多爾袞時代，人們只知道有攝政王，不知道有當今天子。當時順治很小，是不滿六歲的天子。多爾袞的野心不斷膨脹，湯若望還安慰順治說：多爾袞太過霸道，上天會懲罰他的。不久，多爾袞從馬上摔下受傷，於是人們一直堅信這個德國人有知曉未來的能力。多爾袞氣焰燻天，朝野內外趨炎附勢之徒比比皆是。可是，湯若望卻說出了一句語破天驚的話：「多爾袞不會長壽，會早死的。」年幼的順治帝聽到湯若望這個預言，很是驚詫，覺得這個洋人真的不可思議。更為重要的是，這個預言給了小皇帝信心，他渴望湯若望的預言早日實現，以結束自己難熬受制的苦日子。果然，1651年1月，多爾袞暴亡，年僅39歲，湯若望的預言應驗。湯若望又不失時機地為順治帝選擇了親政日期，在多爾袞喪期剛滿的2月1日，順治帝便宣布親政。
湯若望與順治皇帝的母親孝莊皇太后(1613—1688)也建立了良好的關係。史載，有一天，湯若望在教堂接待了三位滿族貴婦人，聲稱一位親王的女兒生了病，特被派來神父這裡詢問醫治之方。可湯若望並不會西洋醫術,只是贈與一塊 「聖牌」, 祈求天主保護,囑咐讓親王的女兒務必佩戴聖牌，四天後病就會痊癒。果然，第五天她們又來到湯若望這裡，告訴他郡主的病已經好了。湯若望後來才知道，派她們前來的是當時的孝莊皇后，而那位生病的郡主就是未來的順治帝皇后。孝莊認為湯若望有通天本領，為此對湯若望甚是感激。並認他為「義父」，隨後順治帝也尊他為「瑪法」(滿語，尊敬的老爺爺)。還請他參加順治皇帝的大婚典禮。在順治皇帝的大婚典禮上，湯若望見到了孝莊皇太后，皇太后取下手腕上的兩隻手鐲送給湯若望，以資感謝。
順治帝非常欽佩湯若望的學問，但對其品行道德還是經過一番考察的。他曾派親信秘密地對湯若望進行了調查。密探們暗中跟蹤湯若望，晝夜監視其活動，甚至在深更半夜也尋找藉口闖入湯若望的住處。密探們的情報讓少年天子確信，湯若望的優良品行有如真金，他才向湯若望敞開了自己壓抑多年的心扉，他們之間「相知無疑」，無話不談，彼此成為了知心的忘年之交。
1651年9月，一天之內加封湯若望為通議大夫、太僕寺卿、太常寺卿三個頭銜。使他從原來的正四品晉升為三品。同時又加封他的父親、祖父為通奉大夫、母親、祖母為二品夫人。還將誥命封書，郵寄到湯若望的家鄉。（其後又多次加封。1654年，加封為「通玄教師」。1657年，賜「通政使司通政使」。 1657年順治帝親自為湯若望建的南堂撰寫碑文，並御書「通弦佳境」匾額懸於教堂。還諭令訓象所的18頭大象依次從南堂大街上通過，宣武門大街頓時觀者如潮，人聲鼎沸。1658年2月2日，賜「光祿大夫」，為正一品。1661年按清廷慣例加封其祖三代為正一品。）
順治帝還下詔允許湯若望「隨意出入朝中，凡有啟奏，俱準逕入內庭，不循常例」。 在順治皇帝的特許下，湯若望可以自由地出入宮禁，無論是順治在寢宮還是在太后住所，都無須太監通報，徑直來到皇帝身邊。考慮到湯若望已經年近花甲，順治不僅免除了他在晉見時所行的三跪九叩的禮節，而且在舉行慶典或者接見外國使節時，還在御座附近設置一個軟椅，即使去南苑行獵，也會給湯若望準備一個貂皮褥子作為下榻。
順治帝還打破尊卑上下的慣例，到湯若望所居住的南堂去看望。僅1656年到1657年兩年間，皇帝親臨湯若望所在宣武門的住所——南堂敘談求教，就有24次之多。此間，皇帝僅有一次出宮拜訪過一位皇叔於其府邸之中。少年天子在那裡可以擺脫宮禁的束縛，有時爬到樹上去摘果子，有時一邊品嘗著從歐洲帶來的葡萄酒，一邊同神父探討帝王是否也應該遵守天主的「十誡」。受到漢族傳統文化教育的順治皇帝，亦會以「天行有常，不為堯存，不為桀亡」等對湯若望所宣揚的教義提出質疑。湯若望所在的南堂給順治皇帝提供了一個比較自由的空間，順治的20歲大壽就是在南堂度過的，湯若望為此特地準備了13桌筵席。
湯若望比順治整整年長46歲，年齡的懸殊並未形成「代溝」。湯若望憑藉著自己的學識、閱歷洞察到順治孤獨而自尊的內心，「凡是能使皇帝覺得可羞恥的事情，他都是秘密地在四隻眼睛之下向他進言的」，把批評、規勸局限在兩個人的範圍內，不傷年輕皇帝的面子，而在言辭上又避免過激，注意因勢利導。順治皇帝曾萬分感慨地對身邊的大臣言道：湯若望的「疏奏語皆慈祥，讀之不覺淚下」。 正直、善良、勇敢的湯若望有時候也讓讓順治帝很不開心。比如，湯若望曾經進言，規勸年輕的皇帝要改掉的壞毛病。資料記載當時順治帝十分惱怒：「可是，皇帝在敬聆他讀諫書時，竟羞怒了起來。」順治皇帝被說得面紅耳赤，強忍憤怒。湯若望見狀，也就默默地走開了。可是，順治帝大概是認識到了自己的錯誤，又召回了湯若望，表示自己今後會改正錯誤。
1652年，一位親王戰死疆場，但他的部下卻打了勝仗，按清入關前定下的規矩，二百多名部下都將被處死。湯若望大膽上疏，希望皇帝寬恕他們。順治帝因著湯若望的奏疏，便免除了這些人的死罪。1654年，順治想歸省祭祖謁陵。當時清剛入關，全國局勢不穩，又逢災荒，顯然此時歸省不是時機。但年輕氣盛的順治執意要去，此時，又是湯若望出面加以勸阻，最終順治聽從了「湯瑪法」的意見，放棄了原定的東北之行。
1654年順治皇帝按照湯若望的請求，把靠近利瑪竇墓地西部的一塊地產賜給湯若望作墓地。1660年，湯若望在順治賜予他的塋地上建立了一座小聖母堂。
1659年5月，鄭成功率十幾萬水陸大軍大舉北伐，兵臨南京城下，順治帝被這突如其來的局面嚇得驚恐萬狀，他不知所措竟想放棄北京，逃回關外的老家去。受到莊太后的訓斥後，又從一個極端跳到另一個極端，傳下聖旨要御駕親徵，誰也無法勸阻。宮廷上下都束手無策，大臣們紛紛跪下勸阻，順治根本不聽，親自用寶劍劈斷御座，宣稱誰敢阻止，他就劈死誰。大臣們找來孝莊皇太后規勸，仍然沒有效果。萬般無奈，最後只好搬出德高望重的湯若望出面勸駕。湯若望趕到宮中，苦心勸說，並說自己寧可粉身碎骨，也不願放棄職守，有所見而不言，使國家陷於危險。湯若望的赤誠打動了順治，他終於冷靜下來，宣布不再率兵親往前線。
湯若望對清朝的忠心，對順治的關懷，使順治深為感動。史載他曾給順治帝上奏疏300多件，多為順治帝採納。順治帝把湯若望的奏疏編輯成冊，帶在身邊，經常閱讀。
24歲的順治皇帝正值年輕有為、勵精圖治之際，一場疾病竟令其夭折帝宮。染天花病重不起，但是還沒有確定皇太子，在他生命的最後一刻，特意讓莊太后召見湯若望，就這個事關國家前途的重大問題徵求湯若望的意見。
順治提出由他的一個堂兄繼承皇位，湯若望認為子承父位、父子相承，這是中國與西方國家的通常做法，應該立皇子為太子，而三皇子玄燁出過天花，又聰明過人，勤於學習，最為合適。湯若望的意見與莊太后的意見一致，玄燁便被扶上皇位，他就是有名的康熙皇帝。
宣武門教堂