鼠疫是一種自然疫源性疾病，是以發病急、傳播快、病死率高、傳染性強為特徵的烈性傳染病，是《中華人民共和國傳染病防治法》規定的甲類傳染病，居39種法定傳染病之首， 又被稱為「一號病」。曾在世界上造成三次大流行，死亡人數不計其數。我國已判定的鼠疫疫源地分布在17個省、自治區的201個縣(市)，面積達60餘萬平方公裡。在世界鼠疫處於活躍的情況下，1991～1994年在青海、新疆、西藏、雲南、內蒙等5省發現人間鼠疫106例，病死率24.5%。
鼠疫的病原菌為鼠疫耶爾森菌，屬腸桿菌科，耶爾森菌屬。該菌通過其終宿主齧齒動物傳播給中間宿主跳蚤，再通過跳蚤叮咬，接觸人類或者易感動物而將病原菌傳播給人或動物。
鼠疫的主要宿主和媒介是嚙齒類動物和跳蚤，蚤類是鼠疫的主要傳播媒介。
然而，近年來，不斷有報導出現新的鼠疫菌感染的動物和媒介，甚至新病原體的出現。新宿主動物的出現，鼠疫傳染源（儲存宿主）有野鼠、地鼠、狐、狼、貓、豹等，其中黃鼠屬和旱獺屬最重要。我國發現的染疫動物由1990年的57種增加到2006年的87種，特別是與人接觸密切的牧犬、家貓、馬鹿、犛牛、兔等動物染疫和傳播鼠疫的概率增加。
鼠疫主要影響非洲、亞洲和美洲農村地區的小型齧齒動物，通常通過節肢動物媒介（跳蚤）傳播給人類。少見情況下，感染發生於接觸動物組織或呼吸道飛沫後。
1、腺鼠疫：通過叮咬接觸途徑傳播的病原菌會首先侵犯淋巴結，導致淋巴結腫脹、壞死和膿腫，多為腹股溝淋巴結，這個過程稱為腺鼠疫。
2、敗血性鼠疫：病原菌侵入血流大量繁殖所致，形成菌血症、敗血症，這個過程稱為敗血性鼠疫。可出現高熱（39-40℃），皮膚黏膜出現小出血點，若不及時搶救可在2-3天死亡。
3、肺鼠疫：病原菌經過血流積聚在肺部，並在肺泡巨噬細胞內繁殖後引起肺炎，這個過程稱為肺鼠疫。肺鼠疫由腺鼠疫、敗血型鼠疫繼發而成，病人出現高熱咳痰、痰中帶有大量肺鼠耶爾森菌。患肺鼠疫的病人或動物可通過近距離空氣飛沫傳播將病原菌傳播開來，導致鼠疫的流行。被感染髮病的敏感動物和人在感染鼠疫耶爾森菌後大多數在一周之內死亡。
生物恐怖是指使用生物戰劑作為恐怖襲擊武器，造成烈性傳染病的暴發、流行，導致人群失能和死亡，引發社會動蕩的事件。
鼠疫耶爾森菌是對國家和公眾安全可能造成威脅的重點病原體之一。世界衛生組織、美國軍方一直將鼠疫作為生物武器予以防控 。
2005年3月在首屆國際刑事警察組織反對生物恐怖主義國際會議上，國際刑警組織已經明確表示，生物恐怖主義已經成為全球最大的安全威脅之一，一旦不法分子利用鼠疫菌製成生物戰劑，這將對人類的生命與健康和社會的穩定產生極大的威脅。
鼠疫耶爾森菌的傳染性極強，標本處理時應嚴格遵守生物安全操作規程，在Ⅲ級生物安全實驗室內進行，並採取嚴密的個人防護。
1、塗片：典型形態為革蘭陰性短粗桿菌，菌體兩端鈍圓且濃染，亦易被苯胺染料著色。無鞭毛，可與本屬其它細菌相區別。不形成芽胞。在死於鼠疫的新鮮動物內臟製備的塗片或印片中，可見吞噬細胞內、外形態典型的菌體，且有莢膜。
2、培養特性：兼性厭氧。最適生長溫度27℃～30℃，在普通培養基中能夠生長，但生長較緩慢，在含血液或組織液的營養培養基中，經24小時～48小時形成可見菌落。有毒菌株形成灰白色，粘液性菌落。在肉湯培養基中沉澱生長和形成菌膜，液體一般不混濁，稍加搖動，菌膜下沉呈鐘乳石狀，此特徵有一定鑑別意義。
結合臨床相關症狀，一旦做出鼠疫的初步判斷或確診，應立即通知臨床醫師並報告CDC。
鼠疫耶爾森菌可在動物間、動物與人、人和人之間傳播，其中最主要的是動物間的傳播。因此控制動物間的傳播是預防的關鍵。
疫區人員應做好防護，注射減毒疫苗，注意個人衛生，預防蚤類叮咬。
病人嚴格隔離，各型鼠疫應分別隔離。肺鼠疫患者應一人一室，室內無鼠、無蚤。醫護人員進入收治鼠疫病人的病房要做好防護，要求進入隔離室醫護人員必須穿防護服，戴帽子、N95口罩和手套、眼罩、穿隔離衣及膠靴。做好手衛生。對病人實施近距離操作時，要戴全面型呼吸防護器。
病房環境用含氯消毒劑或過氧乙酸消毒，病人排洩物徹底消毒 。
雖然公眾對通過呼吸途徑傳播導致鼠疫流行存在憂慮，但呼吸道傳播不是鼠疫的常見傳播途徑，並且對其存在確立的感染控制措施。
鼠疫應強行使用抗菌藥物治療，不治療的患者死亡率達到50%以上。
目前臨床上治療首選慶大黴素和鏈黴素。暴露後預防一般選用選藥物為多西環素。根據感染部位不同而採集患者淋巴結穿刺液、血液和痰等標本送檢，因鼠疫是烈性傳染病，一旦做出初步判斷或確診都應即刻通知臨床，隔離並治療患者，協同疾病控制中心儘早查清傳染來源，必要時實行疫區封鎖，以免疾病擴散蔓延。