1949年6月29日，南非開始實行種族隔離制度。種族隔離（Apartheid）是一個南非荷蘭語單詞，意思是分離，這是當事南非政府為其種族政策定的正式名稱：實際上，它是指一種制度化的種族隔離、壓迫和剝削的體制，在這種制度下，非白人的行動自由與政治、社會、經濟權利均遭到嚴厲的限制。
實行種族分離就是將國家劃分為白人（歐洲人）區和非洲人保留地，並將白人區的居民分隔到所謂「集團住區」內。為非洲人指定的保留地或「班圖斯坦」有九個。雖然非洲人的數目超過白人，其比例大於4:1，但這些保留地只佔南非國土的13%，而且其中有些是這個國家最貧瘠的不毛之地。
反對種族隔離的鬥爭遠遠超出了南非的邊界，當年的這場鬥爭使聯合國進一步明確了其擔負的解決此類棘手問題的責任。同時有助於塑造國際社會整體的道德良心。因此，南非所取得的成功也是聯合國取得的成功之一。
無論聯合國在使南非擺脫種族統治方面所發揮的作用多麼重要，這絲毫不能令人忽視更重要的事實：民主和平等所以能贏得勝利，全靠南非人民他們自己堅決抵抗並推翻種族主義統治。國際社會對種族主義政權施加壓力，其決心愈加增長的各個階段，都可直接追溯到南非國內抗爭的不斷升溫。確實，不論外界的支持力量有多大，僅憑外力絕不能消除種族隔離。然而，南非人民認識到在他們的鬥爭中需要國際社會給予支援，於是就公開作出呼籲。聯合國在動員國際社會提供道義、政治和物質支援方面發揮了必不可少的作用。
種族隔離到後來幾乎大家都感到憎惡，但聯合國還得經過多年的持續努力，耐心地促使會員國形成共識：單單口頭上的譴責是不夠的，有行動才能奏效；促成關於各項有關措施的協議；支援受壓迫人民進行合法鬥爭，迫使南非政府懸崖勒馬。
當通過談判達成可行的解決方案後，聯合國在促進南非國內各方協商以及協助南非過渡到非種族主義的民主國家方面發揮了非常重要的作用。這種促成各方妥協的外交努力鮮為人知，因為進行這種活動理所當然地不能張揚。
在早期，聯合國對種族隔離的譴責，大大地鼓舞了向種族主義暴政進行鬥爭的南非人民。當納爾遜·曼德拉於1962年11月7日在法院中以全國罷工總頭目的罪名被起訴時，他能在陳詞中提到聯合國大會前一天通過的呼籲對南非實行制裁的決議。他說：「我仇視種族歧視的作法，而全世界絕大多數人同樣仇視種族歧視，這一事實給予我巨大支持。」
在其後各年，聯合國為解放運動提供了論壇，進行了反對種族隔離的國際性運動。聯合國拒絕讓南非政府的代表出席聯合國各個會議，並且承認解放運動是南非人民的真正代表。它投入了大量的時間和資源來凝聚國際社會的力量，對南非當局施壓；它不單促使各國政府，同時也促使全世界人民，參與反對種族隔離的運動，從而推動了日益波瀾壯闊的反對種族隔離運動。
在南非政府正式制定關於剝奪大多數南非人基本權利的政策，而將統治權交給種族少數者後，聯合國開始著手對付種族隔離，其工作可分為三個主要階段。
在第一個階段(1948年至1966年)，聯合國三番五次地呼籲南非重新審視其政策，以便確保全體南非人充分平等。當南非拒絕這些籲請，特別是在1960年沙佩維爾大屠殺之後，聯合國各個主要機構就考慮採取一些使南非政府謀求和平解決之道的各項措施，包括經濟制裁在內。安全理事會於1963年通過對南非實行武器禁運，不過五個常任理事會對大會屢次敦促的較為廣泛的經濟制裁卻出現了意見分歧。然而，大會設立了反對種族隔離特別委員會，為動員國際社會採取協調行動提供了條件。
在第二階段(1967至1989年)，由於南非當局一直拒絕妥協而且變本加厲，聯合國發起國際性運動，最終遍及全世界，在大多數的國際關係中將南非孤立起來。儘管聯合國會員國對制裁和其他措施應否強制執行意見不一，聯合國促進了武器、石油和其他經濟禁運、體育與文化方面的抵制以及其他形式的公共行動。聯合國就種族隔離問題大事宣傳，在世界各地積極製造輿論，從而使這個運動在世界各國得到支持，其中包括南非的一些主要貿易夥伴國以及不肯對南非施加制裁的國家。
在第三也是最後一個階段(1990至1994年)，南非當局終於給予解放運動合法地位，傾向通過談判謀求解決之道時，聯合國對此給予鼓勵。1989年12月大會通過《關於種族隔離及其對南部非洲破壞性影響的宣言》，以此為起點的努力過程，最終實現了1994年4月歷史性的選舉。聯合國在促進談判、協助確保自由、公平選舉方面發揮了關鍵作用。這不僅僅是應南非所有主要政黨的請求，而且也是應南非種族少數政府的請求。當各式各樣的暴力危及談判進程本身時，聯合國提供了重要的支援。在1994年，聯合國調協工作，讓國際觀察員對南非的民主普選進行了實地觀察。