據海峽導報報導（海峽導報記者 吳生林）「陳水扁時期的『教育部長』杜正勝，被綠營支持者稱為『臺獨教育總工程師』，實質上也是李登輝至陳水扁任上的『臺獨教育的操盤手』，大陸制定『臺獨』頑固分子清單時，有可能會把這個人列入。」
大陸有關方面正在研究制定「臺獨」頑固分子清單，將終身追責。如何擬定這份清單，島內知名統派史地學者、長期公開反對「臺獨課綱」的臺灣師範大學國際與僑教學院前院長潘朝陽教授,今天（11月6日）接受海峽導報記者採訪時,談到「臺獨教育」問題，點名「臺獨」分子杜正勝。
杜正勝在推行「臺獨教育」中扮演了怎樣推波助瀾的角色？潘朝陽指出，李登輝的「臺獨路線」規劃和推動，是在「臺灣民族主義」指導下進行的，大肆販售所謂「臺灣本土中心論」，由此而將「中國的大陸與臺灣」改變為「中國的大陸與臺灣的臺灣」。
李登輝於是找到歷史學者杜正勝，讓其依據所謂「臺灣本土中心論」設計臺灣初中生的一種新課程。這本教科書命名為《認識臺灣》，此課本根據杜氏杜撰出來的所謂「同心圓史觀」，以臺灣為中心來講臺灣史地和臺灣社會。這種中學教育正式將臺灣從中國的史地與社會切割截斷，這就是「教育臺獨」的起步。
到陳水扁時代，高中教育順此而將臺灣史與中國史分斷。原本高中教育是稱《本國史》的，其中有—些章節，是講臺灣史；換言之，臺灣是中國的—部分。但從李登輝的《認識臺灣》再到陳水扁的《臺灣史》，「教育臺獨」從初期工程進階到二級工程，陳水扁任內的「教育部長」就是杜正勝。
在杜正勝規劃下，《認識臺灣》、《臺灣史》乃至《臺灣地理》，全都以「臺獨」為中心思想；從此，大陸的史地不再是《本國史地》，而是中國的史地，即「外國」的史地。正是在這種「臺獨教育」下，現在相當一部份臺灣青年否認自己是中國人。所以，綠營有人把杜正勝稱之為推行「臺獨教育總工程師」，也是「臺獨教育」的操盤手。