DNA血樣基因信息編碼難以解釋
據宋金恆的二審判決書記載，本案的物證主要有如下幾件：
1、現場勘查筆錄、照片證實了案發現場情況。
2、2009年8月30日公安機關在劉紅處提取白色三角褲衩一件，後經刑事科學技術鑑定確認，三角短褲襠部可疑斑跡中檢出宋金恆的精子。
3、2011年10月16日在案發現場提取白色紙巾若干張（從一留有指紋的紅色紙抽盒中抽出），後經鑑定，從白色紙巾可疑斑跡中檢出宋金恆精子。
以上三件物證是該案的核心證據，如果這三件證據屬實，DNA鑑定技術的可靠性足以證明，宋金恆確實作了這兩起強姦案。但從事多年刑偵工作的王耀剛律師卻從中發現了重大疑點。
一、送檢材料來源不明。
上述檢驗中，劉紅的「三角短褲」來源不明。因為提取筆錄上只有劉紅及其母親的籤名，沒有見證人籤名，也沒有辦案人籤名，且該提取筆錄不是當場開具的，是事後列印的。劉紅的「陰部擦拭物」和「內褲」，沒有《扣押物品、文件清單》，不能證明來源合法。據此所做的檢驗，不能作為認定案件事實的根據。
二、「現場提取沾有精子的衛生紙、留有指紋的紅色紙抽盒」來源不明。
王曼麗被強姦案現場勘查筆錄、現場圖及現場照片中均沒有發現及提取紙巾的記載，現場勘查筆錄及現場製圖中雖然存在發現和提取紙抽盒的記載，但現場照片中沒有反應出現場留有紙抽盒。
案件被檢察院退回補充偵查期間，偵查人員補充了一份現場提取到白色衛生紙的「提取物品清單」及「現場提取紙巾的說明」：「2011年11月16日，建平縣公安局民警根據報案人王曼麗的指認，在案發現場的田地裡提取白色紙巾若干張」，提取人：宋東波、吳雲飛。」
王耀剛律師指出：現場勘查筆錄記載的勘查人、出警人中均沒有吳雲飛，案發當天即使現場確有紙巾，提取人也不可能有吳雲飛；清單所附的紙巾照片並非出在現場照片中，而是呈現於一水磨石地面上，無法令人相信檢材來源於現場；無見證人，不符合法定的物證提取程序。
到了二審期間，宋東波、吳雲飛向法庭提供了這樣一份「說明」：「2011年10月16日接到報警後，正在案發地附近辦案的建平縣公安局刑偵大隊偵查員及時趕到現場，對案發現場進行保護。偵查人員在案發現場發現一個紅色鐵嶺興隆百貨六周年慶紅色紙巾盒和若干張有擦拭物的紙巾，因當時秋風較大，且現場勘查人員要從距離案發現場七十餘公裡的建平縣城趕來，為了避免痕跡物證被破壞，偵查人員先行將上述物品提取。現場勘查人員趕到現場後，偵查人員將紙巾盒交與現場勘查人員，由現場勘查人員拍照並對紙巾盒上的痕跡物證進行提取，偵查人員將現場提取的紙巾交由法醫送朝陽市公安局DNA鑑定室進行檢驗」。
王耀剛律師指出，這個說明推翻了之前的「提取物品清單」及「現場提取紙巾的說明」，提取人不再是吳雲飛、宋東波了，變成了沒名沒姓的「偵查人員」，這個「偵查人員」是誰，兩位刑警不可能不認識吧？
白色衛生紙和紅色紙抽盒的照片不是在現場（農地）拍攝的，連一根小草都能看清的現場照片上沒有這兩樣東西，反而是在公安局的辦公室拍攝的。勘察現場時在提取物證前不拍攝現場照片固定位置，如此違反常識的做法，匪夷所思。何況，筆錄製作人、繪圖人、照相人均為陳佳音一人，其他臨場人員沒有籤名，也沒有見證人籤名。
三、檢驗報告始終不交給法庭。
建平縣公安局向法庭提交的辦案說明稱，建平縣公安局「將現場提取的白色衛生紙送朝陽市公安局進行DNA檢驗，並將檢出的精子與兩年前劉紅案的「三角短褲」等物證進行DNA對比，發現同屬一個人。」「還將案發現場附近居民的血液樣本送遼寧省公安廳進行DNA檢驗，發現宋有的Y染色體與兩起案件的物證Y染色體存在親緣關係，而宋有的兒子正是宋金恆。可是，建平縣公安局一直不肯把這兩次檢驗的書面報告交給法庭，經一審辯護律師再三要求，才交了一份本局開具的「檢驗說明」，上面也沒有辦案人員的籤名。
四、而最大疑點，是在法院調取的該案DNA資料庫資料中，宋金恆的血樣基因信息編碼S2113220002011101700004，存在重大的造假嫌疑。
DNA鑑定中的血樣基因信息編碼，錄入時不是人工操作，而是機器自動形成的。中間的那段「20111017」的字樣，表明這一編碼是2011年10月17日形成的，但宋金恆被警方抓獲的時間，是2011年12月11日！在未抓獲宋金恆的近兩個月前，警方怎麼可能獲得宋金恆的血樣，又如何能形成如此字樣的血樣基因信息編碼呢？
王耀剛律師分析，劉紅被強姦一案中的物證信息編碼為W2113000002009090100003，表明錄入日期是2009年9月1日，而王曼麗被強姦案的物證信息編碼為W2113220002011101700001，表明錄入日期是2011年10月17日。他認為，有人很可能是在錄入王曼麗的物證信息編碼後，緊接著就錄入了宋金恆的基因信息編碼，卻忘了在錄入前將時間改到宋金恆被抓獲的2011年12月11日以後，犯了一個致命的錯誤。
2014年7月，王耀剛律師向朝陽市檢察院申請調取證據：一、2009年8月30日劉紅被強姦案DNA原始分型圖譜；二、2011年10月16日王曼麗被強姦案DNA原始分型圖譜；三、2011年12月12日送檢的宋金恆血樣DNA原始分型圖譜，但均未成功。
本社記者也曾就此問題到朝陽市檢察院和建平縣公安局聯繫採訪，朝陽市檢察院和建平縣公安局均婉言拒絕採訪。
權威專家質疑DNA鑑定
因為宋金恆父母都是農民，家境貧寒，沒有財力為其申訴奔波，這幾年，為宋金恆申訴的事情全部都落到嶽母項麗君頭上，項麗君為這個被判強姦罪的女婿不停地奔波呼籲。記者曾問她，「你只是宋金恆的嶽母，讓你女兒和他離婚就完了唄，幹嘛一定要管他的事？」項麗君說：「就算我女兒跟他離了婚，這個事兒我也要管到底。既然讓我攤上了，就必須整個明白。是就是是，非就是非，我相信法律是公正的，最終不會冤枉好人。」
第二起強姦案案發那天清晨，宋金恆和新婚妻子韓雪睡到6時45分才起床，然後宋金恆就去相隔很近的朋友張可欣家幫助收割苞米，在張可欣家呆了一整天，所以妻子韓雪和嶽母項麗君，無論如何不肯相信宋金恆還能抽出時間在七點多鐘開車到50公裡外去做一起強姦案，認為他絕對沒有作案時間。從對他的了解來說，也不相信他會幹那種事，何況他當時新婚只有19天。
為查清真相，項麗君還就被害人王曼麗講述的T字型刀疤諮詢過醫生，「醫生告訴我，T型疤痕都是胸外手術切口，這個人做過胸外手術。」項麗君說，她在附近監獄都找過，附近有強姦案她都要打聽。在她看來，「真兇」極可能來自內蒙古赤峰市，可能是黑車司機。「赤峰離宋家幾裡地，原來也歸遼寧管轄。我找過內蒙古赤峰寧城縣公安局，因為那裡有一起強姦案，作案手法很像王曼麗這起，最後排除了，因為沒有刀疤！還有一起系列強姦案，我通過赤峰市檢察院都確定沒有刀疤。我一直沒有停止尋找真兇！」
本社記者到這兩起強姦案發生的實地現場調查發現，第一起強姦案離宋金恆家很近，幾個附近村民告訴記者，他們聽到的情況，真兇比宋金恆矮，不是本地人。宋金恆如果在離家這麼近的地方作案，很容易被熟人認出來。不知這幾個村民的說法是否可信，受害人劉紅和母親早已離開當地，村民們都不知道她在哪裡。
第二起強姦案，王耀剛律師指出，從被害人王曼麗在警方訊問筆錄裡的描述來看，她應該是在宋金恆家附近不遠的路邊搭車時上了一輛黑車，黑車行駛50公裡後突然離開道路駛進一片玉米地，黑車司機在玉米地對她實施了強姦。王耀剛律師認為真兇為黑車司機的可能性很大。
項麗君告訴記者，王曼麗的父親是建平縣的一名警察，據說當時還是一個派出所副所長，當初案件沒有偵破時，他給縣公安局施加了巨大的壓力，曾表示「不破案就去北京上訪」。可後來法院判決宋金恆應該賠償給受害人的錢，王曼麗及家人卻從來沒要過。不知是否也明白宋金恆不是真兇了。項麗君也多次想過去找王曼麗，請求她的幫助，但考慮再三，覺得王曼麗很難有勇氣說出真相，就一直沒去找。項麗君還一直在尋找另一起強姦案的受害人劉紅，苦於沒有找到。
2015年11月20日，北京京城明鑑法醫學研究院接受王耀剛所在的北京尚權律師事務所委託，對宋金恆案送檢文證資料進行法醫學專業分析、論證。
這家法醫學研究院邀請了原公安部物證鑑定中心的蒯應松、崔家貴、麻永昌三位主任法醫師和原最高人民檢察院信息技術中心主任莊洪勝主任法醫師，共同研討、會診。
包括4名專家在內的8位法醫師認為，劉紅案送檢材料的鑑定書，案件編號為[2009]0339號，顯然是2009年的案件，卻在2011年12月12日才出具鑑定意見書，需要合理解釋；現場勘驗、檢查筆錄應當能夠作為核查現場或者恢復現場原狀的依據。
記者注意到，第二起案件的案發時間是2011年10月16日，也就是說，發生在2009年的第一起案件，是在第二起案件發生之後才出現的鑑定，而此時已是第一起案件發生的兩年多以後。
王曼麗案中關鍵物證，即所謂的「現場紙巾」照片不能恢復現場原狀，其提取程序不符合《公安機關辦理刑事案件程序規定》，無確切證據證明紙巾來源於現場。
他們認為，王曼麗描述「嫌疑人將精液射入其嘴裡，之後，她吐出並用衛生紙擦拭嘴巴後扔到現場」，那麼，該衛生紙團上除能檢測到嫌疑人精子DNA，也必能檢測到受害人體液DNA（口腔細胞、陰道細胞和DNA分型）且「必須檢測出」，否則無從證明「強姦」。
專家的論證結論是：送檢文證資料所載內容存在諸多違反明文規定之處；有關內容前後矛盾；提取物品清單等部分資料真實性、客觀性存疑；尤其是「無證據證明關鍵物證檢材來自現場」，以及「即便來源於現場，因沒有同時檢出受害女性體液DNA（口腔細胞、陰道細胞和DNA分型）」，故，無法認定宋金恆強姦。
而現在，宋金恆及其親屬和代理律師都很盼望最高法院第二巡迴法庭的複查能夠有結果，給這個案件一個再審的機會。宋金恆多次對代理律師王耀剛表示，不管複查結果如何，哪怕刑滿出獄了，他也會申訴到底，直到法律還他一個清白。