在康熙朝，我們對後宮了解更多的是孝莊皇后，對順治帝的第二位皇后孝惠皇后卻很少提及，雖然這位孝惠皇后當了50多年的皇太后，但在孝莊巨大的影響力之下，卻顯得很渺小。
事實雖是如此，但康熙皇帝對這位繼母卻是孝順備至，悉心照顧。孝惠皇后博爾濟吉特氏，比順治小三歲，順治帝的第一個皇后是她的姑母，這就等於孝惠皇后嫁給了自己的姑父。
孝惠皇后在14歲那年即順治十三年（1656年）被封為皇后，也就在這一年，姿色絕世的董鄂氏入宮，孝惠皇后雖身為皇后，由於過於忠厚，不善奉迎，所以頗受冷遇，順治帝還曾有意廢除她的皇后之位，讓董鄂氏接替。在董鄂氏和孝莊的保全下，孝惠皇后最終還是保住了自己的中宮皇后之位。
康熙帝即位後，尊孝惠皇后為皇太后。康熙10歲那年，康熙帝的生母孝康皇后去世，孝惠皇后與孝莊共同擔起了培養教育玄燁的重擔。孝惠皇后仁厚賢淑，與孝莊皇后的關係很好，感情極為融洽。孝莊病逝後，孝惠皇后悲痛欲絕，幾次哭倒在地，極盡子婦之道。
孝惠皇后視康熙帝如幾齣，竭力撫育、關照，母子感情深厚，在長達50多年的時間裡，康熙帝極盡孝道，竭力報答這位母后的養育之恩。
康熙五十六年（1717年）十一月，孝惠皇后得了重病。正在京西暢春園的康熙帝得知後，非常著急，不等沿途設好警戒，只帶了少數隨近侍，便急匆匆趕回皇宮，看望皇太后。在皇太后病重期間，康熙帝不顧自己的病痛和64歲的高齡，堅持天天看望皇太后。
同年十二月，孝惠皇后病死於寧壽宮，享年77歲，僅次於乾隆帝生母孝聖皇后，在清朝皇后中位居第二位。
孝惠皇后雖然不是康熙帝的生母，但康熙帝對她的感情卻勝似親生。孝惠皇后死後，康熙帝決定破例為其系諡，也就是將順治帝的廟諡「章」字加在她的諡號之後，並將其神牌升祔太廟。
在明朝有定例，只有嫡皇后才能系諡，皇帝的生母和繼後都不系諡，也不升祔太廟。清朝，在孝惠皇后之前，只有嫡皇后和皇帝生母才系諡、升祔太廟，繼後沒有系諡的。
孝惠皇后是順治帝的繼後，所以禮部官員在擬諡號時，未系順治帝的廟諡，即不稱「孝惠章皇后」。對此，康熙帝極為惱怒，他令禮臣們到太廟去看太宗皇太極的兩位皇后諡號。
大臣們到了太廟看了之後，承認了自己的錯誤，給孝惠皇后系了順治帝的廟諡，稱孝惠章皇后。因為這個失誤，五位大學士受到了降一級的處分。
其實大臣們並沒有錯，而是康熙帝的錯。為什麼這樣說呢？第一，明朝的繼後沒有系諡的。第二，在此之前清朝的繼後也沒有系諡的。第三，康熙帝所以讓大臣去太廟，目的是讓他們看孝莊皇后的諡號系了太宗的廟諡。
其實大臣們不看也知道，但孝莊皇后是皇帝的生母，孝惠皇后不是。在這點上孝惠皇后與孝莊皇后沒有可比性。康熙帝錯就錯在沒有講明白，大臣們自然是不敢開這個先河的。
在孝惠皇后升祔太廟、奉先殿之前，有的大臣主張將康熙帝生母孝康皇后的神牌放在孝惠皇后的前面。這個提議遭到大學士王掞的反對，康熙帝自己也認為不妥。最終孝惠皇后的神牌放在了孝康皇后神牌的前面。
道理很簡單，因為孝惠皇后是名正言順的中宮皇后，是通過大婚正式冊立的，而孝康皇后在康熙帝生前只是一名地位低下的庶妃，因為兒子當了皇帝，才取得了順治帝皇后的名分。所以，孝惠皇后擺在孝康皇后之前是合情合理的。
但話又說回來，合情合理的事情也要看皇帝的意願，可以大膽做個假設，這件事要是放在乾隆的身上絕對就不會這麼幹，肯定是要偏重生母的。
也就從康熙帝首開為皇帝繼後系諡、升祔太廟的先例以後，凡後世繼後均照此辦理，這也成為了清朝的制度。