女大學生花（宮崎葵配音）跟他（大澤隆夫配音）相遇後不久，便墜入情網。花後來得知他是以人類姿態生活的狼人，但是花對他的心意並沒有因此改變。兩人開始一起生活，後來他們孕育出兩個新生命，將在下雪的日子出生的姐姐取名為雪，而雨天出生的弟弟取名為雨。
雪生性活潑，好奇心旺盛；而雨則是體弱多病、膽小。他們這一家看似平凡，兩個小孩卻是擁有人類跟狼這兩種特質的狼的孩子。為了隱瞞這個事實，一家四口在都市的一角靜靜地生活。日子過得平淡卻幸福。原以為這樣的幸福時光會一直持續下去，卻因為身為一家之主的狼人驟逝，被硬生生的剝奪了。
花雖然遭受喪夫的打擊，依然在心裡發誓要好好地將兩個孩子養大。她為了讓孩子們將來能自由選擇當人類或是當狼，毅然決定避開都市的人，搬到環境雖然嚴峻，卻擁有豐富大自然的鄉下居住。
具體詳情
同樣是細田守導演的動畫電影，《狼的孩子雨和雪》一方面延續了《穿越時空的少女》裡乾淨單純的純愛氣質，同時更繼承了《夏日大作戰》大膽的想像力，為觀眾帶來了一個另類的暖心童話故事。
開頭先是以小雪的視角切入，通過敘述回憶的方式，介紹了故事的緣起，母親花在大學時代意外結識了來蹭課的沉默男子，兩人互生情愫正要順理成章的走到一起之際，男子卻在一個深夜把自己身世的秘密吐露給母親，原來他有著古老的狼族血脈，是個傳說中的狼人半妖。
生性樂觀單純的花勇敢選擇了擁抱愛情，夫妻倆的愛情結晶姐姐小雪和弟弟小雨很快來到了這個世界上，可惜此時父親卻發生了意外，一次在城市裡進行捕獵中被林業部門擊殺。無所適從的母親不得不一個人想辦法把這兩個特殊的狼人寶寶拉扯長大。
故事的主要內容，就是圍繞著花媽媽一個人絞盡腦汁一口奶一口飯把兩個孩子從呀呀學語，撫養到滿地打滾，從坐在後面驕傲的看著孩子們在幼兒園入學典禮上左顧右盼找自己，到兩個孩子都長大成人離家遠行的十三年點點滴滴展開。
其中不少細節刻畫尤為出色：
花蹲在店門口等狼爸爸等了好久，狼爸爸匆匆趕來，花抬頭笑靨如花，暖人心脾。
花給孩子們用木刻測量身高，看著孩子慢慢長高，溫暖真實。
又如鏡頭橫移切換雨和雪的小學升級，雪坐在第一排上課積極，而另一教室雨坐在最後一排無精打採，性格反差寥寥幾筆便舒展開來。
一場大雪銀裝素裹，母子三人在雪地裡奔馳，歡聲笑語不斷，冰雪奇緣既視感，太美了。
弟弟雨在雪地裡捕獵時失足掉進河流裡險些死去，小雨一臉興奮的說著自己的不害怕時，花媽媽卻淚流滿面，抱著雨失聲痛哭，看得心都快碎了。
印象深的就是最後一次，花穿著黃色的雨衣，對著決定做狼的雨遠去的背影大喊：「可是媽媽什麼都還沒為你做啊！」，這就是母愛啊，永遠覺得自己做的不夠多，兒女總有一天要長大離家，那種複雜的心緒只有為人父母的才能真正體會吧。
為人父母的真是太辛苦了，整部片子花一直都像一朵花一樣燦爛的笑著，堅韌柔軟，保持著樂觀的生活態度，即使韮崎爺爺大聲斥責她「笑的話什麼都做不好！」。碰到艱難困苦的時候總之就算是勉強也要笑出來，這樣的話就總能熬過去。所謂父母，就是那不斷對著背影既欣喜又悲傷，想追回擁抱又不敢聲張的人。
最終那個狼少年雪選擇回歸自然，狼少女雨選擇做一個普通人，享受甜蜜的愛戀，成長中所有蛻變都需割捨。剛被雨水衝洗過的山毛櫸葉子，剛被雨水衝洗過的蜘蛛巢，剛被雨水衝洗過的天空，萬物都在太陽下閃耀著仿佛世界在一夜之間重生。
母親花對於孩子的選擇尊重釋然，想起龍應臺的話，所謂父女母子一場，只不過意味著，你和他的緣分就是今生今世不斷地在目送他的背影漸行漸遠。你站立在小路的這一端，看著他逐漸消失在小路轉彎的地方，而且，他用背影默默告訴你：不必追。
正如片尾曲《母親之歌》（おかあさんの唄）中所唱的：要選擇兩條分歧道路的哪一條，你直直凝視著遙遠的彼方。已經沒有什麼東西能給你了嗎，當你啟程的日子到來，我一定會微笑目送著你離開。但總感到有些寂寞呀，請你要堅強地活下去。