小編最近將《黑客帝國》三部曲又細緻地觀看了一遍，這部電影真不愧是本世紀初最偉大的科幻電影。電影中的科學邏輯、故事情節、表達的主題及拍攝手法直到今天仍然為影迷們所津津樂道。甚至之後的一些科幻電影借鑑了其中一些設定。本文主要向各位看官全面分析這部電影中的科學邏輯，對其他解讀此電影的文章中錯誤信息進行糾正，增強大家的觀影體驗。
首先觀眾需要明白，在《黑客帝國》的宏大故事背景下，只存在著三個主體：人類、機器和程序。其中程序是機器的靈魂，而人類的靈魂在經過機器的改造，也轉化為程序生活在虛擬世界「矩陣」中，所以此時機器和人類有了同樣的靈魂。「矩陣」是一個程序的世界（好比一個功能完備的計算機系統），除了人類靈魂的程序，還存在著各種異常程序，和清除這些異常程序的殺毒程序（如第一部中的史密斯）。當然還有控制著這個虛擬世界的程序（是更高級的AI智能和控制程序），如架構師、先知。但需要注意，同時也是被各解讀文章所忽略的事實是，並不是所有程序都只存在於「矩陣」中，外部機器體內也是程序控制的，所以救世主尼奧能看到機器身上遍布的代碼，如先知所說他的能力可以延伸到程序所及的任何地方。這也是為什麼機器程序小女孩薩迪需要通過車站偷渡到「矩陣」世界中來躲避被刪除的命運。
其次是理清尼奧和史密斯之間的關係。電影中對其給出了最簡潔的解釋，尼奧和史密斯是相互對立的。如果不出意外，尼奧本來是要按照命運安排（正如架構師所說，只要給他們選擇，99%的測試對象即使在有選擇權的情況下還是會選擇接受命運）回到代碼之源，實現輪迴重啟。但是這種輪迴往復伴隨著對人類的屠殺和戰爭，先知想結束這戰爭，實現人類和機器的和平共處，所以這次先知在尼奧程序中注入了愛的元素，「矩陣」為維持平衡而產生出史密斯。在和尼奧的不斷接觸中史密斯隨其一起變得強大，最後甚至超出了機器大帝所能控制的範圍，史密斯成為整個程序世界中的病毒。電影最後尼奧通過被史密斯入侵使得機器大帝獲得了史密斯程序樣本，並實現了殺毒程序的注入，拯救了機器世界。而機器大帝信守承諾，停止了和人類的戰爭。
最後需要說明，尼奧在現實世界中對機器使用意念力（一項超能力）也並不意味著錫安是第二重"矩陣"世界，在此時，機器的靈魂（意念）是程序，而尼奧的靈魂（意念）也是程序，就像尼奧在「矩陣」中可以使用意念力將勺子（程序組成）掰彎一樣。