以1958年9月為界分割，在此之前主要是水俁市的漁協與工廠方進行交涉。但當水俁工廠改變排水的管道，導致汙染蔓延到整個不知火海區域以後，不只是水俁市漁協，熊本縣其他漁村的村漁協，甚至熊本縣的縣漁協都被動員了起來與工廠方進行交涉。但也正是如此才使得熊本縣政府不得不出面調停，最終使得事件初步得到解決。
1957年1月17日，水俁市漁協向水俁工廠發去了第一份言辭客氣的要求書，提出了停止汙水的直接排放和設置淨化裝置證明排放的水無害兩個要求。1漁協的要求遭到了工廠方的無視，2月20日第二份要求書又送到了工廠方，儘管在語氣上已經有了不悅，但還是表達了希望工廠方表現出對話的誠意的要求。兩天後，仍未收到結果的漁協向縣知事櫻井三郎呈遞了陳情書。但陳情書的內容卻停留在漁民的困苦上，而對縣政府的訴求也只是消除水俁市民的不安和支持漁民的產業。終於在3天後的2月25日，工廠長西田榮一給出了第一封答覆書，簡單回答會就漁獲量減少的狀況進行調查研宄，但是工廠區去年開始對酸性的物質進行中和處理，對沉澱池和排水溝也進行了清掃，因此與工廠方應該是沒有關係的，但還是會進行調查。
由於在之前新日本窒素公司就與漁協方就工廠排放的廢水可能造成的漁業減產做出了賠償，因此工廠方對漁協的要求冷淡回應是可以預見的。而在水俁病擴大到這個不知火舞海沿岸之前，工廠方與漁協方的溝通一直是不緊不慢地進行，而漁協的重點則是和水俁市與熊本縣的漁業部門，就對漁民的補助和漁業產業轉換坐著討價還價的交涉。其他的漁協也作為受害方與水俁工廠進行交涉，雙方的交鋒才激烈了起來。
隨著1959年7月熊大研究班有機水銀說的發表，交鋒被推向了高潮。8月6日，水俁漁協漁商協會，糾集了400餘人來到工廠，向工廠發提交了新的要求書，要求工廠方賠償1億日元作為對其責任的追究，在這一過程雙方發生了肢體的衝突。在這樣的情境下，工廠方當然不會接受這樣的條件。但儘管不承認自己負有責任，工廠方宣稱適度地增加賠償額度還是可以考慮的。工廠方的態度不僅僅被自己所貫徹，也是政府方所奉行的，因為在這一時期無論是政府還是窒素公司，乃至水俁當地人都將這一事件視為可以用賠償來擺平的事件。而且賠錢作為最直接，最能為人接受的手段，也會使得原本是一個整體的鬥爭集團很快就出現裂痕乃至分裂，加快事件的解決速度。於是水俁市政府加入到雙方的斡旋當中，希望可以儘快通過經濟上的補償平息這一事件。
水俁市政府這樣的舉動給了漁民們一種錯覺，常規的陳情無法獲得政府快速的反應，只會將所有事情都陷到開會、討論的泥潭裡，而遊行、抗議這樣更為激烈的手段反而能引起足夠的重視。於是10月份熊本縣漁聯召開了漁民大會，提出了停止排放、處理汙染物、賠償、政府發表原因、工廠方承擔責任等要求。要求再次被工廠方無視後，11月憤怒的漁民闖入了水俁工廠，雙方發生了激烈的衝突，市政府不得不出動警察來維持秩序。被情緒煽動的漁民與警察也起了衝突，最後造成了百人負傷的暴動事件。但這樣的行為非但沒有獲得社會的同情，在水俁當地反而結成了保護工廠的聯盟，使得漁民和受害者的索賠更加的艱難。
最終在雙方都被折磨得筋疲力盡的情況下，縣知事寺本廣作介入斡旋，終於在1959年12月30日達成了初步的賠償協定。但是無論是工廠方還是縣政府都表示這是在原因不明階段所做出的主張，並不代表工廠方擔負起所有的責任。因此在1959年底，水俁病並不能說結束，只能算是暫時平息了眼前的風波。