《周易》六十四卦，相傳是周文王在被商紂王囚禁於羑裡時，潛心研究伏羲八卦，在八卦的基礎上推演所創。六十四卦按一定的順序排列，是為卦序。
在歷史上，《周易》的卦序並不只一種。目前我們所能詳細了解的有兩種，即通行本《周易》卦序和馬王堆漢墓帛書本《周易》卦序。
通行本《周易》，也就是歷史上流行的《周易》版本，其六十四卦排列順序是以乾卦為首，接著是坤卦，最後是未濟卦；1973年12月，湖南長沙馬王堆漢墓出土的帛書中有《周易》一書，其卦序與通行本不同，從乾卦開始，而以益卦結束。
我們先來看帛書六十四卦的卦序（帛書六十四卦的卦名與通行本不盡相同，下圖中綠色字體為通行本的卦名）：
這個卦序的排列「密碼」，已經被後人破解了。簡單來說：
1.帛書六十四卦可以分為八組，如上圖，而每一組八個卦的上卦（上三爻）都是一樣的（八卦由三爻組成，八卦兩兩相重為六十四卦），依次是乾、艮、坎、震、坤、兌、離、巽。
2.前四組的上卦乾、艮、坎、震，都是男卦或陽卦，以老父（乾）為首，接著依次為少男（艮）、中男（坎）、長男（震）；後四組的上卦坤、兌、離、巽，都是女卦或陰卦，以老母（坤）為首，接著依次為少女（兌）、中女（離）、長女（巽）。
3.每一組八個卦中下卦的排列，也有一定規則，即除每組首卦為本卦自重外，其餘都按乾、坤、艮、兌、坎、離、震、巽的順序展開。其中乾與坤、艮與兌、坎與離、震與巽兩兩對立，一陽卦一陰卦；從卦象上看，則是三爻完全相反。而各陽卦與各陰卦的排列次序，仍然是按乾、艮、坎、震與坤、兌、離、巽展開，與上卦有共同處。
可見，帛書六十四卦的排列順序，是比較講究陰陽規律的，同時也突出了六十四卦是由八卦相重而形成的規則。
再來看通行本六十四卦的卦序：
對這個排列順序，《易傳》中的《序卦》傳認為，六十四卦從乾、坤到既濟、未濟，乃是一個存在著因果關係的系列，後卦因前卦而來，或者是相承接，或者是相反對。（微：古今神秘文化）
比如它說先有天地，就是「乾」、「坤」。天地合氣，便形成了萬物；而「屯」的一個意思是充盈，意即天地間充滿了萬物，所以乾、坤兩卦之後是屯卦。萬物初生之時都比較幼稚，所以屯卦之後是蒙卦，「蒙」就是事物幼稚的意思。事物幼稚的時候，需要養育，所以蒙卦之後便是「需」卦……
不難看出，這樣來解釋六十四卦的排列順序，多少顯得有些牽強附會。
六十四卦覆卦對應圖此外，唐代學者孔穎達在《周易正義》中也提出了一種解釋，他認為從卦象上來看，六十四卦的排列是「二二相偶」，即每兩卦為一個對子，互相配合；而它們的配合方式有兩種：「非覆即變」。
「覆」就是兩卦的卦象完全顛倒，如屯卦和蒙卦，泰卦和否卦，同人卦和大有卦等；「變」就是兩卦的卦象六爻完全相反，如乾卦和坤卦，坎卦和離卦，中孚卦和小過卦等。其中以「覆」的方式居多。
孔穎達應該說，孔穎達此說確實道出了六十四卦排列中一些規律性的東西，但並沒有完全解釋清楚。如「乾坤」對偶卦之後，為什麼會排「屯蒙」對偶卦呢？
從目前的研究來看，通行本卦序形成的時間很早，肯定早於帛書本卦序（戰國時魏襄王墓中隨葬的《易經》，其卦序就已與通行本一致），因此它是淵源於更古遠的經文版本。這個卦序是本身就沒有嚴整的規律呢，還是這個規律我們目前仍未破解？還有待進一步的研究！