微生物菌劑是指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁後，利用多孔的物質作為吸附劑（如草炭、蛭石），吸附菌體的發酵液加工製成的活菌製劑。這種菌劑用於拌種或蘸根，具有直接或間接改良土壤、恢復地力、預防土傳病害、維持根際微生物區系平衡和降解有毒害物質等作用。農用微生物菌劑恰當使用可以提高農產品產量、改善農產品品質、減少化肥用量、降低成本、改良土壤、保護生態環境。
微生物菌劑如何促進根系生長？
微生物菌劑中含有的大量活性有益菌，像哈茨木黴和枯草芽孢桿菌等，在土壤中不斷地生長發育繁殖，分泌大量的幾丁質酶、生根素等物質作用於土壤中，同時還能夠固氮解磷活鉀，提高土壤中肥料的利用率，在做到爆發式生根的同時，還進一步促進作物持續生根，所以微生物菌劑促生根的持效期更長，使作物長勢更健康。
首先，微生物菌劑促生根的原理不同於生根劑生根粉促生根的原理。
生根劑生根粉促生根的原理：在作物生產應用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根劑，復硝酚鈉等多個成分，是在植物體內維持植物的頂端優勢，誘導同化產物向產品（果實）運輸，促進植物生根等。
微生物菌劑促生根的原理：通過施入土壤後開始繁殖分泌出來的分泌物比如幾丁質酶，生根素等物質改善土壤環境，間接作用於植物，並不是直接作用植物，基本適用於所有植物。
其次，微生物菌劑促生根的持效期更長，不僅能夠爆發式生根，還可以持續生根，且作物長勢更健康。
再次，微生物菌劑不僅能夠促進生根，還能夠養根護根，減少病蟲害的發生。
再者，使用微生物菌劑不僅能夠生根護根，還能調理土壤環境，使作物處於健康的生長環境中。
如何正確使用微生物菌劑？
一是注意殺菌劑的使用時間。菜農長期不合理施肥後，土壤問題日益加重，蔬菜根系病害多發，預防、治療根部病害的次數增多，其中會包含殺菌劑，而這些殺菌劑對有益微生物同樣也會起到殺滅作用。所以，在灌根、衝施殺菌劑後，不能混合或者緊接著使用微生物菌劑，否則一點效果也沒有。當然，使用殺菌劑後，土壤中微生物包括有益的和有害的數量都會急劇減少，那麼，在殺菌劑有效期約7天後，再衝施微生物菌劑，有益微生物能迅速佔位，並發揮作用。菜農可根據土壤中微生物菌群的實際情況，合理安排殺菌劑和微生物菌劑的使用時間，確保土壤中有益微生物菌群佔主導地位。
二是注意配合使用供給微生物營養的產品。微生物菌劑施入土壤中，在適宜的條件下激活後，需要吸取養分迅速繁殖，而產品自身攜帶養分量有限，若菜農在使用微生物菌劑時，配合使用甲殼素、海藻酸、胺基酸等產品，可以為補充的有益微生物提供養分。當然，若土壤中有機質含量豐富的話，使用微生物菌劑後，也能得到充足的營養供給。
綜上所述，隨水衝施微生物菌劑後，既要保證微生物活性，又要保證其食物所需，這樣才能讓有益微生物充分發揮作用。就目前來看，有益微生物能促進土壤有機質的分解，產生有機酸類物質，如胺基酸和某些微生物，量雖少，但能刺激作物生長，增強根系發育，提高根系吸收能力。根系生存的土壤環境好了，根結線蟲、根部病害等也自然減少了。
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