吐溫通過他剛剛起步的出版社查爾斯·韋伯斯特公司出版了《尤利西斯·格蘭特總統回憶錄》，他和他的侄子查爾斯·韋伯斯特結婚後共同擁有這家出版社。
此時，他還為《世紀雜誌》寫了「失敗的競選活動的私人歷史」。這篇文章詳細描述了他在內戰期間在聯邦民兵中的兩周時間。接下來，他聚焦於《亞瑟王宮廷中的康乃狄克州美國佬》，這本書的歷史小說風格與《王子與貧民》相同。康乃狄克揚基通過將政治和社會規範置於亞瑟王的法庭上，展示了它們的荒謬。這本書始於1885年12月，幾個月後被擱置到1887年夏天，最終在1889年春天完成。
他的下一部大型作品是《普德·漢哈德·威爾遜》，他在拼命避免破產的時候，迅速寫下了這部作品。從1893年11月12日到12月14日，吐溫為這部小說寫了6萬字。批評家已經指出這種倉促完成是這部小說組織粗糙和情節不斷中斷的原因。這部小說也包含了兩個男孩在同一天出生的故事，他們改變了生活中的位置，比如王子和乞丐。它首先在《世紀雜誌》上連續出版，當它最終以書籍形式出版時，普德·漢哈德·威爾遜成為主要標題；然而，「字幕」讓整個標題變成了:普德·漢哈德·威爾遜的悲劇和非凡雙胞胎的喜劇。
吐溫的下一部作品是一本直截了當的小說，他稱之為《聖女貞德的個人回憶》，獻給他的妻子。他早就說過這是他最自豪的作品，儘管他為此受到了批評。這本書是他從小的夢想，他聲稱他找到了一份手稿，詳細描述了他青少年時期聖女貞德的生活。這是他確信會拯救他的出版公司的另一篇文章。他的財務顧問亨利·哈特斯頓·羅傑斯推翻了這一想法，讓吐溫完全退出了這個行業，但這本書還是出版了。
為了支付帳單和維持他的商業項目，吐溫開始瘋狂地寫文章和評論，回報越來越少，但這還不夠。他於1894年申請破產。在這個財政困難的時期，他在報紙上發表了幾篇文學評論來幫助維持收支平衡。他以嘲笑詹姆斯·費尼莫爾·庫珀而聞名，他在文章中詳細描述了庫珀的「文學罪行」。他對其他作家和其他批評家直言不諱；他建議，在讚揚庫珀的作品之前，託馬斯·盧恩伯裡、布蘭德·馬修斯和威爾基·柯林斯「應該讀一些」。
喬治·艾略特、簡·奧斯汀和羅伯特·路易斯·史蒂文森從1890年左右開始，一直持續到他去世，在這段時間裡也遭到了吐溫的攻擊。除了為文學批評的「尖牙利爪」風格提供了一個來源之外，他在幾封信和散文中概述了他認為的「高質量寫作」。他強調簡潔、詞語選擇的實用性和現實主義；舉例來說，他抱怨庫珀的殺鹿計劃很現實，但有幾個缺點。諷刺的是，他自己的幾部作品後來因為缺乏連續性（《哈克貝利·費恩歷險記》）和組織性(《普德·漢哈德·威爾遜》)而受到批評。
吐溫的妻子於1904年去世，當時這對夫婦住在佛羅倫斯的迪誇託別墅。過了一段時間後，他發表了一些作品，他的妻子，事實上是他的編輯，也是他整個婚姻生活中的審查者，一直看不起這些作品。神秘的陌生人也許是最著名的，描繪了撒旦對地球的各種訪問。這部特殊的作品在吐溫一生中沒有發表過。他的手稿包括三個版本，寫於1897年至1905年之間:所謂的漢尼拔、Eseldorf和印刷店版本。由此產生的混亂導致了一個混亂的版本的廣泛出版，直到最近吐溫寫下的原始版本才出現。
吐溫的最後一部作品是他的自傳，他口述了這本自傳，並認為如果他按照非時間順序隨心所欲，隨波逐流，會非常有趣。一些檔案學家和編纂者已經將傳記改編成更傳統的形式，從而消除了吐溫的一些幽默和書中的流動。這本自傳的第一卷，超過736頁，正如吐溫所希望的，在他去世100年後，加州大學於2010年11月出版。它很快成為意想不到的暢銷書。