18世紀日本國學者抵制儒家形式主義的中國傳統，但他們除了提出未成體系的自然主義和直覺鑑賞外，並沒有可取而代之的東西。強調日本的獨特性和本質，看起來也未能激發他們去尋求其他更有用的模式。但到本居宣長撰寫的主要作品時，另一條找尋知識的途徑已經大大向前推進了。這就是藉由荷蘭商人帶到長崎的書籍而進行的西學研究。
蘭學的興起
在18世紀，他們主要分成兩類。一類是在長崎協助荷蘭東印度公司和幕府進行貿易的翻譯行會。大約二十個家族世襲這項工作，提供能幹的後繼者，有時也通過收養繼子來羅致。另一類是跟隨藩主住在江戶（現東京）的醫生，人數很少。
在那裡，當新井白石審問在1709年非法入境的義大利耶穌會教士西多蒂（Sidotti）時，蘭學第一次受到幕府注意。在18世紀20年代，為了改良曆法，將軍德川吉宗準許若干家臣開始研究蘭學，同時放鬆了對有關西學的中國書籍的檢查。半個世紀後（1770年）醫生、學者前野良澤獲準出「境」，前往長崎直接向那些翻譯人員學習。
那些翻譯有學習荷蘭文的最好機會，但他們的時間都用到公務上去了。不過，即便他們也沒有字典或其他學習語言的工具。經過他們苦心翻譯，1796年一部字典終於完成。這本字典的修訂本於1833年完成，但到1855年才獲準出版，這時已是佩裡叩關之後了。
長崎翻譯志築忠雄高興地寫信給大槻玄澤說，他的一個僕人幸運地被一位就要去江戶參觀的地方藩主徵用為腳夫。志築乘此機會寫信給大槻說：「你能不能借給我任何講新穎而有趣的物理學、天文學理論的書籍？中文的或西文的都可以。我特別想看那本你說正在撰寫的關於對數的數學書。我有一本書叫《求心力的法則》（Wetten der middelpunizoekende kragten），討論天地運動的原理、天體運行快慢的原因和送行駐留的原理。我已經把它翻譯好了。」 這封信可以證明，日本的翻譯時代事實上早就已經開始了，而真正令人紀念的第一個成就，就是江戶歷史性解剖。
杉田玄白和前野良澤這兩位觀察者都是學荷蘭文的醫生，前野在1770年獲準在長崎停留幾個月。這次解剖在杉田的回憶錄《蘭學事始》中有詳細記錄。 ……原先約定是由解剖技術高超的穢多虎松來做，但是那天他恰好突然生病，所以由他做屠夫的祖父代替。老人已經九十歲了，但還很健壯。他告訴我們，他年輕時多次幫忙解剖，自己也解剖過幾個人。據他說，在那之前，解剖交由穢多負責，他則在其中尋找肺、肝、腎等，告訴要切掉的部位。
來看的人們遠遠地眺望，似乎不會直接去窮究內部。內臟自然沒有標記，當時人們都相信他的指點。那天也是，屠夫一一指出了各個臟器，還指出了除了心、肝、膽、胃以外不知名的內臟，說自己雖然不知道它們的名字，但是他解剖過很多人，每個人腹內都有……根據我們的解剖圖，其中一些原來是大動脈、大靜脈和腎上腺體等……過去的醫書說，肺分六葉兩耳、肝左三葉右四葉，但我們發現並非如此，胃腸等的位置和形狀也和以前的說法完全不同…… ……那天的死屍是個大約五十歲的老婦人，綽號叫青茶婆，生於京都。
在返家途中，良澤、淳庵和我同行。途中我們興致勃勃地談論，被這次實驗徹底震驚了。身為藩主醫生而對醫學上最基本的人體真正結構茫然無知，我們感到慚愧。為了要做名副其實的醫生，我們要基於此實驗，辨明身體的真理……然後我建議不藉助長崎的翻譯而是把這本《解剖圖表》（Tafel Anatomia）讀通，並把它翻譯成日文……
杉田幾乎不由自主地寫道：「『蘭學』這個新名詞在社會上出現和傳播，並在全日本流行起來。」
質疑漢學
1815年，杉田在八十三歲高齡撰寫回憶錄時說，「今天，所謂『蘭學』已經很普遍流傳了。有志者嚴肅認真地從事研究，知識欠缺的人也不加考慮地誇張其事。回想起來，我們幾個老頭子倡導這種求知之學，幾近五十年了。」
杉田回顧說，漢學有朝廷的全力支持，還派有遣唐使，而蘭學不同於漢學，但為什麼它變成這樣重要呢？杉田最後回到這個問題。「當時我從來沒有想到蘭學會變得如此之盛。漢學是修飾文章的學問，所以發展緩慢，而蘭學則是將事實原原本本地記錄，所以會更容易接受吧。」
不過他仍然承認，也可能是漢學先「開人智見」。 正如基恩先前提到本多利明的話，杉田的回憶錄、日記和對話清楚地顯示日本已進入一個新時代。漢學支配的時代已經結束。漢學有時是錯的，例如在人體組織方面；有時又不切實用，因為它通常和保守主義、愚民政策相聯繫。在1775年的一次對話中，對談者向杉田提出異議：
你看，朝鮮和琉球雖然都不是中華，而且相距頗遠，但它們的書籍均用中華的文字寫成，又接受了相同的聖人教化。你現在教授的醫學知識，是來自世界西北角遠離中華九萬裡的國家。它們的言語跟中華語言迥然不同，它們對聖人也一無所知。它們甚至是蠻夷國家中最邊鄙的國度，風俗殊異。它們的學問能給我們什麼好處呢？ 杉田回答說：華夏人慣於鄙視蠻夷，但你瞧，現在是誰統治他們呀！
無論如何，全世界的人總是相似的，而彼國亦不過是東海一隅的小國。真正的醫學知識必須有普遍的基礎，而不能根據少數人的智慧。此外，實驗證明，聖人關於人體結構的書是錯誤的。
這個證據說明，如果輕視荷蘭人或者他們的學問，實在是大謬不然。 杉田從他的翻譯中學到什麼呢？芳賀徹教授提出五點重要的教訓：一、中國人是錯的；二、傳統的學問無論看上去多麼權威，也不能盲目迷信；三、醫學必須根植於人體的實際和生物學知識；四、從這一點出發，人人都是平等的；五、因為人人平等，醫生必須學會一視同仁地對待他們。
這五點都沒有直接的政治關係，但從長遠來說，卻都有重要的政治意義。蘭學者從此可以預言，面對西方優越的知識與技術，幕府保持日本與西方隔離的政策註定失敗。
我們可以看到，上述各點的影響遠超杉田時代，並直接影響佩裡來航（1853年）之後日本改頭換面的巨大變化。它們的確持續很長時間，即使在杉田生前，日文譯著也已涵蓋了西方科技和科學的主要方面。到19世紀初葉，求知慾旺盛的日本人開始談論伽利略和牛頓的理論。
杉田及其朋友開始的翻譯運動，以及由該運動導致的教育和實驗方法，既是日本世界觀在轉變的過程中已經崩潰的象徵，又是促使其崩潰的因素。它所產生和培育的態度，使德川末期的日本成為具有無窮趣味與活力的時代。蘭學者邁出了通向此後形成的公開科學界的第一步。