在中醫典籍《黃帝內經》中，清濁是經常被使用的詞語，幾乎與寒熱、氣血、陰陽一樣屬於基本概念，是含義十分豐富的「元概念」。但過去並未引起人們足夠的重視——在《內經》中，清濁用來表示不同的生理現象，書中也常以此形象地闡述各種病因和病機。
《內經》說「濁氣出於胃」，又說「濁氣歸心」，認為十二經脈有清濁不同的屬性，是因為其中的血之清濁不一樣。生理狀態下，清者為營，濁者為衛。
《內經》作者認為，血液的清濁是可以通過實驗檢驗的，並不是理論推測。《靈樞·經水》說：「八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而視之。」人體五藏的堅脆，六腑的大小，儲存多少水谷，以及「脈之長短，血之清濁，氣之多少」，甚至十二經之中，各條經脈血與氣的比例，孰多孰少，「皆有大數」，都可通過一定手段檢測獲得。文中提到的「血之清濁」，是《內經》作者經常使用的學術語言。
《素問·五臟別論》說六腑「受五藏濁氣，名曰傳化之府」。六腑裡的「水谷濁物」就像泥沙俱下的江河一樣渾濁不清，與五臟儲存精微物質明顯不同。
《素問·陰陽應象大論》認為「寒氣生濁，熱氣生清」。清氣在下，不能上升，就會出現洩瀉;濁氣在上，不能下降，就會出現脹滿。這是因為「陽升陰降」受阻而出現的病證。因為正常的情況下，「清陽為天，濁陰為地」，人體與之相應，也應該「清陽出上竅，濁陰出下竅;清陽發腠理，濁陰走五臟;清陽實四肢，濁陰歸六腑」。這裡把清濁與陰陽相聯繫，說明生理代謝時「升降出入」的原理。
《靈樞·陰陽清濁》論述氣的清濁，說「濁而清者，上出於咽，清而濁者，則下行。清濁相干，命曰亂氣。」其中「濁而清」與「清而濁」，指的是清與濁之間的轉化，與陰陽之間的轉化一樣，清濁也可以互化，「濁中有清，清中有濁」，二者是變動不居的。
《素問·陰陽應象大論》多處說「清陽」、「濁陰」，而《靈樞·陰陽清濁》卻說「陰清而陽濁」，二者似乎矛盾，其實不然。前者的清濁，是根據精微物質的稀稠、升降而定的，所以說「清陽濁陰」;後者是按照精微物質的運動狀態劃分的，「陰靜陽躁」，因此說「陰清而陽濁」。運用的標準不一樣，形成的概念也不同。
清濁的本意從水的清澈程度而來，由清淡、清淨的基本含義，引申出清冷、清虛、清靜、清貧等含義，由渾濁也可引申出渾厚、濁流滾滾，象徵著力量無窮。
《靈樞·百病始生》：「夫百病之始生也，皆於風雨寒暑，清溼喜怒，喜怒不節則傷髒，風雨則傷上，清溼則傷下。三部之氣所傷異類。」文中的「清溼」，就是指寒冷潮溼。
《素問·至真要大論》：「諸轉反戾，水液渾濁，皆屬於熱;諸病水液，澄徹清冷，皆屬於寒。」這段「病機十九條」中，關於清稀的體液屬寒性，濁稠的體液屬於熱性的論述，一直指導著中醫臨床辨證。
《素問·氣厥論》：「鼻淵者，濁涕不下止也。」此處的「濁涕」，代表熱性鼻涕。
《內經》說青脈主「腰痛，足清，頭痛。」足清就是腳涼。真心痛、厥氣病，都有「手足清」的證候，指的都是手腳涼。腎虛時出現清厥，也是寒涼之意。血枯的病人「出清液，先唾血，四支清，目眩，時時前後血」。出清液，就是吐清水;四肢清，則是四肢涼。
清濁是人體內液體的一個屬性，在病理狀態下就可以表示病機逆亂的原因。《靈樞·五亂》說人在患病的時候，只要「清濁不相干，如是則順之而治。」清升而濁降，各順其道，這樣的病證就容易治療。如果出現清氣在陰(下)，濁氣在陽(上)，「清濁相干，亂於胸中」，病人就會出現嚴重的胸悶。由於「清濁相干」的病證，可以發生於許多部位，如心、肺、胃腸、四肢和頭顱，因此由「清濁相干」產生的病證是廣泛存在的。
《素問·風論》說：「癘者，有榮氣熱胕，其氣不清，故使其鼻柱壞而色敗，皮膚瘍潰。」文中把「氣不清」當做麻風病的重要原因。《內經》認為，清氣停留在下部，就會出現腹瀉;濁氣停留在上部，不能下降，就會出現脹滿的病證。
人在患病的時候，「胃氣不清」，就不能輸送精微物質。「濁溜於腸胃」時，就會病生於腸胃，也叫「濁氣在中」。
《內經》認為，針刺治療一定要注意氣血清濁的體質差異，也要分清因病而致的病理性清濁。《靈樞·陰陽清濁》說：「清者其氣滑，濁者其氣澀，此氣之常也。故刺陰者，深而留之;刺陽者，淺而疾之;清濁相干者，以數調之也。」
《靈樞·九針十二原》提出「濁氣在中，清氣在下」的時候，「針陷脈則邪氣出，針中脈則濁氣出，針太深則邪氣反沉、病益。」所以必須掌握好針刺的尺度。
平素體壯的人，患病後容易已出現「重則氣澀血濁，刺此者，深而留之，多益其數;勁則氣滑血清，刺此者，淺而疾之。」為什麼會形成這種情況呢?岐伯解釋說：「血清氣濁，疾瀉之則氣竭焉」;「血濁氣澀，疾瀉之則經可通也。」說明氣血清濁不同，針刺的補瀉手法也不相同。
針刺治療時，有的病人「血少黑而濁」，有的「血出清而半為汁」。需要醫生認真觀察，才能治療無誤。有瘀滯的患者，應該「兩瀉其血脈，濁氣乃避。」其中的「濁氣」，就是「滯氣」。
《靈樞·經筋》說：「傷於熱則縱挺不收，治在行水清陰氣」，清陰氣，就是清陰部的熱氣。後世把「清法」列為八法之一，清肺止咳、清頭明目、清肝瀉火、清心安神、清熱解毒、清熱利溼等等，臨床運用很常見。
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