激怒太虛
1946年，國內佛教界圍繞僧裝改革問題展開大辯論。慈航遠在南洋，誤以為是太虛大師主張把傳統僧服改成近似俗服，於是撰文竭力反對，措辭激憤粗魯。
太虛大師對慈航的誤會與憤激，真是啼笑皆非，於是寫了兩封信給慈航，擺事實講道理，並指出：「你的耿直是可取的，但未將事理辨清，魯莽言動是可恥的！」
慈航承認錯誤，當即將來信及自己的相關文字，全部登在《中國佛學》上，並宣布以後改名「可恥」。果然而後很長一段時間，慈航寫文署名都用「可恥」，他的名片也印成「可恥」。
捨命救僧
1948年10月，慈航應臺灣中壢圓光寺住持之邀，赴臺創辦該寺的臺灣佛學院。
1949年春夏，國民黨當局節節敗退臺灣，隨之頒發「戒嚴令」。這期間，有數十名大陸各佛學院學僧，風聞慈航在臺辦學，也在動蕩與迷失中渡海去臺。為了救助四處流浪的大陸學僧，慈航不避兇險，挺身而出，奔走救援，傾盡全力設法收容安置。而後，他被國民黨當局以「涉嫌匪諜案罪」逮捕入獄，大陸學僧也大多被捕。
慈航出獄後，常有大陸青年僧悄悄前來探望。臺北警局發現後，三次出警緝捕未遂。後來在靜修院住持苦苦勸說下，慈航終於躲進深山，過著野人穴居般的生活。
熱情奔放
慈航性格爽朗，充滿朝氣，和學生的關係十分融洽。他上課的方式也與眾不同：先唱佛歌，次誦三經，然後講課。所唱佛歌都是他創作的，由他起調，學生們齊聲合唱。
慈航講課時神採飛揚，詼諧有趣。每當講到興起，邊講邊唱，又演又做，學生們聽得津津有味，如醉如痴。有一次，他搖頭晃腦地吟誦王之渙的《登鸛雀樓》，在唱至「白日依山盡，黃河入海流，欲窮千裡目」時，為了凸現「更上一層樓」，竟然一腳踏上法座，不慎踩到袈裟下擺，噼噝一聲撕破了。他笑哈哈地說：「衣裳破了不在乎，大家能『更上一層樓』就好！」