第一節 預定和恩典論
加爾文的預定神學基礎在於上帝的絕對主權上(God`s sovereignty)。他排斥人類的任何可能性,強調只有依靠上帝的能力和旨意人類才可能得到救贖。如瓦匠依照自己的意志將一個器皿造得貴重，而將另一個器皿造得卑賤一樣，所有的人類救贖取決於上帝。
所以加爾文進一步發展了奧古斯丁的預定思想。奧古斯丁只講了得到救贖者的預定,而加爾文更深一步講了滅亡者的預定。
他在《基督教要義》第三卷24章1節中說，"有的人已被預定成得永生(for ordained)，有的人則被預定為進入永遠的滅亡。沒有丟棄(without reprobation)，選擇也就不能成立(《基督教要義》第三卷23章1節)。這就叫作雙重預定論(double predestination)。
所有人並沒有被創造為一樣的命運。有的人預定得永生，有的人預定得永遠的詛咒。因而每個人被創造為這兩種之間的一種(《基督教要義》第三卷21章5節)。
加爾文相信這種預定是神在亞當夏娃墮落以前就已經計劃好、預定好的墮落前預定論(supralapsalismus)。換句話說，創世以前神就預定了通過基督的十字架救贖我們。
還有與這種預定論不同的墮落後預定論(infralapsalismus)。預定救贖我們的思寵是不可抗拒(irresistsble)的思寵，是不需要善行，或意志上的決斷，甚至信心的前提條件，而是無條件降臨、賦予我們的思寵。
這個預定的恩典也是保存(perseverance)的恩典(《基督教要義》第三卷24章6節)。被預定的聖徒神使之剛強絕不至於墮落，所以跟墮落的亞當和夏娃在伊甸園狀態中是不同的。加爾文告白說預定和恩典惟有根據神的主權和慈悲，所以高舉神的榮耀神，使我們謙虛。他惟有對神的恩典感激不盡(《基督教要義》第三卷21章5節)。
第二節 人類的意志
人類是本能上具有自由意志的存在，所以具有兩種要素，善的意志和惡的意志、恩慈的本性和腐敗的本性。罪的根源和根扎在人類的意志裡，因而神決不是罪的創始者。人類內在惡的必然性導致無意志犯罪。
並且, 加爾文也與路德一樣認為亞當墮落後人類的意志是奴隸身世。人是在聖靈和惡靈的兩名騎手面前的牲畜,即像驢或馬般的存在。如果被聖靈所騎就到天國，若被惡靈所騎只好到地獄。所以加爾文否定了人類為救贖而行善的自由意志。"對人類來說意志是奴隸，若無聖靈便無自由"(《基督教要義》第二卷4章1節)。
第三節 原罪和嬰兒洗禮
加爾文認為自從亞當偷吃善惡果後，整個人類都墮落(total depravity)了，是被消滅的一群(mass of perdition)。像奧古斯丁一樣解釋為沒有任何救贖的能力和可能性。因亞當的墮落使全人類被定罪，原罪像傳染病一樣存在於整個人類中。人類因遺傳性的墮落，嬰兒也帶著原罪出生。
還有罪的本性是不信、墮落的根、欲望、不感恩、不服從等。因此，以奧古斯丁的見解為根據，加爾文也極力說明即使是嬰兒如果想從罪被救贖必須受洗。
但是加爾文認為對墮落的人類也有一般恩典，那就是表現為「知識的火花」、「光的一部分」、「宗教的種子」等(《基督教要義》第二卷2章12節)。他從社會秩序、藝術與科學方面考察人類理性的力量。所有的技術發明、傳播的方式或深奧的知識都是無分別地賜給所有人的自然恩賜。
並且加爾文認為依據自然本性的人類精神裡有「可能認識神性」的一面，即與保羅在羅馬書中保羅的表達相似(《基督教要義》第一卷3章1節)。即使人類看不見在自然和歷史中表現出來的神的榮耀，達到對創造主的認識，但神已"在人類心裡播下了宗教的種子"(《基督教要義》第一卷5章1節)。加爾文認為因為神給我們的良心也能充分地判斷正與不正，但是這種自然的恩賜,即一般恩典不具備對上帝之國的屬靈的洞察力(《基督教要義》第二卷2章18節)，換句話說，借人類理性的光是不能到神面前的。
第四節對聖餐的理解
可以說加爾文站在茨溫利和路德的聖餐爭論的中間的角度上進行綜合。加爾文批評路德的共體論(共體說：Consubstantiatin)。他接受安提阿派的基督論,解釋說在上帝寶座右邊的基督的身體不能參加聖餐。
他還接受了亞歷山大學派的基督論。路德認為基督的身體(復活的身體),不受時間和空間的限制，而因神性和人性的兩個屬性互相交流(communicatio idiomatun)，所以在寶座右邊的同時也可以出席聖餐。加爾文不接受這種無所不在(ubiquity)的觀點。
加爾文也批判茨溫利的象徵說。他雖接納安提阿學派的基督論強調基督的身體不能以身體的形式出席聖餐，但加爾文不像茨溫利認為是單純的象徵與記念,而是通過聖靈的降臨體驗基督的現存，所以也叫作靈的臨在說。
加爾文解釋說聖餐是會眾一起分享共同體的愛，而且是經歷在基督裡是一體的愛的聖餐，並且為向鄰居分享基督十字架的大愛，為救濟他人，在舉行聖餐時一要有以救濟社會、服務社會為目標的捐獻。
第五節 教會和國家
加爾文與路德一樣講了教會和國家的分離，但他不像路德擁護君主獨栽政治，反而強調神政政治(theocrasy)，即強調舊約式上帝的直接統治。
他主張世俗權威不能支配教會，而教會的權威應從國家權威中獨立。教會的權威不可以建立於國家權威之上，只是應擁有跟日內瓦的市政同等的權威。從根本上，他主張教會與國家應是相互協作的關係，並且加爾文不同意路德的兩元論式的區分，而理解為神的一個統治。
加爾文雖不是日內瓦的統治者，但作為聖經教師，站在預言者的立場上用聖經話語勸勉、教導世俗統治者們，使他們制定符合上帝旨意的日內瓦政策。從而成功地進行了日內瓦市的改革和成聖。
政治王國不要只單純關心的有關衣食住的現實生活，而應當關心市民的聖結、敬虔、畏懼的生活(《基督教要義》第三卷19章15節)。因為上帝建立了國家，所以應該為上帝的正義而服務。因此相同的上帝的權威應成為市民法的根據(《基督教要義》第四卷20章1-21節)。
關於對國家的服從方面, 加爾文比路德更為進步。作為個人的基督徒反抗他們統治者的權威是不可以的，因為國家的權威是從上帝的權勢而來。不管是軟弱的統治者，還是惡的統治者都應順從(《基督教要義》第四卷20章22-30節)。
但是這裡有兩個例外。在最高統治者(王)下的官吏們(lower magistraters)應為辯護和保護百姓的利益盡他們的義務。反之，為了百姓應不要順從暴君的統治(《基督教要義》第十四卷20章31節)。
另一例外是，與基督的旨意和法則相矛盾的時候不能順從。基督一直是王，所以不能順從違背萬王之王、萬主之主基督的旨意和法規的統治者。
路德只強調在信仰的問題上不應順從——像殉道者一樣，但加爾文認為不僅在信仰問題上而且包括政治問題(《基督教要義》第四卷20章32節)。加爾文引用了使徒行傳5:29彼得的話(當順從神，而不當順從人)，也引用了保羅的話(你們是重價買來的，因此不要作人的奴僕。林前7:23)。
他強調用基督貴重的血價買來的我們應只作基督的僕人。象但以理不順從王的命令，堅持祈禱(但 6:22)一樣，象何西阿嚴歷地指責以法蓮造金牛像一樣(何 5:11)，像耶利米與撒母耳各自指責尼布甲尼撒和掃羅王一樣, 加爾文強調應以先知的使命感反抗王、不服從不義的權勢。這種抵抗精神流傳給了反抗瑪利女王的約翰·諾克斯(John Knox)和抵抗希特勒的本·懷特(Ditrich Bonhoeffer)。
第六節 成聖
加爾文的成聖論(santification)的根據在於解釋積極肯定的律法的作用上。路德只強調了律法的兩種作用。第一是使人醒悟罪、使人覺醒的作用。第二是為維持社會秩序、處罰惡人的作用。但加爾文進一步講述了律法的第三個作用，即作為得到救贖的聖徒靈性訓練的鞭子，即律法的積極作用。
他強調使聖徒們不致懶惰的成聖的律法。例如像登山寶訓一樣的話語使成聖有可能。加爾文相信通過不斷的自我否定(self-denial: mortification)和靈性訓練(discipline)可以成聖。
他強調只有通過不斷地自我否定的痛苦，才能愛上帝、愛鄰舍，而且為了靈性的不斷的成熟和成長，需要靈性訓練。
加爾文的成聖論與行動主義信仰是相通的。因為無法確切知道誰得到了救贖、誰在神的預定之中，所以出現了為了得到救恩的確信應該行善的行動主義信仰。接著就出現了職業意識(vocation)。
就是因世俗職業是神賜給我的召命，所以在職業中認真工作，要用汗流滿面之辛苦來得到救贖的確信，並且在職位上彰顯神的榮耀，而且要使職業成為天國的一部分，使之成為敬虔工作的場地。得到的收入應該節約積累資本，並使用這資本於健全的社會事業和生產性事業。可以知道這種職業意識成了實現資本主義(capitallsm)的精神作用、預言家的機能。
但是不能把加爾文的成聖倫理和信仰與資本主義意識形態一視同仁。它只是起到了使資本主義可能發展的促進作用而已。今天有些基督徒們誤認為基督教等於資本主義，所以資本主義的一切弊病，即利已主義、物質主義、壟斷主義在教會中也膨脹起來了。因此中國教會不應該成為促進社會兩極分化——富有者和貧困者的教會。
加爾文以成聖神學為基礎，為在日內瓦實現上帝的神政政治，展開了社會成聖(social sancitification)運動。儘管第一次成聖運動失敗了，但第二次是成功了。像教會史家華爾克(Walker)、西貝爾格(Seeberg)等主張的那樣，我們應知道加爾文神學中心不是預定論而是成聖(得救的確信)。而且我們應當看出他的《基督教要義》中強調了得救的確信、敬虔的訓練、自我死亡的生活等成聖。
第七節 加爾文主義與阿明尼烏主義
在這裡讓我們比較一下形成長老教神學基礎的加爾文主義和形成衛斯理宗及聖潔教神學基礎的阿明尼烏主義(Arminianism)的差別。
簡·阿明尼烏(James Arminius:1560-1609)是愛爾蘭萊頓市(Leyden)的大學教授。他的思想得到約翰·威頓保哈特(Johan Witenbohart:1557-1644)西門·埃比斯科比烏斯(Simon Epscopius:1583-1643)和國際法奠基人雨果·格勞秀斯(Hugo Grotius:1583-1645)的支持而得到系統化。這些人被稱為阿明尼烏派(Arminians)或者抗議者們(Remonstrants)。因為他們反對加爾文的雙重預定論。
他們的思想在1618年11月13日至1619年5月9日的多爾德會議被定罪。因參加那次會議的大部分人是加爾文主義者的緣故。
但是在荷蘭並不受歡迎的這思想傳入英國後，約翰·衛斯理深受影響，最終這一思想成為衛斯理宗和聖潔教的神學骨架。
（加爾文主義與阿明尼烏主義的比較）
1． 完全墮落
（total depravity）
人類完全腐敗，完全不可能有行善的能力和功勞。
2． 無條件選擇
Unconditional election
被揀選的人和消亡的人之間沒有任何倫理差別。揀選不是按他的倫理上行為，也不是看他有無信心。
3．有限的贖罪論（Limited Atonement）認為只有被揀選的人才能借基督的贖罪而得救。因而基督只是為被棟選的人贖罪而死。
4．因不可抗拒的恩典（Irresistable Grace）人不能抗拒救贖的恩典。只能接受以強權的能力而來的恩典。
5．聖徒的堅固的恩典（Perseverence of the saints）被揀選的聖徒在上帝的幫助下保守在恩惠的狀態。雖然軟弱，但有最終得救的確證（保證）。
1. 人類是沒有聖靈的幫助就不能來到上帝面前的無能力的存在。
人類要想行善或得到救贖的信仰必須需要聖靈的幫助。並且相信人類雖然墮落,但借著先在恩典（Prevenient grace）可以恢復良心和自由意志。
因此與認為自然的本性沒有腐敗，自由意志本性依然存在，借這種本能的自由意志救恩是有可能性,是可以行善的貝拉基（Pelaqius,4世紀奧古斯丁的論敵）的主張是不同。
因為阿明尼烏靠聖靈的幫助講說自由意志。上帝的恩典起到救贖人類的主導權（initiative）作用，人類只是對其作用應答。
2． 揀選和定罪是根據神的
預知（Foreknowlege）而顯出來的信和不信為條件的。信就被揀選，得救贖；不信不得不就被定罪滅亡。
3．贖罪是為全人類的。基督是為萬人的贖罪而死。但是，實際上所有的人都有得救的可能性。只有相信那贖罪恩典的人才能享受恩典和祝福。
4. 恩典不是不可抗拒的，因聖靈的影響（先在恩典）普遍地（Universally）賜給所有人，根據的自由意志,人可以接受恩典,也可以拒絕恩典。由於先在恩典的刺激，自由意志可以有效的恩典（efficient grace）協作。
5．懷疑堅固的教義。雖然聖靈的恩惠為保證徵服惡得到持續的勝利是充分的，但也有墮落的可能性。是自由意志以敬畏懼怕,認為站穩的人應該以惟恐墮落的謹慎而繼續完成救恩。
照加爾文主義的五個教義的英文首字字母的組合，也稱其為「鬱金香」(Tulip：與花名相似)教義。