這些機構都是明朝的實權機構，司法機關，特務單位和偵查部門，
大理寺，實際上就是明朝的最高法院，自唐朝以後基本上就確定了大理寺的職能。大理寺屬於中央司法機關，但刑罰之事由刑部處理，大理寺是執行機構。大理寺最高長官是大理寺正卿（三品），職責是審理和判定案件。大理寺與刑部和御史臺，並稱三法司。但大理寺正卿與刑部尚書和御史臺大夫職責各有不同。職能和權力都是最低的。
明朝最為後世詬病的就是特務統治，而管理和統轄明朝特務機構的就是太監組成的東西二廠，這又延伸出明朝又一個弊病宦官幹政。而司禮監則是宦官群體裡面最高機構，明朝一個太監如果做到司禮監那真是太幸福了，最高峰了。司禮監的相當於內相，其職權與內閣首輔相當，司禮監是替皇帝工作，司禮監又分為掌印和秉筆兩大機構和職責，秉筆太監負責代替皇帝「批紅」。就是代表皇帝在奏疏上批覆意見。掌印太監職掌皇帝玉璽和印章，就是秉筆太監負責籤字，秉筆太監負責蓋章，有最終的決定權。二人相互制約和監督，至於說二人誰的職權大，就看具體情況，但基本上來說，掌印太監是老大。而且掌印太監領導東西二廠。劉瑾，魏忠賢，王振，馮保。他們都是掌印太監。也是明朝其他太監的仰望的對象。
做一個恰當的比如，東廠就是中統，東廠的全稱是東緝事廠，是明代的特權監察機構、特務和秘密機關。明成祖時期設立東廠，由宦官擔任首領。 東廠權力巨大而且只對皇帝負責，不經三法司批准，可隨意監督緝拿大臣。而之所以用宦官。一是皇帝信任，二是身處皇宮，用起來比較方便。全稱為「欽差總督東廠官校辦事太監」，簡稱「提督東廠」。東廠的首領稱為東廠掌印太監也稱廠公或督主，是宦官中僅次於司禮監掌印太監的第二號人物。通常以司禮監秉筆太監或掌印太監親自擔任。
西廠的職能和東廠一樣，全稱"西緝事廠"。明憲宗在1477年於東廠之外增設西廠，其權力超過東廠。但存在時間不長。也就六年的時間，但這六年西廠的權力遠遠大於東廠和錦衣衛。
至於說六扇門，明清兩代都沒有六扇門這個這機構。實際上六扇門是司法機構的統稱，衙門就是現在來說就是政府機構，以門為名，門戶的意義無疑是極為重大的。封建時代的衙門有著嚴格的規定，任何僭越都是不可以的，具體來說，六扇門是指是中軸線上的大門、儀門、宅門，每門各安兩扇黑漆門扇，合計六扇，所謂「衙門六扇開」就這麼叫開了，很形象很好記。也是衙門口朝南開，有理沒錢別進來也是這個起因。六扇門這個稱呼也就成為代稱了。
錦衣衛就是明朝的軍統，屬於正式 的朝廷編制，他是明朝專有軍政搜集情報機構，最初叫「拱衛司」，後改稱「親軍都尉府」，統轄儀鸞司，掌管皇帝儀仗和侍衛。洪武十五年改置錦衣衛。是皇帝親軍十二衛之一。錦衣衛是作為皇帝侍衛的軍事機構存在的 ，其首領稱為錦衣衛指揮使，基本上是武將擔任。只對皇帝負責，不經三法司可以逮捕任何人，包括皇親國戚，並進行不公開的審訊。錦衣衛與東西二廠合稱為「廠衛」。後世就代指特務機構。廠衛幹預司法，是明朝一大弊政。
應該說，無論是司禮監還是東西二廠和錦衣衛，都是明朝政治統治工具，而在明朝之前，兩漢與唐宋並沒有這樣的組織，這實際是政治退步的表現。政治迫害是有的，冤假錯案都是針對官僚階層。對老百姓則危害不大，這也是為何後世對司禮監還是東西二廠和錦衣衛評價都不高的原因。
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