萬瑪才旦用小說和電影打開了藏區的內部地理，省識出諸多現代性命題。他的電影聚焦藏區日常生活，將目光投向普通人，把藏地從公眾的刻板印象中解救出來。《老狗》通過一條狗顛沛流離的命運，審視宗教中的放生與世俗社會的衝突；《靜靜的嘛呢石》借電視媒介思考藏區本土文化與外來文明的關係；《撞死了一隻羊》將殺手復仇的故事和給死羊做道場的故事拼貼在一起，思索罪與贖；《氣球》以性為隱秘的切口，審視欲望、宗教信仰與生育問題——琳琅滿目的現代性議題，為萬瑪才旦的電影注入了源頭活水。
何為現代性？波德萊爾為現代性下了一個著名的定義：「現代性就是過渡、短暫、偶然，是藝術的一半，另一半是永恆和不變。」探討人的欲望，是現代性的重要命題。思考現代文明中不同民族遭遇的困境，是許多電影的主題。《白雲之下》（王瑞，2019）講述遊牧民族與現代社會的割裂，《烏龜也會飛》（巴赫曼·戈巴迪，2004）呈現庫德人武裝傳統與和平夢的破碎。1991年，俄羅斯導演尼基塔·米哈爾科夫在中國內蒙古拍攝了電影《蒙古精神》，該片有著深刻的人文思考，獲得了威尼斯電影節金獅獎。《蒙古精神》圍繞貢巴、妻子和三個孩子展開，平靜溫馨的家庭生活中埋藏著現代性危機。貢巴厭倦了草原生活，羨慕光怪陸離的都市生活。為此，他在歌廳裡唱歌打架被警察抓走。電影也折射了當時的生育環境，貢巴已有三個孩子，醫生告訴他們不能再生孩子了。有一天，貢巴去城裡的藥店看到了保險套，然而貢巴無比尷尬，臉紅著離開了。貢巴在夢中見到了祖先成吉思汗，那是蒙古族輝煌的古代時刻。電影通過俄羅斯人的外來人視角，思考遊牧民族對現代生活的不適與滯後，所以故事不可避免地帶有後殖民的目光：蒙古族戴著古代成吉思汗的祖先光環，現代蒙古人被描述為消沉的、落後的，無法適應現代社會的民族。舞廳、電視、保險套是現代文明的象徵，蒙古包、放牧、套馬杆則是古老的傳統。電影結尾，貢巴夢見成吉思汗騎著馬率領著軍隊朝自己奔來，這是一則富有隱喻意義的象徵——雖然時代已走入21世紀，但是他們依然走不出傳統，依然緬懷成吉思汗時代。
尼採說：「任何從古代獲得智慧的人最終會尋找未來的源泉與新的根源。」《氣球》和《蒙古精神》在主題上有相似之處，二者都思考現代文明對原生文明的衝擊。與米哈爾科夫不同的是，萬瑪才旦的電影自始至終都是以民族的內視角。他的電影裡沒有其他少數民族，沒有旅遊者或者穿針引線的外來人，只是藏區民族的自我呈現。這是一種「內省」的視角，是自覺的反思。電影《氣球》圍繞「性」的主題展開。性是一種流動的自然力。如何看待性的原始力量？圍繞「生養」這個戲劇性動作，萬瑪才旦做了一系列的事件串聯：公羊配種，母羊不懷孕，卓嘎猶豫要不要墮胎。相信自然法力還是相信人工選擇，這構成了萬瑪才旦電影的著力點。為此，萬瑪才旦給出了兩種解釋路徑：宗教與世俗。宗教和世俗對「性」 的認知衝突，構成了電影的推動力。用這兩種路徑，萬瑪才旦組織起兩組矛盾的事件鏈。世俗社會對性的認識是：繁衍與生育計劃。世俗層面，圍繞「性」展開的事件：小孩將保險套視為玩具氣球但遭遇成人社會的禁忌；男主角達傑借公羊配種；女主角卓嘎打算墮胎。這組事件中，折射了世俗社會三種關於性的觀念：兒童無知的性意識與成人之間嚴格的道德分歧；牲畜代表的是性與繁衍的自然意志；墮胎代表的人工規劃與節育的社會規訓。宗教對性的認識是：自然，輪迴，超度。宗教層面，圍繞「性」展開的事件是：「和睦四兄弟」、爺爺去世後轉世到家裡；香曲卓瑪和小說家談戀愛失敗後出家。
萬瑪才旦是一個擅長借鑑靈感的大師：紅氣球的形象，源於法國電影《紅氣球》（Le ballon rouge，1956)，這隻紅氣球打開了小男孩帕斯克的孤獨世界；生育與失落的主題，源自於米哈爾科夫的《蒙古精神》。至於夢境，萬瑪才旦更是崇拜「夢之書」。夢是人類最古老的美學，中國有周公解夢，西方有佛洛依德釋夢。萬瑪才旦喜歡從伯格曼、費裡尼、布努埃爾電影中的夢境汲取靈感，他在電影《氣球》的記者會上說，「電影的本質是一場夢」，他本人更是寫過小說《流浪歌手的夢》。《撞死了一隻羊》裡，司機與殺手的故事，互為彼此的夢境。「如果我讓你進入我的夢，那也會成為你的夢」。《氣球》繼續延續夢的主題，爺爺去世後轉世為人，這件事「託夢」給兒媳婦。電影中的另一夢是「夢中捉痣」，兄弟倆揭下哥哥的痣，哥哥怎麼都追不上他們。這兩個夢的指向是相似的，那就是輪迴的概念。奶奶去世後變成了哥哥，爺爺去世後要變成未出生的胎兒，這是一種淳樸的「家」的概念。「和睦四兄弟」是藏傳佛教繪畫，上面畫的是大象、猴子、兔子和鳥疊在一起的圖景，這幅畫常常掛於藏民家中，象徵家庭和睦。電影中的託夢場景與繪畫「和睦四兄弟」的主題是一樣的：時間無始無盡，往復循環。
宗教時間與世俗時間的重疊，是萬瑪才旦電影不變的主題。通過宗教或者夢境來賦予事件以「神秘性」，這是萬瑪才旦電影慣用的模式。《靜靜的瑪尼石》中，小喇嘛被電視劇《西遊記》所吸引，在神話時間與世俗時間的雙重吸引中，小喇嘛感到新奇而迷惑；《撞死了一隻羊》當中，殺人者於「夢中復仇」；《氣球》中爺爺轉世為卓嘎腹中的胎兒，但卓嘎要將孩子墮胎拿掉；孩子們在夢中捉痣。萬瑪才旦將宗教與世俗的對立，轉譯成鮮明的電影語言。萬瑪才旦使用「保險套」和「紅氣球」兩種意象，來對應世俗社會與宗教社會。「紅氣球」是藏地文化的再現，也構成新的表徵。飄動的紅氣球，使電影的主題升華了。紅氣球自由飛升，電影賦予其詩意、崇高、宗教的效果。
萬瑪才旦思考全球化語境中的中國，思考文化傳播過程中，邊陲空間對於主場文化的「延時」。這裡面有一層關係便是地方性對國家記憶的糾纏：《靜靜的嘛呢石》（2005）講述80年代內地經典電視劇《西遊記》在藏區的傳播；《五彩神箭》（2014）講地方射箭習俗陰差陽錯遁入大型國際射箭比賽的場域裡；《塔洛》（2016）中男主人公塔洛背誦《毛主席語錄》，理髮館裡的一場突如其來的愛情讓他遭遇了信任危機。學者耿佔春在《地方與敘述》一文中寫到：「地方性敘事的消失，是地方性消失的一部分。地方感和地方知識已經迅速地被大眾傳播無限複製的經驗取代了。」在媒介發達的時代，在網絡媒介和青年文化快速淹沒傳統媒介的時代，在電影越來越講究類型化和模式化創作的當下，地方性的敘述變得越來越稀少。地方記憶被擠壓、遮蔽，邊遠地區陷入沉默，沒有話語的主動權，邊遠地區是失語的、面臨著「無言的壓力」。萬瑪才旦賦予了電影更大的複雜性，這些複雜性關聯著歷史與當下，關聯著地方與國家，關聯著宗教與官能。萬瑪才旦的電影有其豐富的思想面向，它們如鑽石般璀璨、光芒閃爍。