1801年4月，清唱劇《四季》在黑山宮首演；同年5月，立下第一份遺囑。1802年，海頓感覺到一種多年困擾他的疾病開始惡化，以至於他身體上已經不能繼續作曲創作。這對海頓來講無疑是一次重創：正如他自己所說，有如此多的新鮮的音樂創意如潮水般遠遠湧來，等著他去完成。
老年的海頓，像不像《魔戒》中老年的巴金斯
儘管海頓在最後的幾年裡被僕人精心照料，經常有人登門造訪，並得到許多榮譽，但這絕對不是他最快樂的時光。
海頓的故居和生前的制服
在生病期間，他經常靠彈奏奧地利國王頌來尋找精神安慰。這首曲子是他1797年以一個愛國者的熱情創作的。
拿破崙接收維也納
1809年5月31日，海頓在拿破崙攻陷維也納後不久去世。享年77歲。他最後的遺言是在鄰居遭到炮轟後安慰他的僕人們不要害怕。
海頓教堂
海頓最初被安葬在Hundsturmer墓地（海頓公園，維也納Meidling）。1820年海頓的墳遷入Eisenstadt的海頓教堂。但是當海頓的棺材被打開時，人們發現頭顱不見了。後來調查發現是Esterhazy的秘書，一個偽科學顱相學的信徒給偷走了。顱相學算是歐美人的一項很有名的惡趣味了，因為這種癖好在20世紀愛因斯坦去世後還有追隨者。好在145年以後事情終於有了一個了結，1954年幾經波折的頭骨從維也納被運到Eisenstadt與身體合為一體，海頓總算有了全屍。
教堂中海頓的石棺
海頓最後一部清唱劇《四季》，是與海頓《創世紀》齊名的一部清唱劇。雖然兩部清唱劇都是取材於英語文學，但與《創世紀》不同的是，這部作品，更具有世俗性。作品裡的場景，如同一幅幅繪畫，充滿了敘事性。不同於一般清唱劇裡的宗教色彩濃鬱。劇本是根據18世紀英國詩人詹姆斯·湯姆森的同名長詩改編的。海頓用他優美的音樂向我們展現了美麗的田園景色與鄉村的農民生活。典型的古典風格，音樂語彙通俗易懂，充滿著清新的活力。
詩歌原作是一部長達4300行的長詩，有很強的敘事性。作品中安排的三個人物：老牧人西蒙(男低音)，他的女兒漢娜(女高音)以及青年盧卡斯(男高音)。他們的歌聲表達情感，敘述故事，整首曲子聽起來充滿趣味。
作品分為四個樂章，分別以春、夏、秋、冬為標題。序曲是用奏鳴曲式寫成，描繪出「從冬到春」的景象。小提琴和木管樂器之間的輕快對答，表現了冬去春來大地復甦，自然界裡萬物生長，人們愉快地開始了新一年的勞作。音樂充滿了明朗的氣息，典雅工整，每一個小節都充滿了歡快的氣氛。樂曲結束在最後的歡樂之歌中。
《夏》在器樂的引子過後，刻畫出太陽初升的風景。西蒙開始了新的一天的勞作。這裡有一段圓號伴奏的詠嘆調，充滿了田園風味。這個音樂元素後來出現在貝多芬的《第六交響曲田園》。天氣炎熱帶來了乾旱，人們開始心情沉重。幸好烏雲和閃電帶來了一場暴風雨。雨過天晴後，鵪鶉，蟋蟀，青蛙相繼登場，在風雨過後的寧靜中唱出一首和諧的自然之歌。
貝多芬：就問三個字，服不服？
當然平心而論雖然都是在表現田園風光的主題，學生貝多芬的《田園》交響曲可是要比老師海頓的《四季》強太多了。如果海頓聽過這首交響曲，相信各種遺憾也就不再需要了，因為學生不僅繼承了自己，而且發揚光大了太多。因為這一篇還是海頓的主場，所以我們還是讓貝多芬先生再等一等，先來欣賞一下完整版的海頓的《四季》。在選用的這個版本中，那段《田園交響曲》所採用的音樂元素，大概出現在第36分18秒，當然聽起來比貝多芬在《田園》中所演繹的版本，要青澀很多。