慈濟基金會這樣解釋自己的起源：上世紀60年代，臺灣花蓮尼姑釋證嚴（俗名王景雲）在醫院探望弟子生病的父親，目睹地上有一攤血，原來是一名原住民婦女難產但因付不起保證金及醫療費，被迫離開。（這個故事有兩個版本，在臺灣還引發官司，被稱為「一灘血」事件）證嚴因自己無力幫助而自責，但偶遇三位天主教修女。她們認為佛教與基督教雖然基本理念頗近，但佛教對社會缺乏具體貢獻，至少臺灣佛教界沒有作為。
以慈濟為原型製作的「宇宙大覺者」
這促使證嚴進行佛教的濟世工作。她初步設想寺裡的6個人每人每天生產1雙嬰兒鞋，每雙可盈利4元，一個月能賺720元。另外動員30名家庭主婦信徒，每天到市場買菜前，先將省下的5毛錢投入寺裡募捐竹筒，一個月下來信徒們可湊成450元，二者相加近1200元的收入，成為最早的善款。
「5毛錢也可以做善事」的故事傳遍花蓮，吸引更多人。當年4月，證嚴在普明寺創立「佛教克難慈濟功德會」，宗旨是救濟貧民與病人，改變臺灣東部地區醫療水平落後的狀況。竹筒收集的基金全部存入功德會名下，與生活費用分開。
不久證嚴又創辦了內刊《慈濟月刊》，還發文希望蓋一座不需繳交保證金就能醫病的醫院。
當時，臺灣東部像是被國民黨政權遺忘已久，尤其是有許多原住民近乎生活在現代社會之外，這成為當時臺灣社會的「原罪」。之後臺灣社會風向逐漸有利於慈濟。蔣經國一些開明政策讓本省籍政客成為地方選舉明星，向慈濟靠攏有助加分；國民黨當局也希望能藉此調整政策的失衡，緩和與民間團體的對立。此時，王永慶等企業家只將臺東看做工廠擴展的新地盤，資本支持的公益事業還未走出臺北，在這些落後地區，政府、企業在社會慈善上的缺位，讓宗教慈善顯得尤為重要。
慈濟的成功還有兩個背景：
一. 是臺灣佛教在 1960 年代末期開始，出現一連串的「新佛教運動」，從太虛、印順以降，「人間佛教」都開始關注現實生活，包括星雲及其全球性佛光山教團的人間佛教運動、聖嚴及其法鼓山體系的心環保運動、傳道法師及其監獄布教與環保運動、淨耀法師及其反毒、青少關懷與受刑人生計劃等，其中最成功的就是慈濟。
二. 是臺灣當局退出聯合國、美臺「斷交」後，從前對在臺各教會給予重金和人員支持的機構和資源，逐漸退出臺灣，甚至被大陸吸引過去，一度在臺迅速擴張的教會聲勢漸弱，本土宗教團體有機會浮出臺面。
慈濟在大陸的開展慈善工作開始於1991年。那年夏天，華東、華中遭遇特大洪水，大陸向國際社會發出救援申請。該不該援助大陸？島內有許多雜音：去支援他們，他們把這些錢拿來買飛機買炸彈來炸我們。（熟悉的味道）
當時臺灣的繁榮遠超現在，人均GDP破萬美元，外匯儲備是大陸的兩倍。當時兩岸關係因為開放大陸探親稍稍融冰，只是經濟熱、政治冷。7月，證嚴力排眾議，發了題為「一粒米中藏日月」文章，正式公開呼籲全球慈濟人聲援大陸賑災；8月，慈濟成立「大陸賑災小組」，在時任臺灣「陸委會」副主任馬英九、中國民政部副部長閻明復等兩岸官員，勘災第一梯隊以副總執行長王端正一行6人前往大陸災區
慈濟前往遭受重創的三省四縣進行大規模的急難救助，並落實中長期的援建工作。此後也在大陸的救災行動中經常出現。在2008年汶川大地震的救災行動中，慈濟受到官方表彰。
20多年來，慈濟在大陸援建「慈濟大愛屋」、學校、敬老院、婦幼中心、醫療大樓等，並長期開展義診，涉及28個省市區，包括汶川大地震災後重建、甘肅集水抗旱水窖工程暨移民遷村援助、貴州扶貧暨遷村工程等，同時大規模開展貧困學生助學項目、骨髓捐贈、醫療援助、環境保護資源回收等工作。
2010年8月，經國務院批准，臺灣慈濟慈善事業基金會在蘇州市掛牌成立，成為大陸第一家由海外非營利組織成立的全國性基金會。時任海協會會長陳雲林揭牌，中華宗教文化交流協會會長葉小文，國家宗教局副局長齊曉飛都來捧場。
路透社當時報導，慈濟遠離政治的立場，是能夠被北京當局允許在大陸營運的原因之一，也顯示無神論的大陸對宗教有限度的容忍正在增加，也是為贏得臺灣民心的一部分作法。
目前慈濟已在全球擁有1000多萬會員、400多萬志工，在54個國家（包括伊斯蘭國家和天主教國家）設有分會或聯絡處，曾援助超過70個國家。
雖然慈濟是臺灣最大的慈善團體，雖然在大陸的表現也獲得認可，雖然慈濟在臺灣不是作為一個宗教機構註冊的，但是，它的確是由一位尼姑領導的宗教機構。在大陸活動時，這一點也弱化了，但是我們在「中國社會組織公共服務平臺」上可以查到，慈濟慈善基金會的主管單位是國家宗教局，證明了自己的宗教身份。而該基金會的類型是涉外，全國獲批的僅有的幾家涉外基金會都來自港臺。
慈濟在發展壯大的過程中，也遇到一些質疑，主要集中在封閉性和宗教性上。決策核心的封閉化、帳目不透明，加上領袖的神聖化，再乘以龐大的資源規模，就算沒有太多織組織管理常識，也能理解其中的風險。
而宗教性主要表現於鼓吹吃素，還和當下最時髦的政治組正確——環保——捆綁在一起。
嚴格來說，慈濟並沒有強制要求會員吃素，而是提倡吃素。比如慈濟官方官網站上這麼寫著： 從大地環保到心靈環保，慈濟倡導健康飲食，多吃蔬果，少葷食，力行「簡約」生活，減少「碳足跡」，提升道德觀念，將環保意識落實日常生活中，常存對大地的疼惜之心，減緩地球暖化的危機。
雖然聲稱不強求信眾吃素，但是證嚴會宣講吃素的好處，同時會引用《楞嚴經》來說吃肉的「壞處」，比如「以人食羊,羊死為人,人死為羊,.死死生生,互來食啖」「食肉之人,死墮惡道,受無量苦」「食肉之人,所求功德,悉不成就」「食肉之人,諸天遠離,眾生怖畏」。這種恐嚇式的宣傳，怕是能讓不少人「被自願「吃素」。
「茹素救世」也是慈濟的一大口號。2016年7月，慈濟在上海組織「素食分享」活動中，就如此鼓吹。在他們的新聞稿中就寫著「山河大地被人類不斷開發、破壞，天候異常，大自然反撲，近來美國加州火災、德州水災、印度淹水，法國洪澇，以及中國大陸各地持續暴雨，造成水災，江蘇鹽城市遭遇龍捲風、冰雹侵襲，房屋、工廠被毀。證嚴上人殷勉人們改變壞習慣，保護地球需及時；而科學家也提出唯有素食才是保護地球的最好方法。」
在海外的提倡吃素的活動中也有「吃素救地球」的口號。一些慈濟的幹部還宣揚「人類原來不是肉食動物，幾千年來，人類吃錯東西了」、「吃素可以減輕全球缺糧的問題」。
而對於素食會導致營養不均衡，他們也有歪理：「吃素的牛、馬、大象和素食恐龍都體型高大，可見得素食一樣可以快高長大，營養不是問題」此外，慈濟的辦的醫院裡面只提供素食（雖然不禁止患者吃素），無形中對受援者的身份做了一次篩選。
支持素食的危害，科學的角度已經能給出很多證據。但慈濟堅持稱「科學家提出唯有素食才是保護地球的最好方法」，跟基督教傳教時說「科學家90%以上都信基督教」有異曲同工之妙。
當然，同是慈濟信徒的素食主義者和素食主義者的主義也是不同的。慈濟的網站上有一位推廣素食的營養師的文章，他寫到，自己一次在講座中，建議聽眾食用豆腐，一位老先生馬上站起來罵「吃豆腐會導致中風的」，並建議吃花生醬。而另一位中年婦女則直接反駁這位老先生「花生有毒素，你怎麼會建議我們吃」！——感覺就是一群人拿著「食物相剋」名單互噴……
詭異的是，環保是慈濟的「八大志業」之一（慈善、醫療、教育、文化志業、國際賑災、骨髓捐贈、 社區志工、環保），也是慈濟的主營方向，但當環保議題被媒體熱炒，民眾走上街頭形成社會運動時，卻從不見慈濟的蹤影。這是因為慈濟的「十大戒律」中有一條是「不參與政治活動」。
主動與政治「絕緣」，埋頭行善，在一定程度上促進了慈濟的發展，但跟他們鼓吹的「科學證據」上不了臺面也不無關係，畢竟真要到公開場合辯論……
會員：願意長期捐款者，就可以成為是慈濟的「會員」。捐款額從幾元到上千元不等。過去會員不需要經常參與各種活動，但現在已逐漸打破「我只要捐錢，慈濟幫我做善事」的觀念，需要參與慈濟活動。
委員：委員是慈濟組織中的最重要的成員。他們的工作包括勸募善款，訪問關懷低收入戶，慰問救助受災人員。大部分委員會每隔一個月左右去訪問會員，收取他們的捐款，通報慈濟最近發生的事情。慈濟內部的所有決策的推動和執行，全部依靠委員。 他們是勸募工作的主體，是慈濟擴大發展的種子；他們也是慈濟佛教信仰的見證者，也就是說慈濟委員需要投注時間、精力在積極勸募上，可以說慈濟委員是正式皈依證嚴法師的弟子。
董事：慈濟是財團法人基金會，所以設有董事會，共由七位董事組成。董事由慈濟的核心——靜思精舍推薦，董事長由董事會選舉產生，目前的董事長是證嚴法師。董事會是慈濟的最高決策機構，主要負責各項計劃及預算、決算的審議核定，基金的管理和運用等事宜。
志工：他們是不領薪水的志願服務者，是各項服務的主要承擔者，都是會員（會員不一定都是志工）。在慈濟看來，志工要比志願者更進一步，志工將付出、服務人群當作志向，出錢又出力，有責任心、使命感，不計較時間、體力的付出，能克服艱難，完成任務，並且做得滿心歡喜。分類有在慈濟會所擔任清掃任務的「福田志工」；有為慈濟人提供餐食服務的「香積志工」；有在環保站做垃圾分類回收的「環保志工」，也有將回收的垃圾做成各種用品的「巧藝志工」；有在慈濟醫院擔任服務工作的「醫院志工」，有關懷獨居老人的「敬老志工」。
職員（行政人員）：職員是整個慈濟體系中唯一拿薪水的人，他們受慈濟的僱傭，完成一些日常工作事務，包括慈濟醫院的醫生、護士，慈濟大學的教師、行政人員，慈濟人文志業中心的媒體人員，慈濟總部各部的工作人員等。同一般的職員相比，由於慈濟的宗教性慈善團體的性質，所以慈濟的職員除了完成一般工作，還有其他要求。比如慈濟大學的部分行政人員每天早晨上班前要聽證嚴法師開示。
慈濟認為只有真正有舍己奉獻精神的人才能承擔慈濟的事業，因此對職員的管理堪稱嚴苛，甚至對髮型、日常穿著和形象都有嚴格規定，並要求他們吃素食 ，且待遇十分低。一些行政主管拿的年薪甚至比其進入慈濟前的納稅額還要少。此外，志業中心的每個部門都配有僧侶作「指導師父」，這些證嚴的出家弟子會對職員講解上人的佛教觀。
以上種種加上沒有量化的滿意度評價，因此職員的流失率也較高。
慈濟的志工因身著深藍色T恤，白色長褲，而被稱之為「藍天白雲」。而制服均為志工自費購置。如果遇到國際賑災，連往返機票、住宿也都是志工「自掏腰包」。這固然彰顯了宗教的力量，但也經常引發非議。
藍天白雲
一位英國記者曾經這樣描述慈濟：「從志願嚮導到眾學童們，每個人都身著整潔無瑕、藍白相間的制服。他們對通姦行為的貶斥以及對參與政治的抗議行為，也讓我感到困惑：這更象是『老大哥』或毋寧說是『老大姐』的做法。」他甚至想到了看《1984》《我們》等反烏託邦書籍的感覺。
2015年初，慈濟爆出「制服分級化」事件讓民眾譁然。臺灣一網民以「我家的犧牲」為題在網上爆料，自己母親想穿慈濟志工旗袍，卻被告知需先擁有25個固定捐款戶才能「升級」，並被慈濟要求購買一臺9000元（新臺幣，下同）的記帳專用平板電腦（華碩定製，主要用來看佛經和慈濟的各種讀物），以便記錄收了多少功德款，一套旗袍更要價2萬元。
對此，慈濟澄清，用平板是為了環保，因為每年功德簿都要用掉很多紙張，且志工可以每月500或1000元的分期付款方式購買，若經濟上真有困難，慈濟可免費贈送一臺，用壞了再贈送一臺。
慈濟也聲稱表示，功德款戶數只是門檻，還須培訓1年、遵守「十誡」，經過授證才能穿上旗袍。不過，媒體質疑，要成為慈濟真正的志工，第一年必須找25個家庭捐功德款，加入慈濟會員，才能開始見習，再過一段時間才能進階接受培訓，但捐100萬元便可直接成為榮譽董事是否不妥。
另外，在臺灣，僅臺北就有4500個慈濟環保站，每天參與工作的志工多達65000人，其中年齡超過60歲的老人佔了很大比重。他們通常做的就是將原本混作一爐燒掉的垃圾進行分類，並且將可以回收的垃圾賣掉。但經常可見簡陋的工作站裡有缺乏勞動保護的志工在勞動。因為環保的大旗，沒有配空調等是常態，勞動保護一般也只是一條圍裙一個口罩。要知道，志工們在處理的可是嚴重危害健康的垃圾。
不透明是近年來慈濟備受質疑的焦點。2016年，一名醫學中心醫管人員揭露了臺灣慈濟在網上公開的財務報告，每篇洋洋灑灑寫了好幾頁，但真正收支細項卻只在最後一頁有，以2013年為例，收入98.3億元，支出77.6億元，收入細項只有6項，支出細項14項，財報內容連一張A4紙大小都不到。
反觀新加坡慈濟財報，由該國最大會計師事務所籤證，厚達32頁，計算方式、表格都相當詳細，質疑同樣都是慈濟，財務透明度反差竟如此大。
這篇題為「慈濟要如何才能止謗」的文章說，慈濟每年接受捐款收入超過100億元，如此巨大金額，內部管理如何？有沒可能發生像1992年美國聯合勸募會執行長阿拉莫尼盜用捐款、購買豪宅的慈善醜聞，又或是1995年「新世紀慈善基金會」詐欺案。
臺灣現行法律未明訂非營利組織需採取公正第三方財報查核制度，規定如捐款總額在3000萬元以下者，需公開募款明細、公開徵信；3000萬元以上者，則強制要求作會計師專案財務報表查核籤證，並交臺灣「衛福部」備查公告，但資料卻簡略，畢竟會計師管不到細項，尤其，許多團體支出中，人事費佔大宗，這部分也沒所謂監督考核機制。
慈濟基金會就此解釋，每年度都會將各項財務報表，依法編制，並委託合格會計師查核籤證；還會報請「衛福部」備查，「衛福部」每3年都會主動進行評鑑。「本會已連續九年經『衛福部』稽核及評鑑，基金會之運作及各項財務報表，均屬優等。」且對於財務報告結論是「財務收支均經適當核准，並適當入帳，內部控制良好。受領捐贈資訊公開透明。」
因此，慈濟被質疑是否會像美國最大慈善機構「聯合勸募會」（United Way of America）在1990年代爆發大醜聞弊案。當時美國的慈善機構也沒有透明，缺乏監管。「聯合勸募會」CEO William Aramony除貪瀆外，還涉及多起性醜聞，包括帶小三（真是小，才十幾歲）到海外各地旅遊，最終被判刑7年。
慈濟在美國很活躍，是2001年「9.11」恐怖襲擊後最早趕到現場並獲準進入的民間組織之一。慈濟在美募款金額不少，但依美國法律登記為501c(3)機構，必須誠實報稅，但不需繳稅。美國類似這樣的501c(3)非營利組織極多，涉及宗教、文化、教育，它們享免稅待遇，但須報稅，也就是和其他所有自然人、法人一樣，各項收入、支出，必須每年向國稅局一一申報，否則罰款，情節嚴重者撤銷免稅資格。
慈濟不透明還體現在管理費用上。已經成立財團法人的慈濟醫療慈善事業，在臺灣全省有6家醫院、1家診所，合計總床位數逾3000張，每月向全民健保局申請的醫療費用佔全臺第3位。
慈濟醫療體系的所有管理費用為21.92億元，佔整體醫務支出的13%。非醫務人事費佔8.3億，水電燃氣費用一年也要2.56億元。與全臺首屈一指的長庚醫院相較，擁有近萬張病床，但管理費支出為15.98億，水電燃氣費用一年2406萬元。對照之下，慈濟的管理費用明顯高於應有的比例，而且考慮到前面提到的慈濟職工的薪酬極低，錢花到哪兒了的確是一個問題。
無獨有偶，另外一名媒體人則發文稱，在媒體工作期間領教了「慈濟不可批評，上人（證嚴）更不可批評」的厲害，每有負面消息，必有遊說、電話轟炸，甚至威脅退報。其同行甚至認為，慈濟更像一個公關公司。而慈濟的決策核心裡，一直不乏轉行的媒體人。
隨著業務規模的擴張，慈濟在臺灣已經越來越超過作為一個慈善組織的範疇。稱其為「慈濟帝國」並不為過。現今，臺灣許多人認為慈濟心存不軌，其行善只為斂財吸金之工具，根本不是發自內心的善行
1990年以後，慈濟志工已不限於家庭婦女，男性及青少年大增，成立了以男性資深會員為主的「慈誠隊」、大學生會員組成的「慈濟大專青年聯誼會」（又稱慈青隊）、教師組成的「教師聯誼會」，還有精通外語的會員組成的「外語隊」，甚至還有「警察暨親屬慈濟聯誼會」等。如果說慈濟委員加入慈濟是因為宗教的力量，而後發展出的「慈誠隊」等團體則和慈濟在慈善領域的專業化、企業化有關。
以慈誠隊為例，它的成立得益於慈濟1989年創立的護士專科學校。為了保護這些準護士，慈濟組織資深男會員擔任保衛工作。此後其承擔的工作可謂無所不包，例如各地委員組的總務、環保、大型活動的場地布置、交通指揮、安全防護等。
慈濟在這些方面的作為再次證明了臺灣政府的職能缺位。這始終是慈濟以及各種「有活力的社會組織」崛起的一個重要因素。
雖然慈濟號稱不問政治，但是既然要收支巨額資金，那就免不了和政治扯上關係。
宗教如商場，從來就是一種「領地」的經營模式。正當這個龐大的「慈善帝國」向世人展示它的慈善魅力時，2010年，「慈濟內湖基地案」卻將慈濟再次推上風口浪尖。慈濟功德會曾於1996年購買了臺北市內湖區的一塊土地，此後10餘年，慈濟對於該土地的使用方案幾經推敲，最終的定案卻由於可能造成潛在的生態環境破壞而飽受爭議。有評論認為，慈濟功德會的這次「危機」表面上或許只是一次「失誤」，但卻揭露了其龐大組織下日益浮現的發展問題。
臺北市長柯文哲2015年2月接受媒體訪問時，感嘆慈濟花一大筆錢買保護區的土地，「要改成開發，奇怪耶」！玄奘大學社會科學院院長釋昭慧隨即反擊柯「口吐狂言，羞辱慈濟」，結果反而引來臺灣輿論對慈濟的圍攻。
不過柯P還是惹不起慈濟
包括學者、環保人士、媒體人在內的意見領袖很快挖出了慈濟諸多運作機密。批評者稱，慈濟儼然已成為「臺灣地主」，慈濟是私法人機構，本不具備購買農牧用地的資格，而慈濟長期用人頭戶買地開發。慈濟現在在臺灣各地擁有大批信徒捐贈或購買的土地，據傳僅在臺北市與新北市就擁地近180萬平方米。
此外，2014年，頂新味全集團在短短的一年之間，接連發生三次食品安全問題，惹怒臺灣民眾，而頂新董事長魏應充是慈濟著名的成員和贊助商。但在歷次的食品安全風暴中，證嚴不但沒有斥責魏應充，反而要魏應充「吃好睡好」；慈濟旗下的大愛電視臺除了冷處理以外，還在風波過去後刻意採訪魏應充，幫他「漂白」。慈濟不但沒有自清家門，反而護短魏家的行徑逐漸引發眾人的注目。
魏家的食品安全暴光，以及內湖保護區開發案，讓人看到了慈濟的另一面：和財團、政府之間的勾結。
作為一個資本主義社會產生的典型宗教慈善組織，慈濟的確為大陸做了一些好事，這不可否認。尤其是和妙禪等牛鬼蛇神相比，慈濟在臺灣省的確已經算得上很正經的組織了。
但從發展趨勢來看，慈濟要在大陸紮根，顯然目的不僅僅是花錢做慈善，更要吸納大陸的財力物力，用來支撐越來越大的事業。這就向大陸方面提出了一個重要問題——如何定位慈濟的「身份」？
從慈善行為來說，一個吸納全社會資源的組織理應「普渡眾生」。但是，很顯然慈濟相當一部分資金用於佛教思想宣傳，而醫院等具體的慈善機關又有素食等明顯的宗教區分，從這個角度說，慈濟並不是一家普惠社會的慈善組織。
從勞動保護的角度說，大陸對老年人參與勞動，對垃圾回收等危險行業的工作環境都有嚴格要求。這些付薪勞動尚且如此，不付薪的慈善勞動當然也應該有所約束。慈濟在臺灣使用大量老弱從事垃圾回收行業，車間甚至不配空調，大陸人如果在類似條件下做義工，風險和責任如果用「慈善」含糊過去，最後買單的還是政府和社會。
最後，作為宗教慈善組織，決策核心封閉化、宗教領袖擁有神聖權力，帳目卻不透明，如果一旦做大，這種資金黑洞也不能成為其他慈善組織的樣板。
當然，公民有支配自己財產和勞動的自由，如果信徒一定要去給慈濟貢獻金錢或做義工，政府倒也沒有反對的理由。只是慈善組織往往要從政府獲得捐贈免稅、土地劃撥、免費使用政府財產等優惠政策，這就意味著全社會都為慈善組織付出了代價。政府如果給予慈濟類似的待遇，等於反過來歧視了那些帳目透明、受惠方不受宗教限制的慈善組織。所以，儘管慈濟的慈善行為在臺灣眾多宗教組織中可圈可點，大陸政府還是得聽其言觀其行，不要隨便給予慈善組織的優待為好。在臺獨電視劇《智子之心》事件後，尤其得看看慈濟願意為大陸社會做出什麼改變，才能決定慈濟在大陸享受什麼待遇。