公元1868年，日本明治維新成功，這可以說是整個19世紀世界上最成功的改革之一，日本從一個落後的、分封的封建國家一躍成為新晉資本主義列強，這個過程相當順利，在幾年之內，明治政府掃清了幕府殘餘勢力和地方武士勢力，徹底形成了大一統的近代民族國家。
這次維新如此乾淨利落，當然不可能僅僅是一些維新志士的功勞，所謂英雄造時勢，時勢造英雄，任何一次大規模社會革命都不可能脫離社會背景，如果沒有整個大環境，社會還沒有準備好，僅靠部分志士強行推動，那最終只能成為悲劇，這裡最為典型的就是1898年中國的戊戌變法！
戊戌變法屬於典型的失敗型改革
那日本做了哪些準備呢？從經濟上來說，明治維新前夕日本的資本主義早就發展到了一定程度；而從對外交流來說，幕府雖然仍然實行鎖國國策，但一直和荷蘭有一定交流，所以對外也有一定了解；那麼，從思想上，日本社會做了哪些準備呢？
正所謂，經濟基礎決定上層建築，剛剛所說的資本主義發展、對外交流是延續了幾乎整個江戶時代的，那麼在這個基礎上，江戶時代是否醞釀出了新的思想呢？有的，這便是著名的「水戶學」。
水戶藩，位於常陸國（今茨城縣中部及北部），藩廳是水戶城，靠近江戶幕府核心。
所謂的「水戶學」，指的是一種在日本水戶藩（現茨城縣北部）形成的學問，公元1657年（明歷３年），第二代水戶藩主德川光圀在彰考館（史局）自身開始編修《大日本史》，而德川光圀本人和一個中國人有很深的交流，這就是朱舜水，所以這部史書有著濃厚的大義名分論的尊皇思想。
朱之瑜，字魯璵，號舜水，明朝浙江餘姚人，思想家，文學家，史學家。舜水是他在日本取得號，「舜水者，敝邑之水名也」，即餘姚江古稱，以示不忘故國故土之情。他力圖反清復明，在清初曾參加抗清活動，也曾助鄭成功北伐；南明滅亡後，他不願降清，遂東渡日本。於日本和水戶藩藩主德川光圀（水戶黃門）接觸，其遺臣性格與儒家思想，讓德川光圀深感未有異族統治且天皇萬世一系的「小中華日本」方是中華思想的正統繼承者，遂奮發編纂《大日本史》以揚正統，導致尊王攘夷思想之催生。
在此基礎上，「水戶學」不斷發展，第九代水戶藩主德川齊昭，、設立弘道館作為藩校，大幅度擴展水戶學的內容，自此之後，水戶學以「文武兩道」為宗旨；作為學問，除了儒學，國學等等的思想外，也學習天文學，醫學等等的自然科學，成為綜合的學科。
在水戶藩出現這麼一種思潮，乍一看並不是一種很正常的現象，因為水戶藩屬於德川幕府的親藩（屬於德川宗派一族的藩），尾張德川家、紀州德川家，以及水戶德川家當時被稱為「御三家」，因為其初代藩主都是德川家康的兒子，所以即使在親藩中都有著破格的待遇。
也就是說，水戶德川家這是德川幕府親信中的親信，和幕府將軍的關係應該是格外好才對，但這個水戶德川家對於早已被虛化的天皇以及朝廷卻很為尊敬。
這是為什麼呢？其實「水戶學」的出現既有著深刻的時代背景，又有著諸多因素刺激，水戶藩之所以要編史，實際上是一種責任感：其希望德川幕府能長治久安，畢竟自己也是德川家嘛，當然，也需要穩固水戶家在整個體制中的獨立地位，所以在意識形態上，都有一種責任感。
「水戶藩」屬於親藩
而在編史的過程中，水戶藩又深受明朝遺民朱舜水的影響，朱舜水是著名的儒士，而儒家思想在日本也早有一定市場（當然，日本的儒學相對於中國也有些改變，比如「忠君」思想自然很長時間不被強調，因為日本是將軍管事兒啊），明末的時候，中國的思想界已經出現萌芽，像朱舜水這些先進的思想家呢？對於極端的君主專制就有了些懷疑和否認。
但這一時期，日本在意識形態方面是相當混亂的，12世紀開始，日本出現武士政權，之後不斷蠶食皇室權力，所以傳統的君主專制思想早就禮崩樂壞，結果各路諸侯一直爭鬥，有時候佛教勢力也來加一把手，家臣弒主、親子相殺、下克上、一向一揆（佛教暴動）等各種爛事層出不窮，偶爾還有天皇成功奪權（後醍醐天皇），整個日本大亂，一直到17世紀初期，德川幕府建立江戶幕府，成為日本權威開始，才勉強穩定。
從實力上來說，當時的幕府基本能穩固確定日本權威的地位；而從政治體系上來說，幕府也建立了相對穩定的體制，穩定的環境，自然需要穩定的意識形態，尤其是如何確定與已經「徹底虛君化」的皇室的關係，成為幕府急切需要解決的問題，在這個背景下，當時幕府已經開始著手創建意識形態的一系列的準備工作。幕府官方也開始編史，當然，幕府的大方針是：伸張幕府執政合法性。編纂者林羅山之子林鵞峰公開告訴編纂者：幕府誕生後， 國家政權掌握在幕府手中，而不再是朝廷，此外，還明確把幕府將軍定位為全國人民必須尊崇者。此外，幕府還把將軍也「神化」，比如著名的東照宮，就是神化德川家康的。
但水戶地方的學問有些不一樣，相對於幕府官方尊敬的是將軍，水戶官方把天皇的地位拔高很明顯，這似乎有些不一樣，水戶藩是想幹什麼呢？
首先「水戶藩」總體目的，仍然是為幕府的統治正名，因為當時日本已經亂了很多年了，「下克上」等事件盛行，所以水戶藩希望藉助儒家的君臣正統等級理念，重塑意識形態，而「水戶藩」所謂的「尊皇」，實際上「尊虛皇」，「水戶學」把日本皇室神格化，「神」是「神聖」的，同時也是不管具體事務的，而「幕府將軍」來自於「神的後裔，即日本天皇」的授權，由於「神裔天皇」絕對合法，所以德川幕府的合法性是非常穩固的。
但是，水戶藩需要保護自己的相對獨立性，搬出京都皇室，構造一種與德川幕府有一定差別的國家社會秩序理論，這樣水戶藩的合法性來源就有二個了：第一，是源於德川「御三家」的身份，輔佐將軍管理全國；而另一方面，德川將軍的合法性來自於「神裔天皇」，整個日本的幕藩體制也是「天神」定的，所以德川將軍也必須尊重各藩的獨立性。所以「水戶學」一方面「尊皇」，另一方面也「敬幕」。
所以，水戶藩所構造的，實際上是一種虛君共主的封建體制，這是一種異於君主專制的制度，而有點像中國的先秦制度，對君主專制有一定反思的朱舜水等中國江南知識分子，對此非常讚賞。
此外，「水戶學」的出現還有一個背景，即日本主體民族主義的覺醒。
日本是島國，地緣環境極為封閉，雖然受中華影響頗深，但是卻也相對疏離，日本從不向朝鮮、越南一樣正式成為中國的藩屬國，而有著強烈的主體意識，尤其是擊敗了蒙古人的侵略後，日本保守民族主義盛行；而中國17世紀中期明清變革使得東亞地區傳統文明向心力一時呈現真空，傳統的華夷觀受到極大衝擊，日本主體意識又興起，甚至開始有自身「是華非夷」，「中華正統」的意識，所以「水戶學」就鼓吹日本是「神國」，日本天皇是「萬世一系」，這種思想甚至影響至今。
「水戶學」的出現有著深刻的歷史背景，一方面到了17世紀的江戶時代，封建生產力得到極大發展，日本全國形成了相對統一的市場，加之地緣偏離，所以日本出現了相對統一的民族認同；另一方面，日本封建分封制度成熟，也迫切需要一套成熟的意識形態理論，但日本的封建分封制和中國的君主專制有極大區別，所以日本的這套「水戶學」理論，同中國明清之後的極端君主專制理論有本質區別。
幕末由於西方勢力侵略日本，「尊王攘夷」的思潮再度興起
「水戶學」的本質並沒有太大的進步性，仍然只是一套保守的封建皇國史觀，然而戲劇性的是，幕末日本受到巨大衝擊的時候，「水戶學」又成了志士們的指導思想，「日本民族主義」成為了抵抗外來侵略的堅定思想（攘夷）；而對於腐敗幕府的不滿又轉移到了對皇室的尊崇上（尊王），而明治維新後，這套思想又被軍國主義分子利用，形成了極端民族主義與極端宗教主義（國家神道），這恐怕是誰都沒能預料的。