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元素分析是確定化合物結構的重要手段，可以反映化合物的元素組成和結晶水數目等重要信息。元素分析是紅外、紫外、核磁共振、質譜等四大波譜分析的必要而有益的補充，是藥物結構研究必須進行的測試項目。但在一些申報資料中，申報單位在進行該項檢查時未結合化合物的結構特徵進行，僅進行了完成作業式的研究，從而得出錯誤的結論。下面結合審評中的一些具體實例對元素分析中的常見問題進行分析，希望能引起申報單位的重視。
1、忽視結構中的結晶水/吸附水
某些化合物結構中含有一定數目的結晶水，很多化合物還可能含有少量吸附水。在進行化合物的元素分析時，要考慮結晶水/吸附水對結果的影響，否則，很有可能得出錯誤的結論。
1.1結晶水改變的影響
含有結晶水的化合物在進行元素分析時，常見有兩類錯誤：
（1）測試前對樣品進行了重結晶處理，但重結晶的溶劑與合成工藝不一致，導致結晶水的丟失。如某化合物結構中含有2個結晶水，合成工藝中的重結晶為異丙醇－水，但在結構確證前對化合物採用丙酮進行了重結晶處理，導致化合物結構中結晶水數目的改變。
（2）乾燥除去吸附水時造成結晶水的丟失。為消除吸附水對元素分析的幹擾，在元素分析前往往對測試樣品進行乾燥處理，但如果化合物結構中同時還含有結晶水，則應注意乾燥方法的適用性。該類化合物的乾燥處理宜採用60℃真空乾燥等較為溫和的方法，而不能採用105℃真空乾燥或紅外燈乾燥的方法，否則容易造成結晶水的丟失。
1.2吸附水的幹擾
某些化合物具有很強的吸溼性，在放置過程中或測試過程中易吸附一定的水分，如果元素分析測試前不對樣品進行處理，則可能會造成氫元素量的偏高，碳、氮元素量的降低。該類化合物測試時應對樣品進行乾燥處理，且最好避免在陰雨天等環境溼度較大時進行測試。
2、忽視殘留溶劑的影響
樣品中殘留的有機溶劑，由於量較小，其存在一般不會對元素分析的結果產生影響，但有時某些有機溶劑可以與樣品形成溶劑化物，形成較為牢固的結合。如某含鋁的化合物，在用醇性溶劑進行重結晶時，可以與重結晶溶劑形成穩定的溶劑化物。在進行元素分析時，由於殘留溶劑的影響，造成測試結果與理論值偏差很大。經補充，申報單位重新對結晶溶劑進行了研究，改用非醇性溶劑對樣品進行了重結晶處理，消除了溶劑的幹擾。
3、測試元素偏少，不能全面反映結構
樣品中所含元素的種類對確證樣品的結構具有重要意義，但常規的元素分析儀僅能對碳、氫、氮三種元素進行分析，對氟、氯、硫、磷、金屬元素進行分析時，需採用其他化學方法。某些申報單位在申報含有上述元素的化合物時，僅對碳、氫、氮三種元素進行了測試，未對其他元素進行分析，不能全面反映化合物的分子信息，需要進一步對這些元素進行測試分析以全面反映化合物的結構。
4、用高分辯質譜代替元素分析時的問題
高分辯質譜法是採用解析度（M/△M）在10000以上的質譜儀對分子離子峰進行精確分析，並結合標準譜庫檢索，對化合物的分子組成進行推測。與元素分析相比，高分辯質譜具有更高的靈敏度和準確度，且方便快捷，樣品中少量雜質的存在也不會對結果產生影響，因而很多情況下，元素分析可以用高分辯質譜來代替。但以下兩種情況下，用高分辯質譜代替元素分析應慎重：
（1）質譜圖中無法得到分子離子峰或分子離子峰很小。如支鏈烷烴、醇類化合物等分子離子不穩定，往往不出現分子離子峰；醇類容易失水，出現(M-18)+的碎片峰，易把碎片離子分子峰誤認為分子離子峰。此時，需要降低質譜儀的電子轟擊能量，或採用軟電離的方法獲得分子離子峰。
（2）高分辯質譜不能全面反映化合物的結構。如有些化合物，可以形成單鹽酸鹽，也可形成二鹽酸鹽，結構確證的一項重要任務是確定分子中酸根的數目。而由於高分辯質譜中僅出現游離鹼的峰，因而此時不宜用高分辯質譜代替元素分析，否則，將不利於化合物全面信息的獲得。