故事講述，在2009年1月的清晨，一臺民航機劃破曼哈頓的天際，眾目睽睽之下迫降在哈德遜河，負責駕駛的薩利機長保住了全飛機155條性命，贏得英雄的美譽，然而失事調查接踵而來，考驗著薩利機長的名聲。
《薩利機長》乍看之下還真有前幾年勞勃辛密克斯的《機密真相》的味道，同樣是場奇蹟般的驚險迫降，機長同樣周旋於媒體、飛安調查，只是《薩利機長》的機長不如《機密真相》有這麼多道德缺陷，自然少了那般人性陰暗的深層拉扯。因為這一次，薩利機長是位奉公守法、身先士卒的滿分機長。
主演薩利機長湯姆·漢克斯再次證明他是影史上最具說服力的美國夢化身，從來不輕易說失敗、為自己的工作驕傲、盡心全力完成自己的義務，從《阿波羅13號》、《搶救雷恩大兵》、《怒海劫》、甚至是配音的《玩具總動員》，他身上體現出標準的星條旗英雄樣貌，於是當飛機沉浮在河面，他仍深入機艙搜索生還者，直到確認乘客都離開後才掛念起自己的安危。
影片的另一位主角無疑是攝像機背後的導演克林特·伊斯特伍德，這位影史永不磨滅的傳奇西部英雄，駕著馬奔向夕陽的黃沙剪影，成了當代影壇最具代表的全才創作者。只是這回他不再是手持左輪手槍的硬漢牛仔，隨著時代演進，克林特·伊斯特伍德的作品愈加凸顯英雄的老邁與不合時宜，《經典老爺車》面對年輕人的力不從心、《美國狙擊手》風光戰功背後的格格不入，《薩利機長》的主角不再戲劇化，薩利機長是位真人實事的英雄人物，他的冷靜與精準判斷拯救了機上155條人命，然而英勇事跡後，他面對的是媒體的嗜血本質、飛安會的調查、以及計算機仿真的飛行情境，在在質疑當時判斷的合理性。
隨著證據一則又一則對薩利機長不利，模擬飛行一次又一次安全降落在跑道，《薩利機長》在最後的聽證會，讓薩利機長大聲說出克林伊斯威特念念在茲的立場：經驗。電腦的模擬無非就是去除人性的存在，薩利機長長達40年的飛行資歷，將千萬名旅客平安接送至目的地，40年的豐功偉業，卻能讓僅僅208秒的計算機仿真評斷人生？科技最矛盾莫過如此，究竟科技是用來輔助人類，還是用來制服人類！
身為一個傳奇影壇老將，看著克林特·伊斯特伍德將電影剪裁得如此得心應手，那段迫降的驚險分秒，完美重現的CGI特效場景，將最新視覺科技與傳統敘事手段處理得有聲有色，觀眾就算知道結局仍是如坐針氈，唯獨這位縱橫影壇數十載的巨匠才有如此經驗與實力，高齡80數載的導演克林特·伊斯特伍德戲外也對著大家喊話，科技對電影來說是輔助，而非主體限制。
不過，克林特·伊斯特伍德最著迷的仍是英雄的傷疤，薩利機長宛若所有的戰後軍人，即便接受眾人歡呼，接受親吻、擁抱、酒吧特調，人生並沒有從此順利，外在是家中的經濟周轉困境、媒體短暫的一窩蜂、調查人員的咄咄逼人，內在則是心中殘存著迫降的不忍回憶，電影的開頭，他夢到迫降失敗，飛機直直衝撞高樓，就算是醒著，他看著窗外都市景色，依然預見飛機將都市慘重毀滅的悲劇。
《薩利機長》還有幾段貼近著機上的乘客，使得這場意外就如日常生活般令人措手不及，當紐約市民站從高樓窗戶看見飛機在眼前低空飛過，宛若喚起他們心中最沉重的回憶，當兩棟飛機直接衝撞曾是帝國驕傲的雙子星大樓，就連接待薩利機長的人都說了：「這是紐約長久以來關於飛機的好消息。」一場飛機失事意外，串起數條生命交集，喚起人民仍未撫平的傷疤，這場意外的英雄人物薩利機長最後否認自己的事跡，「我們是一起完成這壯舉的」，機組人員的合作無間、警消機關的傾力救助、平民百姓的熱心幫忙，這場意外也燃起人性的光輝，證明這世界依然值得我們為之奮鬥。
911事件的每一個年頭，美國各地舉行著紀念哀悼儀式，飛機災難恐怕是美國人民永遠無法拭去的傷口。《薩利機長》在影片的片尾播放著當事人再次齊聚機骸的片段，他們想到當時情境仍餘悸猶存、眼眶泛紅，「重要的是我們要一起扶持度過難關」機長夫人這麼說。