在全國新設立登記的納稅人中實行增值稅專用發票電子化。、自2020年12月21日起，在天津、河北、上海、江蘇、浙江、安徽、廣東、重慶、四川、寧波和深圳等11個地區的新辦納稅人中實行專票電子化，受票方範圍為全國。其中，寧波、石家莊和杭州等3個地區已試點納稅人開具增值稅電子專用發票的受票方範圍擴至全國。自2021年1月21日起，在北京、山西、內蒙古、遼寧、吉林、黑龍江、福建、江西、山東、河南、湖北、湖南、廣西、海南、貴州、雲南、西藏、陝西、甘肅、青海、寧夏、新疆、大連、廈門和青島等25個地區的新辦納稅人中實行專票電子化，受票方範圍為全國。
增值稅電子專票也可以勾選認證，與紙質增值稅專用發票的處理方式一致。增值稅一般納稅人取得2017年1月1日及以後開具的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、機動車銷售統一發票、收費公路通行費增值稅電子普通發票，取消認證確認、稽核比對、申報抵扣的期限。納稅人在進行增值稅納稅申報時，應當通過本省(自治區、直轄市和計劃單列市)增值稅發票綜合服務平臺對上述扣稅憑證信息進行用途確認。
增值稅進項稅可以抵扣的情形：
機動車銷售統一發票：從銷售方取得的稅控機動車銷售統一發票上註明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。
海關進口增值稅專用繳款書：從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。
農產品收購發票或者銷售發票：從一般納稅人處購買或進口農產品，如果取得的是增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額。從小規模納稅人處購買農產品，如果取得的是3%（疫情期間1%）徵收率的增值稅專用發票，按照不含稅金額*9%從銷項稅額中抵扣。
提示：1.不是按照票面上的稅額進行抵扣，而是按照不含稅價*9%計算抵扣；2.取得3%（疫情期間1%）增值稅普通發票，不能計算抵扣。從農業生產者處購買免稅農產品，取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。農業生產者是指從事種植業、養殖業、林業、牧業、水產業的單位和個人。對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免徵增值稅。
從批發、零售環節購進適用免徵增值稅政策的蔬菜、部分鮮活肉蛋而取得的普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。批發、零售環節不屬於農產品銷售的一手環節，相當於農產品的再銷售環節，因此不能計算抵扣進項稅額。
解繳稅款的完稅憑證：從境外單位或者個人購進服務、無形資產或者不動產，自稅務機關或者扣繳義務人取得的解繳稅款的完稅憑證上註明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。
收費公路通行費增值稅電子普通發票：納稅人支付的道路通行費，按照收費公路通行費增值稅電子普通發票上註明的增值稅額抵扣進項稅額。左上角標識「通行費」字樣，且稅率欄次顯示適用稅率或徵收率的通行費電子發票（簡稱徵稅發票）。 左上角無「通行費」字樣，且稅率欄次顯示「不徵稅」的通行費電子發票（簡稱不徵稅發票）。 只有徵稅通行費電子發票才可以勾選認證抵扣，不徵稅發票不得抵扣增值稅。
橋、閘通行費發票：納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上註明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：橋、閘通行費可抵扣進項稅額=橋、閘通行費發票上註明的金額÷（1+5%）×5%。
旅客運輸憑證：納稅人購進國內旅客運輸服務，其進項稅額允許從銷項稅額中抵扣。納稅人未取得增值稅專用發票的，暫按照以下規定確定進項稅額：（1）取得增值稅電子普通發票的，為發票上註明的稅額；（2） 取得註明旅客身份信息的航空運輸電子客票行程單的，為按照下列公式計算進項稅額：航空旅客運輸進項稅額=（票價+燃油附加費）÷（1+9%）×9%（3）取得註明旅客身份信息的鐵路車票的，為按照下列公式計算的進項稅額：鐵路旅客運輸進項稅額=票面金額÷（1+9%）×9%；（4）取得註明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式計算進項稅額：公路、水路等其他旅客運輸進項稅額=票面金額÷（1+3%）×3%
增值稅進項稅不能抵扣的情形：
《財政部國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅[2016]36號，以下簡稱36號文）及有關法規的規定，附件1：營業稅改徵增值稅試點實施辦法，第二十七條：下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
（一）用於簡易計稅方法計稅項目、免徵增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產。其中涉及的固定資產、無形資產、不動產，僅指專用於上述項目的固定資產、無形資產（不包括其他權益性無形資產）、不動產。
納稅人的交際應酬消費屬於個人消費。
（二）非正常損失的購進貨物，以及相關的加工修理修配勞務和交通運輸服務。
（三）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（不包括固定資產）加工修理修配勞務和交通運輸服務。
（四）非正常損失的不動產，以及該不動產所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
（五）非正常損失的不動產在建工程所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬於不動產在建工程。
（六）購進的旅客運輸服務、貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務。
（七）財政部和國家稅務總局規定的其他情形。
本條第（四）項、第（五）項所稱貨物，是指構成不動產實體的材料和設備，包括建築裝飾材料和給排水、採暖、衛生、通風、照明、通訊、煤氣、消防、中央空調、電梯、電氣、智能化樓宇設備及配套設施。
根據《關於深化增值稅改革有關政策的公告》的規定：《營業稅改徵增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號印發）第二十七條第（六）項和《營業稅改徵增值稅試點有關事項的規定》（財稅〔2016〕36號印發）第二條第（一）項第5點中「購進的旅客運輸服務、貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務」修改為「購進的貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務」。自2019年4月1日起執行。