社會秩序涉及每一個處於該社會條件下的人的正常生活狀態，是普通個人獲得安全感的最起碼的保證，這也歷來是刑法保護的重點。《刑法修正案（九）》以第三十一條對刑法第二百九十條進行了明確的擴展：
將第一款修改為：「聚眾擾亂社會秩序，情節嚴重，致使工作、生產、營業和教學、科研、醫療無法進行，造成嚴重損失的，對首要分子，處三年以上七年以下有期徒刑；對其他積極參加的，處三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剝奪政治權利。」
增加二款作為第三款、第四款：「多次擾亂國家機關工作秩序，經行政處罰後仍不改正，造成嚴重後果的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
「多次組織、資助他人非法聚集，擾亂社會秩序，情節嚴重的，依照前款的規定處罰。」
本條的修改主要體現在以下幾個方面：其一，增加了「醫療」兩個字，在本罪的犯罪客體中增加了「醫療秩序」，使該款的修改獲得了人們奔走相告的「醫鬧入刑」之稱；其二，增加了第二百九十條第三款「多次擾亂國家機關工作秩序，經行政處罰後仍不改正，造成嚴重後果的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制」；其三，增加了第二百九十條第四款「多次組織、資助他人非法聚集，擾亂社會秩序，情節嚴重的，依照前款的規定處罰」的規定。
原刑法第二百九十條規定了兩種罪名，即第一款規定的聚眾擾亂社會秩序罪和第二款的聚眾衝擊國家機關罪。《刑法修正案（九）》對上述兩種罪狀未做根本性改變，然而新增的第二百九十條第三款既具有獨立的罪狀，又具有獨立的法定刑，可以構成一個新的罪名。最高人民法院、最高人民檢察院《關於執行〈中華人民共和國刑法〉確定罪名的補充規定（六）》將該款確立了新的罪名：擾亂國家機關工作秩序罪。這樣，刑法第二百九十條就規定了三種彼此相互獨立的罪名：聚眾擾亂社會秩序罪、聚眾衝擊國家機關罪和擾亂國家機關工作秩序罪。換言之，當行為人實施了上述兩種以上的行為時，可以進行數罪併罰。
「醫鬧入刑」體現了刑法第二百九十條第一款修改的核心內容。具體體現在本條第一款的修改中，新增加「醫療」兩個字通過行為表現了本罪的犯罪客體，也就是增加了聚眾擾亂的社會秩序中的「醫療秩序」。秩序是指有條理地、有組織地安排各構成部分以求達到正常的運轉或良好的外觀的狀態，醫療行為發生於醫院和患者之間，醫療秩序是指以醫院為核心的對所有病患有效醫治和護理秩序。顯然，在1997刑法中的社會秩序論理應當包括「醫療秩序」，但「醫療行為」卻不能包括在「工作、生產、營業和教學、科研」行為中，《刑法修正案（九）》通過增加「醫療」彌補了這一不足。
聚眾擾亂醫療秩序的行為，是新增聚眾擾亂社會秩序罪的行為類型的規定。所謂「聚眾」行為，是指通過組織、策劃、指揮、糾集特定或不特定的三人以上的多數人同一時間聚集於同一地點。在本類行為中，被糾集的對象可以是患者本人，也可以包括其家屬，也可以是與醫患關係無關的第三人。無論被糾集的是何人，其核心的判斷依據為是否擾亂了醫療秩序。無論是被糾集者採用了暴力手段，還是非暴力手段，只要擾亂了醫療秩序，就可以構成聚眾擾亂社會秩序罪。暴力行為主要包括毆打醫務人員、故意傷害醫務人員身體、以暴力手段限制醫務人員人身自由等行為，而非暴力行為指在醫療機構私設靈堂、擺放花圈、焚燒紙錢、懸掛橫幅、堵塞大門或者以其他方式擾亂醫療秩序等行為。當其暴力手段構成其他犯罪時，會發生本罪與其他犯罪的想像競合，適用「從一重罪處罰」的處斷原則。因此，對於本罪的暴力行為的界限，應限定在其所構成的犯罪輕於「聚眾擾亂社會秩序罪」的暴力行為。
聚眾擾亂醫療秩序的行為構成聚眾擾亂社會秩序罪，還必須造成「嚴重損失」。對於何種情況屬於「嚴重損失」，並沒有對應的司法解釋。一般認為，聚眾擾亂社會秩序罪中的「嚴重損失」是指因為人聚眾擾亂社會秩序的行為導致被擾亂單位停工、停產、停課、停業，造成嚴重的經濟損失，或者導致科研實驗失敗，或者有關單位社會聲譽受到嚴重影響等等。在聚眾擾亂醫療秩序構成的犯罪中，其「嚴重損失」應指被擾亂的醫療機構被迫停止醫療工作較長時間、導致應就診患者病情加劇、死亡或者該醫療機構名譽嚴重受損的行為。
《刑法修正案（九）》除在聚眾擾亂社會秩序罪中增加並強調了「醫療秩序」外，還增加了第二百九十條第三款作為一個單獨的罪名：擾亂國家機關工作秩序罪。與聚眾衝擊國家機關罪僅處罰聚眾性犯罪中的「首要分子」和「積極參加」者，本罪的成立標準僅設定為「多次擾亂國家機關工作秩序」、「經行政處罰後仍不改正」且「造成嚴重後果」。其中，「多次」應理解為「三次及以上」，並且「行政處罰」為本罪認定的必經程序，未經行政處罰自然也不會發生「經行政處罰後仍不改正」。
《刑法修正案（九）》還對刑法第二百九十條設立了第四款：「多次組織、資助他人非法聚集，擾亂社會秩序，情節嚴重的，依照前款的規定處罰。」本條前三款中均系「情節嚴重」與造成「嚴重損失」的混合規定，而本款中僅僅規定了「情節嚴重」一個事項。在司法實踐中必須從嚴把握「非法聚集」的認定界限，否則本罪將會發生性質的流變。希望在今後的司法解釋中會有這樣的規定：對於有合法訴求，但規避了公安機關對於集會、遊行、示威的批准，不宜認定為本條規定的「非法聚集」；對於通過組織、召集、資助特定或者不特定多數人進行集會、遊行、示威來實現其非法利益，妄圖把「小事做成大事」、「把普通案件做成政治事件」，應認定為「非法聚集」。
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