胃食管反流病，從機械論的角度來看，是種運動障礙性疾病；從系統論的角度來看，又是種功能性疾病。
從西方工業革命發展出來的西醫，在治療動力性疾病上佔據很大的優勢，例如骨折（運動系統）、溶栓（血液動力系統）等等，在胃食管反流病中，如若合併了食管裂孔疝，手術就是好的治療方法。但是在功能性疾病的治療方面，則有些差強人意，例如腦卒中的後遺症、運動損傷的恢復，康復治療遠遠落後於臨床的發展。
許多胃食管反流病的患者除了反流引起的症狀以外，常常合併胃脘隱痛、胃痞脹滿、食欲不振、噯氣呃逆、嘈雜易飢、口乾舌燥、大便乾結、畏寒怕冷、夜不安寐、腹痛腹瀉、神疲乏力等胃與全身症狀。此時運用中醫中藥治療就能發揮其辨證論治、綜合調理的優勢，可取得比單純應用抑酸藥更好的療效。因此，改善患者胃與全身其他症狀，是中醫藥治療本病的特色與優勢。
中醫認為，胃食管反流病的病位雖在食管和胃，但與肝、膽、脾、肺等臟腑關係密切。其基本病機是肝膽失於疏洩、脾失健運、胃失和降、胃氣上逆、上犯食管，從而引起的一系列的臨床症狀。疾病的過程中可產生氣、血、火、痰、食、溼、虛等諸多病理變化，使病情纏綿難愈。
與西醫裡胃食管反流病的病因分多種原因相比，中醫的病機似乎很簡潔明了，但其實也一樣充滿了不同見解和爭議。而且不單單是在病機、辨證、診治上，就連在這個貌似簡單的問題上，也爭議良久——如何給胃食管反流病定個合適的中醫名？
在古代中醫文獻中，「吞酸」、「反胃」、「胸痺」、「呃逆」、「梅核氣」、「噎膈」、「胃脘痛」、「痞滿」等範疇中都可找到與胃食管反流病相關的內容的描述，但其中的任何一種作為病名，都不能代表胃食管反流病的病證、病因、病機的特點。現代中醫曾以「食管帶（音dan）」命名，但未被普遍採用。在2009年制定的《胃食管反流病中醫診療共識意見（深圳）》中，仍只是籠統的提出：「根據主症歸屬於吐酸、食管瘻等範疇」。
直到發布《吐酸病（胃食管反流病）中醫診療方案（2014年版）》，應該才算將胃食管反流病的中醫名稱定為「吐酸病」。而「食管癉」，現在多指「反流性食管炎」。
之所以出現這樣的爭論，在於胃食管反流病就是一個器官（食管）帶著另一個器官（胃）在體內興風作浪，而中醫的臟腑卻代表的是一個系統，難以具體到某一個或幾個器官上。
例如，中醫裡的肝，不是你身體裡的那個肝，它不是分泌膽汁的地方，而是主疏洩、主藏血，「藏魂」之處；中醫裡的腎，也不是你身體裡的那兩個腎，不單單是為了生成尿液、排洩尿液（主水），而是主骨生髓，主藏精、生殖之處。
我們常聽「肺與大腸相表裡」，說是肺與大腸在病理上的相互影響，其中的一種表現就是大腸傳導功能失常可導致肺氣失於宣降。如大腸實熱，腑氣壅滯不通，可以導致肺失宣肅，而出現胸悶、咳喘、呼吸不利等。如果把中醫裡的「大腸」，作為一套消化系統延伸為食管和胃，那胃食管反流病可以引起胸悶、憋氣、咳嗽、哮喘、甚至肺纖維化，就可以得到一個合理的解釋了。