1.機鋒棒喝——啟悟方式的革命
馬祖在接機方式上是否開後世機鋒棒喝之先河，研究者見仁見智，就馬祖禪或洪州宗之整體而言，機鋒棒喝無疑是其影響深遠的禪法革命。
馬祖本人已開其端，其弟子與再傳、三傳弟子越來越顯，薪火相傳，愈益放大。
這種禪法是凸顯個體性、生活化的禪觀的必然要求與落實。
《祖堂集》記載，汾州和尚為座主時，講《四十二章經》。
他向馬祖請教：
「宗門中意旨如何？」
「師（指馬祖）乃顧示云：『左右人多，且去。』汾州出門，腳才跨閌閬，師召座主。汾州回頭應喏。師云：『是什麼？』汾州當時便省，遂禮拜……」（《祖堂集》卷十四）。
馬祖通過突然呼喚汾州之名，並問「是什麼」，使汾州當下省悟。
自認為對《四十二章經》懂得很多的汾州座主，至此才悟真意，說：
「今天若不遇和尚，泊合空過一生。」
馬祖問百丈懷海以何法示人。
「百丈豎起拂子對師云：『只這個，當別更有？』」
以上公案中，馬祖以呼喊姓名和突然發問的方式，百丈以豎起拂子的動作接引對方，呼喚出他的自性，促使他洞見真相，自悟內在精神。類似的例子，在馬祖禪中數不勝數。
據《傳燈錄》記載，李翱向西堂打聽馬大師的言教，西堂智藏用直呼其名的方法回答李氏，李氏應諾，西堂讚嘆說：「鼓角動也。」
李翱對佛學有一定基礎，對馬祖「即心即佛」、「非心非佛」的教法，也有自己的看法。
西堂點醒的只是：馬祖的言教，乃是直指自性。
關於馬祖以野鴨啟導百丈的公案，人所盡知，茲不複述。
這裡，馬祖用手扭百丈的鼻子，是特殊的手法，又用普通的「是什麼」「又道飛過去」等問話，啟發百丈覺悟自性，不被外境所奪跟著野鴨飛走。
百丈以「適來哭，如今笑」，不正面回答師兄弟們的問題，意在不執著於外境。
最後，百丈又以「卷卻席」的動作和答非所問來回應馬祖，馬祖即知他已悟道。
圭峰宗密認為，作用見性正是洪州宗的特色：
「起心動念，彈指謦咳，揚眉瞬目，所作所為，皆是佛性全體之用，更無第二主宰。如面作多般飲食，一一皆面。佛性亦爾，全體貪嗔痴，造善惡，受苦樂，故一一皆性。」（《圓覺經大疏抄》）
可見馬祖禪善於從見聞覺知，從動作、語言、身心活動、生命現象中，通過機鋒棒喝、揚眉瞬目等等方式把不可言傳的內心體驗傳達給受教者，啟悟他人自識本心，見性成佛。
這再次表明了佛禪修證的個性化。
2.自識本心——儒、禪引為同調
禪宗之根本在「自識本心，直徹真源（真源，謂宇宙本體。識得自心與萬物同體，真源豈待外求？）」。在他看來，這也是儒學之根本。
他發揮大珠慧海初參馬祖的公案，指出「自家寶藏」即是本心，此是萬化之源，萬物之本。
所謂「拋家散走」，是指專恃量智或知識向外追求探索。
本體不可當作外在的物事來推度，迷者以為實有佛法可求，實則佛者覺也，只此心是。若離自心，便無佛可得，亦無法可得。
關於「使用自在」，這個寶藏是吾人所以生之理，亦即是天地萬物所以成形之理，因吾人與天地萬物同一本源，不可分割。
由此應知，此大寶藏具有無窮神化，無邊妙用。就吾人日常生活言之，此大寶藏隨觸即應，無感不通。
以「本心」與「習心」之辨來解讀這一公案。一般人任習心趣境，將佛法當作物事來追逐，而不自識何者為自家寶藏或本來的心，自己不認識自己。
吾人與天地萬物同體的大寶藏，本崇高無上……此崇高無上的，正是平平常常的。
若悟得這個，才是我的真實生命。易言之，這個才是真的自己，豈不平平常常？……
馬祖鑑其妄習未除，於是呵其外逐，令反悟自家寶藏，又示以無物可求。
而慧海乃一旦廓然空其胸中伏莽，始躍然興問，誰是自家寶藏？
馬祖則直令其反悟當下之心，即此時興問之心，光明純淨，如赤日當空，不容纖毫翳障，此非自家寶藏而何？
若時時在在，恆保任得如此時之心，便是藥山所謂皮膚脫落盡，唯有一真實也。
慧海被馬祖提撕，習心偶歇，而本心之明，乍爾呈現。
但恐妄習潛存，仍然障蔽本心之明。因此，保任之而勿放失是十分重要的。這正是孟子「求放心」之本意。
馬祖在懷海接近成熟之際，見野鴨飛過，因乘機故詰，誘而進之。
懷海滯於習心逐境，未能解悟。馬祖再詰，而懷海猶不悟，於是馬祖扭其鼻孔，令其自識獨體。
馬祖當機善誘，意義深遠。馬祖行住坐臥、應機接物之道，與我國儒道諸家之道，只是一道。
孟子求其放心、保任無失、深造自得、發掘資源、左右逢源之說與馬祖自識本心、即心是佛、河沙妙用、不出法界之說，可以相互發明。
自識本心，才是解脫的本原，但本心容易與習心（向外追逐，計較分別之心）相混淆，習心或無明，成為發明本心的障蔽。
明心見性，就是要空掉或超越這些障蔽。馬祖禪沿著慧能的智慧方向，藉助《孟子》《莊子》等本土資源，返回自身，尋找吾人與天地萬物一體之生命本源，肯定自家寶藏自足圓滿，元無少欠，讓真心真性（佛心佛性）真實地呈現出來。
其要旨是創造條件，在凡俗的日用常行之中，凸現生命的意義與價值。
這一點，禪宗與儒家是相通的。馬祖禪把佛還原到人的具體生命中，又把人的凡俗生活安頓在佛的境界之中，使有限制的個體透過與佛同體的內在生命的發掘，體悟到心性的空靈與自由，從而超越限制，通向永恆。
總之，馬祖禪強調個體人自身即佛，隨時體道，以更簡易直接的方式當下得到解脫。
他彰顯了個體內在的價值，開發自身的資源。他的無修無證、無念無著之禪機，更彰顯了「人」的地位、「個體性」的地位，其靈活啟發的方式，更具有創造性。
馬祖及其禪觀、禪法在中國思想史上具有重要地位，成為宋明心性之學的重要資源，亦為當代新儒家所珍視。
其舉動施為、語默啼笑中，充滿高峰體悟的創意。其不假外求的方式，截斷眾流的爆發力，藉助語言又超越語言限制的佛慧，在今天的思維術、語言哲學和詮釋學上都有極高價值。