想像力在這裡發揮了最根本的作用，因為在人類還沒有具備認識大自然的奧秘的能力的時候，只能通過想像大自然背後有一個神秘意志在主宰著，並試圖揣摩大自然的意圖，那麼這時如果有誰能夠與天直接對話和溝通，他就必然是部落裡面最尊貴、地位最高的人。在古代，從事這一職業的人被叫做巫師，後來幾乎沒有任何一個時期巫師的作用有如此重要，地位如此之高，那時的巫師幾乎同時也是部落的首領。巫師主要負責祈禱和佔卜，向上天禱告，聆聽天意，並預測未來的吉兇，這樣的人無疑都具有神秘色彩，因為神秘所以強大。而遠古社會是一個信息極不充分的社會，知識和信息無疑是最稀缺的資源，或者說知識就是權力的來源，誰掌握足夠多的知識，誰就能夠帶領大家打到足夠多的獵物，採集到足夠的食物，那麼這個人就必然會被大家公推為首領。因為無知，所以迷信，在一個信息不充分不發達的社會，必然是迷信橫行，巫師被認為是具有神秘力量的人物，也就自然有了領導大家的資格和能力。遠古時期的巫術可以說是宗教最早的雛形，而巫師就是最早的神職人員。所以為什麼政教合一幾乎是所有前現代化社會共同具備的特徵，因為宗教本身就具有神秘主義色彩，它能夠為政治披上一層神秘的外衣，神秘的東西總是富有權威的。而傳統社會又是信息非常不充分不對稱的社會，在這樣的社會中要維護統治就必須要壟斷信息和知識的來源，宗教掌握著最神秘最權威的知識，所以政治不但需要宗教為其背書，賦予政權一種合法性和正當性，而且需要通過掌控宗教來壟斷信息的來源，實行愚民政策。總之對於天意的聆聽和未來的預測，一切解釋權歸於最高統治者。
也正是建立在這樣的心理基礎上，才有了政治和宗教的結合，也就是說在傳統社會，政治和宗教是一體的，不分家的。所以這才有了後來董仲舒提出的「君權神授」的概念，天子受命於天，皇帝是上天的兒子，體現的是上天的意圖，皇帝執政的基礎和合法性也正來自於此，即天意。老天爺選中了他，他是天選之人。君權神授，這是幾乎所有封建國家的君主極力宣揚的觀念，其目的只有一個，就是要讓老百姓相信，為什麼坐在皇帝寶座上的是他而不是你。正因為皇帝是天子，是能夠直接與上天溝通和對話的人，所以皇帝就要定期向天進行禱告，相當於述職。在中國這種形式又被稱為祭祀，或者祭天，幾乎所有皇帝在位期間都要舉行祭天大典，而天壇就是舉行這一重要典禮儀式的場所。以我們今天的眼光來看，可能覺得這種儀式荒謬而又滑稽，但是古人卻極其重視這種儀式感，在與天溝通的過程中必須要體現足夠的虔誠，豈可等閒視之？《左傳》中說，「國之大事，在祀與戎」，祀就是祭祀，戎是指戰爭，也就是說，在古代社會祭祀是要被提高到跟戰爭同等重要的國家大事層面來對待的，誰說祭祀不重要呢？祭祀跟戰爭一樣重要，戰爭雖然體現一個國家的硬實力，而祭祀則關係著一個國家人心的凝聚，體現的是一個國家的軟實力，而且祀還排在戎的前面，說明祭祀可能比戰爭還重要。甚至在歷史上某個時期，大臣崛起，皇權旁落，皇帝這時僅僅作為一個國家的象徵而存在，這時他只需要做的一件事就是祭祀了。所以才有了劉禪的那句很著名的話，「政由葛氏，祭則寡人」。正是因為古代社會政治和宗教是天然地結合在一起的，所以皇帝除了是一個國家政權的象徵，同時還是人們的精神領袖，是作為人們的信仰而存在的，因此必須要親自執掌祭祀這一重要儀式，其他東西別人都可以代勞，唯獨祭祀不可以，要不然何以體現皇帝的唯一性呢？因為只有他是天子，他才可以與天直接溝通聆聽天意，別人怎麼可以代勞呢？所以皇帝的話就是聖旨，他的旨意代表著天意，天意不可揣測，只需執行，有著不容置疑的權威性和正當性。這也是為什麼古代皇帝的詔書前面，都要加上一句「奉天承運」，既然這是體現的天意，那麼假傳聖旨在古代幾乎就是死罪了，因為這是在試圖挑戰和顛覆皇帝的權威。
有人說，中國自古以來就沒有宗教信仰，何來的政教分離呢？如果把宗教定義為像基督教佛教這樣的宗教，那麼對宗教的理解未免就太狹隘了。中國人可以說是不信教的，但不能說沒有信仰，中國人的信仰就是祖先崇拜，祭祀就是表達這種情節的一種形式，多少帶有一點宗教的原始色彩。直到今天，中國人依然保留著祭祀的習慣，逢時過節都會給祖宗燒紙，而西方社會就很少看到這一現象。這種對祖先的尊崇幾乎烙刻在每一個中國人的心中，流淌在我們的血液裡，成為中國所獨有的文化基因。也就是說中國人把對神的崇拜轉化成了對祖先的崇拜，在中國祖先就是我們的神。但中國也不能說完全沒有宗教，我覺得至少還存在一種類似於宗教的體系，那就是禮教。禮教就是中國的上層建築，而且是屬於上層的意識形態，因為中國自古有一句話「刑不上大夫，禮不下庶人」，「禮」是適用於士大夫階層的，這裡的「禮」就是禮儀，它不僅僅是用於調節人與人之間的人際關係，也是為了穩定社會的尊卑秩序，並且成為整個士大夫階層共同遵守的行為規範。不要以為禮儀僅僅是一種形式，它其實具有跟宗教形式一樣的性質，雖說形式大於內容，但是對整個社會具有一種約束作用。因為禮的背後體現的是倫理，宗教的存在其實也是為了解決人類社會的倫理問題，這就是為什麼中國的禮被稱之為禮教的原因。而中國古代還有一個掌握禮儀的官方機構，這就是禮部，負責制定各種禮儀以及外交事務，說明中國自古以來就是政教合一的，是把意識形態牢牢掌握在政府手中的。在明朝嘉靖年間，皇帝還因為「大禮儀」事件跟大臣發生爭執，以至釀成一出政治事件，而到了後來萬曆朝的「爭國本」事件，也是因為大臣認為不合禮制，直接導致皇帝罷工數十年不上朝，由此可見禮從來不是一件小事，它甚至可以說關係到國本，可以動搖社稷的基礎。
禮既然是社稷之本，在國家治理中如此重要，那麼就必然需要有一幫知禮守禮的人來執行這個禮，才能保證整個國家的正常運行。這些人在中國古代就是儒生，而把這些人發現並選拔出來的方式就是，科舉制。
二、科舉制與帝制
在封建帝制下面，皇帝作為天子，是上天的代理人，君權神授是帝制的基礎，也是整個帝國統治的根基，那麼皇帝必然要扮演一個半人半神的角色，事實怎樣並不重要，關鍵是要有人信。如果大家都不相信這一點，也就沒有共識了，統治的根基就沒有了，整個帝國的大廈也就必定轟然倒塌。皇帝需要有一幫人幫他打牢這個帝國的地基，並強化這個共識，把皇帝的權威層層傳達下去，讓普通老百姓都對皇帝產生敬畏，這是維繫帝國統治穩定的基礎，那就是穩定人心。有一群人就是扮演這種角色，那就是儒生，或者說是文官士大夫集團。文官士大夫集團是如何形成的呢？或者國家是如何把這些儒生篩選出來的呢？在古代，就是通過科舉制，也就是考試的方式，一個讀書人通過層層選拔得以進入到統治階層的隊伍中去，從此學而優則仕成為一個讀書人的階層上升通道，也是理想的人生路徑。在科舉制下面，讀書和教育成了獲取功名富貴的工具，而考試則成為讀書人的進身之階。
恐怕沒有人會否認科舉制對於鞏固帝制的作用，這個可以說再怎麼強調也不為過分。自從隋朝發明科舉制以來，這項制度幾乎就貫穿了整個封建皇權社會的始終，除了元朝短暫地廢止了科舉制，直到清末科舉制被徹底廢除，從此封建帝制也退出了歷史的舞臺。今天很多人都認為清朝廢除科舉，是導致清朝滅亡的非常重要的原因之一，這應該是不無道理的。因為科舉制自誕生以來，相當於帝制的一條腿，沒有了這條腿，帝制也就無法走遠了。為什麼科舉如此重要呢？如果說帝制是建立在政教合一的基礎之上，那麼科舉制就是用來強化這一基礎的最有力的工具，失去了這一工具，統治的基礎就不穩了，再加上信息的充分流入和人們視野的打開，對於皇權的崇拜和敬畏不再，君權神授的鬼話不再有人相信，皇帝被趕下了神壇，封建帝制的瓦解也就成了必然了。
自從董仲舒提出「罷黜百家，獨尊儒術」，再到科舉制的確立，及至後來朱元璋改革科舉，採用「八股取士」，儒家思想不但取得了社會主流意識形態的地位，獲得了官方的認可，還在通過科舉制不斷強化這一地位。自從漢武帝「罷黜百家，獨尊儒術」之後，官方就是一直把持著主流意識形態的話語權的。科舉制確立之後，儒家經典成為考試必考科目之一，進一步提高了儒家的地位。而到了八股取士之後，只有經朱熹注釋的四書五經才是官方唯一承認的標準答案，這就限制了人們對儒家典籍的任意發揮，從此不但只能讀儒家的典籍，而且對儒家經典的解釋也只能有一種。隨著封建皇權的不斷強化，對人們思想的鉗制也不斷加強，也就是說政教合一的這種趨勢也是不斷在強化的。而科舉制在這一過程中扮演著非常重要的角色。如果說封建帝制在本質上是一場造神運動，那麼通過科舉制選拔出來的人無疑是其中最得力的幫手，他們起著推波助瀾的作用。
我們都知道在古代，皇帝也是殿試的主考官，而殿試是整個科舉考試的最後一層選拔，皇帝要親臨考場並主持考試，給考生出題，由此可見皇權社會對科舉考試是何等重視，就好比現在的高考考場附近汽車不讓鳴笛一樣，整個社會都要為這樣一場考試讓步。正是因為皇帝主持殿試，所以古代考取功名的讀書人又被稱為「天子門生」，一個普通的讀書人可以藉由科舉這一考試跟皇帝攀上關係，從此光宗耀祖，並享有種種特權，科舉給一個人帶來的榮耀和好處可想而知，也難怪天下熙熙攘攘皆為之來了。既然讀書人都是天子門生，那麼皇帝也就相當於是所有讀書人的老師了，中國人自古有尊師重道的傳統，做學生豈有不聽老師教誨的道理。從這個角度來講，即使皇帝不是天子，他說的話也具有不容辯駁的正確性，因為他是你的老師。古代讀書人除了要以孔子為師，也要以帝為師。雖然亞里斯多德有一句名言，吾愛吾師，吾更愛真理。但在中國人看來，老師的話就是真理。這也是為什麼孔子被稱為素王的原因，雖然孔子生平當過的最大的官也不過是魯國的司寇，相當於今天的司法部長，其餘時間幾乎沒有一官半職，但他死後被尊為「大成至聖先師」，享有跟歷代帝王同等的待遇，一直到今天還被人祭祀。所以孔子是素王，不是王而勝似王，他是布衣之王，或者說是無冕之王。在電視劇《漢武大帝》中，董仲舒向漢武帝進言說，陛下雖然是天下的皇帝，但是天下不止一個皇帝，還有一位無冕之王，那就是輿論，只有掌管了輿論，陛下才是真正的天下之主。那麼孔子為什麼在死後依然可以享有如此崇高的地位呢？因為孔子人雖然死了，但是他的影響一直都還在，因為他影響的是讀書人的思想，是後世無數代的輿論。而且孔子雖然不參與政治，卻用春秋的微言大義做出了他的評判，也就是所謂的春秋筆法，他知道這必將對後世產生重要影響，所以說「知我罪我，其惟春秋」。因此孔子才是儒生真正的精神導師，是一位無冕之王，也就是「素王」。孔子雖不參與政治，卻能夠影響政治，用費孝通的話講，這就是出現了「道統」和「政統」的分離。在這裡，「道統」歸於孔子，而「政統」歸於皇帝，也就是讀書人相當於有了兩位老師，一位是孔子，一位是皇帝。當這兩位老師的意見不一致，也就是皇帝的所作所為不符合孔子他老人家的原旨，違背了儒家的教條之後，那麼多數儒生還是選擇聽孔子的，畢竟維繫道統是他們的職責所在。所以才有了「文死諫」的說法，文官士大夫的職責之一就是要向皇帝進諫，用三皇五帝的標準和孔孟的聖人之言來對皇帝的言行進行約束和規範，甚至不惜觸怒龍顏，有時還要付出生命的慘痛代價，而這種死法也成為士大夫階層最值得標榜的死法，是可以大書特書的。所以儒家思想不僅是封建皇權用來加強統治的工具，同時也是皇權的一味解毒劑，用來解專制之毒。正是因為有了文官士大夫對皇權的制衡，皇權不能為所欲為，皇帝的權威才能得以維持。科舉制本來作為維護帝制的一個工具，到後面竟發展出規模如此龐大的官僚集體，以至於走到了皇權的對立面，其帶來的結果就是文官集團和皇帝之間的對峙與矛盾。最典型的例子就是萬曆數十年不上朝，皇帝竟至於用消極怠工的方式來對抗整個官僚集團。
費孝通認為，孔子的出現是道統和政統分離的標誌，在孔子以前，政統和道統是合一的，沒有出現分裂。無論上古時期的三皇五帝，還是夏禹商湯周武王，都既是道德上的楷模，又是政治上的領袖，這裡是不存在道統和政統的分離的。儒家所推崇備至的三代，也就是堯舜禹時期，在他們的觀念裡是真正的黃金時代，因為三代開創了一個優良的政治傳統，那就是聖人治國。一個部落的首領同時還是一位聖人，這就相當於柏拉圖在《理想國》中所提出的「哲學王」，只有哲學家才能成為王，一個人道德完備聖明睿智，才具備成為首領的資格。那個時候聖人就等於統治者，老子在《道德經》中說，「聖人不仁，以百姓為芻狗」，這裡的聖人無疑是指的統治者，而不是像孔子這樣的聖人。只是後來由於從公天下演變為家天下，世襲製取代了禪讓制，這個時候部落裡最賢明的人不一定能夠成為首領了，而一個人成為首領的原因是由於血統，道統和政統第一次出現了分離，那麼新繼任的首領如何讓大家心服口服呢？這個幾乎成為所有的人類社會組織所必須面對和解決的問題。中國人依靠獨有的智慧，提出了創造性的解決方案，其中一個方法就是通過科舉制，依靠文官集團來保證政權的延續。科舉制和帝制如果完美結合，就可以相得益彰。皇帝的繼任者雖然未必是理想的人選，但是只要文官輔佐得宜，能夠有效約束和規範皇帝的言行，那麼皇帝也就能夠向理想中三皇五帝的標準無限靠近了。而在現實中這種理想情況並不多見，皇帝和文官之間這種微弱的平衡關係很容易被打破，鬥爭的結果就是必然有一方要向另一方妥協。皇帝和官僚之間雖然偶有矛盾，但是通過科舉制選拔出來的文官集體卻是帝制最堅實的擁護者。學成文武藝，貨賣帝王家，這是中國古代讀書人的生動寫照。帝王相當於是買家，試想假如沒有了皇帝，一身的文武本領又賣給誰呢，那就英雄無用武之地了。在這種情況下，教育成為了工具，而文人則成為政治的附庸。讀書人可以通過考試參與政治而從中分一杯羹，那就不得不竭力維護整個統治集團的統治利益，所謂食君之祿，忠君之事，因為這時他們都是拴在一條繩上的螞蚱。讀書人要想得到種種好處，不得不選擇與政治合作，為政治服務並向政治妥協。可以說，科舉制又一次讓政統和道統完美地結合在一起，再次實現了政教合一。從整個社會的角度來說，科舉制固然維繫了社會的穩定，但對讀書人來說，這卻不能不說是一種悲哀。因為科舉制讓讀書人失去了獨立性，不得不依附於政治，使讀書成了一個功利性的活動，那麼也就很難產生真正有價值的思想了。
中國在歷史上誕生了非常璀璨的思想和文明，比如春秋戰國時期的百家爭鳴，到最後只有儒家思想勝出，定於一尊，並通過科舉制不斷強化其統治地位。儒生和統治者共同合作，各取所需，這是中國特色的政教合一，因為中國的教並不是指宗教，而是禮教和教化。對於上層階級適用的是禮教，而對於平民階層適用的則是教化。中國雖然自古就有皇權不下鄉的傳統，但皇權對基層的滲透卻是無所不在的。在古代官員的政績考核中，對百姓的教化是重要的考核內容，所以官員每到一地都要興辦學校修建書塾，也就是孟子所說的「謹庠序之教，申以孝悌之義」。而且古代農村也有基層自治組織，那就是鄉約，是村民自發組織的，平時負責向百姓宣讀皇帝的敕令和教諭，以達到教化民眾的目的。在遠古時期，一般部落的首領同時也是巫師，是擁有巫術的，那是真正意義上的政教合一。只不過後來隨著社會分工的發展，有一批人專門從事巫師這一職業，而不再擔任首領的職務，這就出現了政教分離。而巫師和首領之間的合作，又一次使政教合一了。儒這個字很有意思，如果推究儒的來源，那麼儒就是從古代巫、史、祝、卜中分化出來的專司禮儀的人。在中國古代社會，最晚到了殷商時期就有了專門負責辦理喪葬事務的神職人員，最早期的儒其實都是巫師或術士。這也就是儒家為什麼又被稱為儒教的原因，因為它從一開始就不可避免地帶有宗教色彩。
三、宗教改革與歐洲的現代化
無論中國還是西方，在現代化過程中都繞不過去的一個基本問題就是政教關係問題。與中國的情況不同，如果說中國的政教合一是宗教依附於政治，世俗權力大於宗教權力，那麼在西方則正好相反，是政治依附於宗教，教權大於王權。這是因為中國和西方有不同的文化傳統，中國人比較務實，看重的是世俗，而西方人看重的卻是宗教信仰。前文中說，中國人並不是沒有信仰，只不過我們崇拜的是祖先，而西方人崇拜的是上帝。祖先雖然已經死去了，但至少也曾經在這個世界上存活過，而上帝卻是一個虛無縹緲的存在。正是因為中國人用祖先崇拜代替了對神的崇拜，也就避免了中國人滑向宗教信仰。因此在中國，宗教和在世俗的較量中始終沒有取得上風，宗教勢力也就不得不向世俗權力低頭。佛教和道教作為中國最大的宗教，也只是被歸入三教九流，從來都是不入流的。道士也只是為皇帝練丹藥，以求長生不老，不會對政治產生任何實際影響。而在西方則正好相反，由於上帝是絕對的權威，而教皇又是上帝的代理人，所以在歐洲黑暗的中世紀，教會擁有非常大的權力，可以處死異教徒，教皇的權力也遠遠大於國王權力，國王還要向教皇俯首稱臣。比如拿破崙稱帝的時候，還有教皇為其加冕。我們都知道，歐洲的宗教改革，其中一個重要內容就是主張將宗教權力和世俗權力分割，實現政教分離。宗教改革是歐洲現代化的起點，開啟了西方社會向現代化的轉型。正是因為有了宗教改革，才有了接下來的啟蒙運動、法國大革命和工業革命等一系列偉大變革。
《聖經》有一句名言，「讓上帝的歸上帝，凱撒的歸凱撒」。這是耶穌最先提出來的，在這裡上帝代表宗教，凱撒代表世俗政府，也就是宗教和世俗政府要分開。耶穌的這句話成為基督教中政教分離原則的教義依據。既然耶穌都已經提出了政教分離的原則，那麼為什麼西歐社會在後來還是不可避免地走上了政教合一的道路，並且教會勢力蓋過了世俗權力呢？這就要了解一點基督教史和歐洲歷史了。基督教作為目前世界上最大的宗教，是由耶穌基督創立的，下面又分為三個大的教派：天主教、新教和東正教。自從耶穌創教以來，一開始也是得不到官方承認的，所以耶穌才會被釘在十字架上處死。直到羅馬皇帝君士坦丁一世頒發米蘭敕令，羅馬帝國終於承認了基督教的合法地位。到了皇帝狄奧多西一世時期，基督教被定為羅馬帝國的國教。狄奧多西去世之後，羅馬帝國分裂為東西兩個部分，也就是東羅馬帝國和西羅馬帝國，分別由他的兩個兒子繼承。公元476年西羅馬帝國被日耳曼人所滅，歐洲就進入了長達一千多年的中世紀。由於日耳曼人的文明程度比羅馬人低，甚至連自己的文字也沒有，在徵服羅馬人之後，也開始皈依基督教，所以野蠻民族雖然在武力上徵服先進民族，但在文化上卻是被徵服者。於是教會便成了中世紀時期西歐唯一的學術權威，因為當時幾乎只有教士和修士才能讀書識字，教會幾乎壟斷了學術和知識。由於羅馬帝國分裂為東西兩部分，基督教也逐漸分化為天主教和東正教兩大教派，天主教以羅馬教廷為中心，權力集中於教皇身上；東正教以君士坦丁堡為核心，教會最高權力屬於拜佔庭帝國（東羅馬帝國）的皇帝。所以拜佔庭帝國的皇帝集教權和皇權於一身，實現了真正的政教合一。而在西歐，自從西羅馬帝國滅亡之後，就一直處於四分五裂的狀態。天主教為了維護基督教的正統，不斷發動宗教戰爭，也就是歷史上著名的十字軍東徵。當時西歐各國幾乎都是一盤散沙，要發動如此大規模的戰爭，必須集權力於教皇，才能最大限度調動資源，也因此教會權力逐漸高過了世俗權力，即國王要聽命於教皇，甚至國王登基必須得到教皇認可。到了十六世紀，由於造紙術和印刷術傳入歐洲，使知識的傳播變得更加方便，在馬丁路德、加爾文等人的領導下，德國率先發起了宗教改革，脫離出傳統的天主教，而產生了一個新的教派，基督新教。
由此可知，在歐洲漫長的中世紀，基督教幾乎都處於絕對的支配地位，也就是政教合一的狀態，而且教權凌駕於王權之上。這種狀況一直到歐洲宗教改革，才慢慢地有所改變。其中一個重要原因就是，由於造紙術和印刷術的推廣，《聖經》得以更加廣泛地傳播，教會不再能夠壟斷知識和文字。在這之前，教會不但壟斷了《聖經》，還壟斷了對《聖經》的解釋，一切對《聖經》的理解都要以教會的解釋為主。由於《聖經》是基督教的最高權威，而對《聖經》的理解又要藉助教會這一中介，那麼教會便成為溝通人與上帝之間的一座必經的橋梁。絕對的權力導致絕對的腐敗，教會也不能例外，隨著權力日益膨脹，也就逐漸滋生出一些腐敗行為。比如中世紀的歐洲教會為了瘋狂斂財，竟然發行了一種叫做贖罪券的斂財工具，「只要金幣丟進贖罪箱的叮咚一響，靈魂便直飛天堂」。一些有識之士看不下去了，便發動了宗教改革，試圖打破天主教會的壟斷地位。馬丁路德貼出了《九十五條論綱》，與天主教會進行辯論，其中非常重要的一條，就是「因信稱義」說。所謂「因信稱義」，就是因信仰得永生，只要你信仰上帝就行了，靈魂就可以得到救贖。而傳統天主教會的教義之一是，因行稱義，也就是說你要想得到救贖，就必須經過不斷苦修，過著修道士一般的生活，還要藉助於教會和教堂，通過定期參加一些繁複的儀軌，比如彌撒等，死後才能進入天堂。馬丁路德認為可以跳過教會的連接，簡化這些儀式，每個信徒都可以直接跟上帝溝通，並且每個人對《聖經》都可以有自己的理解，而不必以教會的解釋為主。這樣一來，教會對《聖經》解釋權的壟斷就被打破了。在教會日益成為桎梏的歐洲中世紀，宗教改革無疑是黎明前的一道曙光，劃破暗沉沉的夜空。
宗教改革打破了教會對《聖經》的壟斷，那麼就削弱了教會的權威，把人們的思想從教會的束縛中解放了出來，同時也讓王權逐漸擺脫了教會的控制，實現政教分離。正因此，歐洲才能形成統一的現代民族國家，而這是現代化必備的政治基礎。並且，宗教改革在衝擊了教會地位的同時，也間接削弱了王權。我們都知道，教權和王權是壓在新興的資產階級頭上的兩座大山，當這兩股封建勢力擰在一起的時候，是很難推翻的，只有它他們分開，才能從中各個擊破。王權雖然擺脫了教會的控制，看似更獨立自主了，但是也失去了教會的庇護，沒有教會提供的「君權神授」的背書，那麼國王執政的合法性和基礎就會受到質疑。於是，從「君權神授」的觀念切換到「主權在民」也就順理成章了，權力的來源從自上而下的變成了自下而上。所以，宗教改革也為啟蒙運動拉開了序幕，因此才有了接下來的法國大革命。
從經濟上來說，宗教改革也促進了歐洲資本主義的發展。馬克斯·韋伯在《新教倫理與資本主義精神》一書中，說他發現這樣一個事實，「在現代企業的經營領導者和資本所有者中，高級技術工人中，尤其是在技術和經營方面受過較高訓練的人中，新教徒佔了絕大多數。」為什麼會出現這種情況呢？韋伯認為要「參與上述經濟職能，一般要擁有一定資本或要受過通常費用高昂的教育，」天主教徒和新教徒之間的這種差別一部分可以用繼承財產的差別來解釋，另一方面，「天主教徒中畢業於專門提供技術學習教育和從事工業與商業工作教育的院校的學生，其百分比要遠遠落後於新教徒所佔的百分比」。因為天主教徒更樂於接受人文性的教育，而新教徒更偏重於技術和實用性的教育，韋伯認為這是導致經營資本主義企業的天主教徒如此至少的一個重要原因。天主教徒較少參與到現代商業活動中，而新教徒更樂於參與商業活動，這就是由信仰的不同導致的。新教之所以能夠促進歐洲資本主義的發展，必然是因為新教的倫理中包含了某些資本主義精神。
因此，宗教改革的意義不僅僅是推動了政教分離，更重要的是它是一場思想解放運動，把人從教會的思想禁錮中解放了出來，賦予個人更多的自由和世俗權利，因此才能去推進創新和技術變革。從這個意義上講，宗教改革是歐洲現代化的起點。
四、政教分離的本質：腦腦分離
雖然宗教改革有著上述的進步意義，但是弊端也是顯而易見的，因為每個人都可以根據自己的觀點來理解《聖經》，那就不可避免地存在著各種曲解。比如當基督教傳入到中國，洪秀全憑藉著對《聖經》的曲解，說自己是耶穌的弟弟，上帝的二兒子，創立了拜上帝教，這在本質上其實是一個邪教，而太平天國也變相地成了一個政教合一的組織，這是導致太平天國運動失敗的一個重要原因。曾國藩在討伐太平天國的時候，打出的旗號是衛道，也就是要捍衛禮教和儒家正統，從這個角度來看，太平天國戰爭實質上是一場宗教戰爭。乃至後來的義和團運動，其直接原因也是老百姓和洋人教會之間的衝突所致，因為教會勢力在民間引起了強烈的反感。亨廷頓在《文明的衝突》中說，當今世界的很多爭端是由於宗教的矛盾引起的，宗教矛盾正越來越成為很多地區局部爭端的導火索。
今天的中國似乎沒有太多宗教衝突，那是因為中國自古以來就沒有宗教信仰的傳統，或者說中國的主體人群是不信教的，所以宗教矛盾沒有成為社會的主要矛盾。似乎今天再談論宗教問題沒有太大意義，但我們對宗教的理解不應該僅僅局限於宗教信仰，這裡的教不僅包括宗教，還應包括教育、思想和輿論，凡是涉及意識形態的東西都應該與此相關。既然說宗教改革在本質上是一場思想解放運動，那麼何謂思想解放呢？所謂思想解放，就是要讓每個人都享有思想的自由，要讓大家敢想，既有這樣想的自由，也有那樣想的自由。羅斯福曾經提出四大自由：言論自由、信仰自由、免於貧困的自由和免於恐懼的自由，而言論自由和信仰自由都屬於思想層面的自由。既然大家都有思想的自由，那就意味著絕不僅僅只有一種思想，一種主張。當一個社會只剩下一個思想，一種主張的時候，那就相當於此時只需要一個人去思考就可以了，全社會只需要一顆腦袋，剩下的人不需思考，只需執行就可以。而如果有思想的自由的話，那麼每個人都可以擁有自己的思想，整個社會其實就有無數顆腦袋。如果說智力也是一種資源的話，這兩種社會所擁有的智力資源是不可同日而語的。現在回過頭來看胡適當年之所以主張「多研究問題，少談些主義」，就是為了避免從問題之爭陷入主義之爭，一旦變成主義之爭，那最後的結果必然就是一種主義戰勝另一種主義，整個社會最後只剩下一種主義。
因此，思想解放就是要讓腦腦分離，而政教分離的結果就是促進了思想解放，所以政教分離的實質是腦腦分離。過去我們都說腦體分離，現在腦腦分離，就是要讓學術獨立於政治，讓這兩種智力資源分開，二者互不幹涉，也就是當年北大校長提出的「獨立之思想，自由之精神」。試想，假如學術和政治摻雜在一起，會出現什麼樣的結果呢？那必然會導致學者官僚化、官員學者化的傾向，這也就是為什麼我們現在看到中國高校有這麼多學者熱衷於去政府部門撈個一官半職，而政府官員也熱衷於弄個博士學位，好給自己貼上學者型官員的標籤。須知學術和政治本來就應該承擔不同的社會職能，而學者和官員自然也應該扮演不同的角色，豈可混為一談？如果一個學者學問做的好，就可以去政府擔任個一官半職，是否依然沒有擺脫過去學而優則仕的傳統路徑，那麼學者為了追求世俗利益自然也就沒法靜下心來做學問了，或者說在懷著功利性目的而做出的學問又有幾分含金量？同樣地，一個政府官員是否也應該同時還是一個學富五車的大學者呢？我認為政府官員也並不一定就需要具備那麼多的學問，而具備很高的學問的人也未必就適合從政，想當年吳晗也是個大知識分子，曾經一度做到北京市長，可是結果又如何呢？說到底，行政部門是負責實踐的，而學術部門是生產理論的，理論和實踐並不必然是重合的，也可以出現分離。實踐完全可以走在理論前面，也可以落在理論後面，所以說改革開放就是在摸著石頭過河，很多都是實際上已經發生了的事情，事後再進行追認，理論上再進行研究。比如當年安徽鳳陽縣小崗村的包產到戶，這並不是哪個學者提出的建議，而是農民自發搞出來的。如果必先有了完備的理論再去進行實踐，就像先畫好了圖紙再去施工一樣，這種情況通常只存在於烏託邦，畢竟真實的世界並不是一個實驗室，跟理想世界還是有很大差距。
政治和學術混為一體的後果就是，學術和教育淪為政治的附庸。放眼如今的高校教育，幾乎沒有哪個學校哪個專業不需要學習思政課，也就是毛概、馬原、思修和近代史這四門功課，而且這四門不僅必修，學分之高甚至還超過了其他專業課。也就是說，無論你是學什麼專業的，只要你想保研，這四門你是繞不過去的，不僅要學而且還要學好，不然你學分績點就達不到。那麼你說我不保研考研總可以了吧，對不起考研同樣是繞不過政治的，不管考什麼專業政治都是必考科目，也就是說只要你想讀研究生，就必須得學好政治。我們不否認學習政治有助於提高一個人的覺悟水平，但是這是否會妨礙一個專業方面天賦極高而不擅長記憶背誦的人才繼續在學業上深造呢？原來在我們的教育評價體系中，又紅又專才是培養一個人才的標準，而紅還排在專的前面。也就是說專不專無所謂，但紅是必須的。這對於一個人專業性和天賦的發揮某種程度上無疑是一種損失。
在政教合一的體制下面，官員學者化帶來的後果可能比學者官僚化更甚，試想假如一個國家的領導人同時還是哲學家和思想家，是最高級的學者，這不就是柏拉圖在《理想國》中提出的「哲學王」嗎？可惜哲學王只存在於烏託邦。學者固然不太可能成為政治家，但一個政治家要想成為學者卻是輕而易舉，只需要提出一個思想讓下面的人去論證就可以了，自然不乏投其所好者。這時領導人同時還是思想家，他就是最大的學者，那其他的學者自然要圍著他轉了，其帶來的惡劣影響是不言而喻的。如果全社會都信奉一種思想的話，就相當於成為一種宗教，這時領導人就變成了教主，個人崇拜就很容易抬頭了。而個人崇拜如果發展過了頭，就會成為迷信，而迷信正是專制的土壤。所以政治家同時兼具思想家的身份，在本質上還是政教合一，這恰恰是最值得警惕的。
中國雖然自古沒有宗教信仰的傳統，宗教衝突也沒有成為社會的主要矛盾，但這裡的教不僅是指宗教，還包括文化，且這種傾向更加不易察覺，因為文化的影響往往是潛移默化的，所以文化和思想的衝突是一種潛在的隱性的矛盾。中國特色的政教合一根源就在於學而優則仕的傳統路徑，而要實現政教分離則要擺脫這種路徑依賴，最可行的辦法就是教育去行政化，打破行政本位，取消高校的行政級別，大學校長不再由政府任命，從此不再有什麼副部級高校或部屬高校的概念，而學者也不再擔任行政職務，評價一個學者只是看他的學術成果，而不必看職位頭銜。如果能夠打破行政對於教育的幹預和壟斷，那麼教育也就不必向行政靠攏，不用去爭取政治資源，這時學者才能敢於說話，而不必鸚鵡學舌，領導人說什麼，學者就跟著說什麼，這樣的學者在精神上永遠是侏儒。比如在當前中美貿易戰的大背景下，之前很少有人能夠預見到中美之間會爆發貿易戰，還都沉醉在天朝上國的美夢之中，甚或嘲笑川普的滑稽無釐頭，直到美國人突然發難，才被打得措手不及。這時所謂的專家學者們又有幾人能夠拿出行之有效的應對措施？由此可見中國這些智庫的水平之低也是令人瞠目結舌的，平常看不出孰高孰低，但是潮水退卻之後才能看清誰是在裸泳。難道我們能指望那些天天鼓吹中國全面超越美國的國情專家們研究出有效的對策嗎？中國的智庫何以在面對重大問題如此束手無策呢？究其原因，還是因為大家都沒有獨立的思想，都不敢去想，所以智庫無智，並沒有發揮應有的作用。如果真的允許學術自由和思想自由，學者們敢想敢說了，智庫也能夠沉下心來踏踏實實研究一些問題，「多研究問題，少談些主義」，也許實現偉大復興的中國夢才指日可待。