光緒不僅在政治上沒有自由，就連婚姻生活，也是被慈禧一手包辦、多加幹預的。光緒十五年正月二十日（1889年2月19日），19歲的光緒帝在慈禧的一手安排下舉行大婚典禮，皇后為慈禧親弟弟桂祥的女兒葉赫那拉氏，相貌醜陋。
二妃為瑾妃與珍妃兩姐妹，其中珍妃貌美端莊，性情開朗，與光緒頗為情投意合。珍妃（1876－1900年）他他拉氏，滿洲鑲紅旗人，生於滿族官宦之家。祖父裕泰曾任刑部右侍郎、湖廣總督、閩浙總督等要職。父為長敘，曾任工部侍郎、禮部侍郎等職。伯父長善，任廣州將軍。珍妃聰明伶俐，曾受著名文人文廷式輔導，拉長書畫、下棋，且性格豪爽，「德宗尤寵愛之，與皇后不甚親睦」。
珍妃的到來，緩解了光緒長期以來的精神壓力，兩人度過了一段幸福的生活。正宮隆裕皇后葉赫那拉氏見不得自己備受冷落，對珍妃也由妒生恨。她利用自已統攝六宮的地位與慈禧姑侄的身份，「頻頻短之於慈禧」，向慈禧太后告珍妃的狀。慈禧不滿意光緒疏遠自己親自挑選的皇后，只寵愛珍妃一人；又因甲午戰爭之後，光緒力圖發奮，珍妃多加支持，使其偶違拗於慈禧，引起慈禧的忌恨。
但這時候的珍妃，還不知道自己已經成為那位獨裁專制的「老佛爺」的眼中釘了，只消一個罪名，就可以置她於死地。但她反而不知忌諱，竟仗著光緒的寵愛，多次私收銀兩賣官鬻爵，終於引起了一場風波。珍妃賣官，外界早有輿論，當時風傳一時的魯伯陽被劾案，也是因她所致。《國聞備乘》裡就有云：「魯伯陽進四萬金於珍妃，珍妃言於德宗，遂簡放上海道。江督劉坤一知其事，伯陽蒞任不一月，即効罷之。」但珍妃還是不知收斂。
光緒二十年甲午（1894年）四月間，珍妃為玉銘求職四川鹽法道，光緒召見其人時發現他竟為一文盲。朝廷上下震驚，光緒當即下旨：「新授四川鹽法道玉銘，詢以公事，多未諳悉，不勝道員之任。玉銘著開缺，以同知歸部銓選。」惹禧聽聞後，責令光緒懲辦珍妃，瑾妃、珍妃均降為貴人（第七等）。珍妃一案牽涉甚多，影響很大。瑾妃、珍妃被杖責處罰。珍妃位下太監高萬枝，被慈禧太后懿旨正法。
對珍妃，慈禧是「祖而杖之，降貴人，商其兄志銳於邊，憤猶未洩，後卒致之死。準景皇后（隆裕）、瑾妃以庸謹畏禍豁免」。之後，有「珍妃於甲午十月幽禁，距戊戌尚有四年，外聞傳說因贊助新政而被罪的話，徵諸史實，毫無其事不辯自明」。1900年7月20日，八國聯軍攻入北京，慈禧帶光緒逃往西安。臨走前帶珍妃出牢，命其自盡，珍妃不從，遂使太監崔玉貴推入井中。1901年7月24日，慈禧命人將珍妃從井中撈出，葬於阜成門外恩濟莊內務府太監公墓南面的宮女墓地。
民國二年（1913年），瑾妃將其遷葬光緒景陵妃嬪園寢。珍妃死後，光緒精神趨於崩潰邊緣，加上長期被禁閉，心情抑鬱，病情加劇，不久就死於西苑。