本節討論了奇恆之腑、五臟、六腑的生理功能特點。奇恆之腑的名稱主要由其結構功能所決定的。在性能上，它們屬陰像地，主藏蓄陰精，與五臟性能相似，但髒與腑之間有表裡配偶關係，而它們卻沒有。
因此，既與一般的髒與腑有相似之處，又異於一般臟腑，故稱「奇恆之腑」。
五臟的功能主藏精氣，故精氣宜充滿。同時，精氣又要保持運行流暢，不能壅實不行，才能灌注營養全身器官組織，故其功能特點是「滿而不能實」。所以，五臟病理不外乎精氣不滿和髒氣壅實兩端。臨床上髒病多虛，虛則補之，但不可純補、峻補、壅補，應該補中寓通，靜中寓動。如補脾當配和胃消導之品，養心宜佐以和血活血之品，補肺應伍以宣肅之品等；髒亦有實證，主要為精氣壅實不行所致，如肝氣鬱結、肺氣壅滯、心血瘀阻等，治療當以疏通為大法，寓補於通。
六腑主傳化物而不藏，傳化物包括水谷及其糟粕，還有五臟代謝後的濁氣。為保持傳瀉的通暢，六腑應處於一種「虛實」的狀態，如「胃實而腸虛」、「腸實而胃虛」。這種「實」是暫時的，水谷和糟粕在六腑中不可久留，消化道不能同時充滿，需要按時排空，故其功能特點概括為「實而不能滿」。因此臨床上六腑以滿而不通為其主要病理特徵，多見食積、便秘、癃閉、黃疸、水腫等實證病變，故凡治六腑病以通降去實為大法，所以後世有六腑「以通為用」、「以降為順」的說法。
「魄門亦為五臟使」的理論對臨床意義頗有指導意義。由於魄門與五臟有密切的關係，所以臨床無論外感、內傷病變，下查魄門是不可忽略的方面。首先，對於疾病預後的判斷，查魄門可知其吉兇。如昏厥證，二便失禁者，為髒氣衰敗之象，預後多不良，治當急固其氣；而大便秘結不通者，多為實證，治需急通其便，以洩其邪。其二，在疾病治療中，魄門病變，調理五臟；五臟病變，通調魄門。如魄門輸瀉失常所致的洩瀉證，治有溫中健脾的附子理中湯，溫補腎陽的腎氣丸，疏肝解鬱的逍遙散、痛瀉藥方等。便秘證治有針對腎陽虛的濟川煎、半硫丸，治療肝氣鬱滯的五磨飲子，治療熱傳大腸的麻杏甘石湯等。五臟病變，通調魄門，如心經火盛，導熱下行，方用導赤散；肝膽火盛方用龍膽瀉肝湯；邪熱壅肺方用涼膈散、防風通聖散；胃腸熱結方用大承氣湯等。
其三，在治療原則的確立上，臟腑病變引起的洩瀉、便秘，當求其本，調理五臟，但因二便失調直接影響臟腑功能者，則應急先調治魄門，先治其標，正如《素問標本病傳論》所說：「小大不利治其標，小大利者治其本。」