薩迦派是藏傳佛教中一度十分興盛的教派。因為它的主寺在後藏薩迦地方，所以就稱薩迦派，薩迦就是灰土的意思。薩迦派寺廟牆上常刷塗紅、白、藍三色條紋，俗稱花教。該派的發展與衰落與元朝政權的興亡密切相關，在歷史上曾起過獨特的作用。
薩迦派大致始於公元11世紀後期，創始人是貢卻傑布。其時西藏地區經濟、文化都有了新的發展，前弘期所傳的密教經典和宗教儀軌越來越不適應社會發展。一些遠見卓識的佛教大德們開始重新翻譯大量佛書，新密咒的翻譯傳播也日益興盛。貢卻傑布眼光不凡，首先在經濟上採取了改革措施，推行初具雛形的封建農奴莊園制。在宗教上貢卻傑布也胸懷遠大，廣學新密教法，在義理上另立宗門，創立了所謂「顯密兼攝，完滿具足，而無錯謬之道」的道果法和一整套宗教儀軌。1073年貢卻傑布創建薩迦寺，薩迦派正式形成了。貢卻傑布的兒子貢噶寧布在宗教義理、修持方面自成一派宗風，薩迦派在他手中得到興旺發展，所以薩迦派後世尊貢噶寧布為薩迦一祖。
薩迦派真正在政治上獲取重要地位和在社會上廣泛傳播應算在四祖薩班和五祖八思巴時期。
薩班的佛學造詣很是精深博大，通達大小五明，著述達19種之多，如《三律儀論》、《正理藏論)、《薩迦格言》等對藏傳佛教和藏族文化發展影響很大。公元13世紀30年代，蒙古統治者舉兵西徵，作為穩定後方的措施，元太宗窩闊臺的兒子闊端派大將達爾汗臺吉多達率軍入藏，鞭影起處直卷到熱振寺一帶。多達入藏，了解到西藏政治權力與各教派寺廟緊密相聯的特點，便向闊端建議，選用當時實力較為雄厚的薩迦教來維持在西藏的統治。於是闊端向薩班提出邀請。
薩班本人則協調各派勢力，充當西藏地區的代表人於1247年到涼州與闊端見面會談。經過妥協後，元朝統治者在西藏以薩迦派為代理勢力建立了一整套的統治體制。因而薩班在西藏劃歸元明統治的過程中可謂作用巨大。
薩迦五祖八思巴是薩班的侄子，談判時即已隨薩班到涼州1251年薩班歸寂，八思巴繼承了他的地位。八思巴對元帝的影響極大，這方面在整個藏傳佛教史上也難以再找一個可相提並論的人物。
薩班在世時八思巴已深受元朝王室的信任。八思巴的道法很高明，1253年，忽必烈親自請他為自己授密教灌頂。1260年忽必烈即位後，封八思巴為「國師」,並賜玉印。後又封為帝師，開了授封帝師的先河。帝師的權力很大，掌管全藏的宗教事務，同時還對藏區長官的任免有建議權，所以八思巴可以說是元王朝的一個顯赫的政治人物。
思巴在文化上貢獻也很大。1269年，他奉忽必烈的詔請創製「蒙古新字」,被加封為「大寶法王」。後來，八思巴又進言忽必烈，請求元朝中央免除西藏寺院的一切賦稅負擔，驛使、官兵不要沿途住宿寺院，都得到忽必烈的認可。此舉對於藏區佛教文化的發展作用極大。同時，元朝統治者對藏僧大加賞賜，僧侶官員中貪汙盛行，元朝國庫入藏幾達半數，對內地危害程度很深。
薩迦派教法的核心是「道果法」。道果法的修持此處略去不談，以下是道果法的理論路線，歸結為「首應破非福，次則破我執，後除一切見，知此則為智」。
首應破非福。道果法首先從輪迴因果觀出發，說明人身十分難得，獲得各種善報更是難得。因而修道之人首先要修福報，即行善積德尊佛累功等等，如此則須破除一切惡念，禁止所有惡事。這樣破非福後，至少可以保證來世不入惡道，而生入善道(天、人、阿修羅)中，可以繼續修道。
次則破我執。「破非福」雖然可以保證來世不受苦楚，但畢竟屬於有為法的範圍，可得則可失，並不是根本的解脫境界。所以修福修到了一個限度，就應該追擊苦惱的根源。這個根源就是「我執」這個妄念，認為真有一個我存在，不知人身、意念等等都不過浮雲過客，反而執著不放，對外物追逐不休，自然墮入無邊苦惱之中。斷除「我執」,就去掉了苦惱之源。這是除我相的工作。
後除一切見，知此則為智。以上的諸種見解雖然正確，但畢競是針對煩惱的狀態而說的，如果真正解脫了話，那麼連什麼「破我執」之類的見解也是空穴來風，水花鏡月，不足為憑了。這就是說，一切見解都是針對當事人的狀態而建立的理論。好比對病開方，病好了，方子也即棄捨不用。當事人離開了煩惱的狀態，一切見解自然隨之消解。所以修法之人破我執必須破得乾淨，隨之一切正見邪見都如冰釋雲開。無所執著，這樣就可能達到涅槃的妙境。
薩迦派的佛教思想具有明顯揉合雜成的特點，論其來源有中觀自續派、中觀應成派、唯識相實派、唯識相假派等多種源流，論經典則有《華嚴經》《楞伽經》、《究竟一乘寶性論》、(密集法》、《喜金剛法)等，多種顯密經典。薩迦派佛教思想超越門戶之見，博採眾長自成體系的特點，可以看作是佛教藏化的重要表現。
元朝中期以後，蒙古皇室統治力量逐漸削弱，薩迦派內部爭權奪利之風盛行，其勢力逐漸衰弱微。不久，噶舉派的帕木竹巴勢力取而代之，掌握了藏區的政教大權。但薩迦派的教法並未因此煙消雲散，相反沿襲至今不衰。