肥料直接作用於土壤，其中的有害物質若過量更是威脅著土壤健康。化學肥料的主要有害物質為重金屬、縮二脲以及氯化鈉、氟化物等雜質鹽類、礦物放射性和部分有機汙染物，主要通過礦物原料、加工過程生成或者副產、使用廢酸等途徑進入。
以有機肥料為例，其原料安全的問題一直是業內的焦點。由於環境汙染以及集約化農業的發展，大量汙染物質進入畜禽糞便、城鎮垃圾和城市汙泥等有機肥資源中，導致有毒有害物質（重金屬、有機汙染物、病原菌等）不斷積累，長期施用將對土壤、水體和農產品質量安全帶來威脅。據南京土壤研究所對集約化養殖場畜禽糞便的調查資料，若以歐盟綠色食品生產用有機肥標準為參照，則鋅超標66%，最高達標準值的8倍；鎘超標40%，最高達標準值的16倍；銅超標34%，最高達標準值的25倍；鉻和鎳分別超標14%；鉛超標4%。即使按歐盟常用有機肥標準來評判，鋅超標52%，鎘超標20%，銅超標26%，鉻超標10%。此外，與國外相比，中國有機肥施用技術規範則還不成熟，導致農民往往過量施用有機肥。
為此，去年5月，國務院印發《土壤汙染防治行動計劃》（「土十條」）要求修訂肥料、飼料、灌溉用水中有毒有害物質限量和農用汙泥中汙染物控制等標準，進一步嚴格汙染物控制要求。近期，《肥料分級及要求》標準改變了以往根據養分含量劃分等級的慣例，依據有害物質限量劃分肥料，為打造肥料安全走出了關鍵的一步。有業內權威人士表示，一方面，《肥料分級及要求》猶如一把「照妖鏡」，為勇擔責任和使命的肥料企業打氣，將貪圖小利、不履行企業社會責任、不規範經營的企業照出原形，通過政策導向和市場倒逼，推動肥料安全縱深發展，激發企業主觀能動性，積極作為。另一方面，《肥料分級及要求》定義了生態級肥料，關鍵的一點就是不給生態系統帶來負面作用，無疑為肥料發展指明了方向，也有助於為當前一部分炒作概念的有機農業降降溫，為人民美好生活掃清障礙，留下真心懂農業、愛農村、愛農民的農人。
此外，環保部發布了《土壤水溶性氟化物和總氟化物的測定離子選擇電極法》(HJ873-2017)，旨在規範土壤中水溶性氟化物和總氟化物的測定方法，為首次發布，自2018年1月1日起實施。這無疑又為維持土壤健康增加了技術支撐。未來，相信會有更多圍繞土壤健康的技術規範、政策等出臺，劍指土壤健康和農產品安全。
肥料在作物豐收，增產方面的功勞有目共睹，是名目其實的「糧食的糧食」。正因如此，肥料安全也是人類美好生活基石的不可或缺的重要有機組成部分。作為重要的農業投入品生產者，肥料企業不要抱有僥倖心理，要積極應對。有害物質限量是大勢所趨，為當下及未來留下可持續發展的農業是肥料行業義不容辭的責任，肥料企業要在有害物質限量上積極探索技術，大膽創新，有力回應人民美好生活呼聲。