蘇州大學雖然宣傳東吳大學是其前身，實際情況差距很大。東吳大學事實上是一所教會學校。源頭是美國衛理公會於1879年，在蘇州創辦了博習書院。後來，以博習書院為基礎組建的東吳大學，是一所私立大學，而且很快發展成多個院系，但是整體實力並不強，在當時全國範圍內來講也不屬於一線高校，而且他當時比較有名的是法學專業。
建國前，國內共有教會學校16所，但是這16所學校來自兩個教派，其中基督教創辦的高校13所，分別是齊魯大學、福建協和大學、金陵女子大學、之江大學、華中大學、華南女子文理學院、嶺南大學、金陵大學、聖約翰大學、滬江大學、東吳大學、華西協和大學、燕京大學；天主教創辦的高校3所，分別是震旦大學、輔仁大學、津沽大學。
建國後，教會學校原來並不在整肅的範圍之內，但是隨著韓戰爆發之後，中美關係緊張，教會學校也隨之進入了整肅視線。1951年開始全盤調研之後，1952年教會學校也被列入調整院校，並且全部遭到拆分，而學校名稱和建制全部裁撤。也是這次院系調整，才有了蘇州大學的前身蘇州師範學院，而蘇州師範學院主要由三個部分組成，1、蘇南文化教育學院；2、江南大學的數理系；3、東吳大學的文理專業。
東吳大學在1952年全國院系調整中，實際收益高校有好幾家，如東吳大學的財經系合併到上海財經學院，也就是現在的上海財經大學；化工系併入新成立的華東化工學院，也就是目前的華東理工大學；理學院則併入了華東師範學院，也就是現在的華東師範大學；法律系併入到華東政法學院，現華東政法大學。而目前的蘇州大學，其實僅僅獲得文理系而已。