核磁共振（MRI）的顯影原理如下所述。
核磁共振機使用較強大的外加磁場，使人體中所有水分子磁場的磁力線方向一致，隨磁共振機的外加磁場突然消失，身體中水分子的磁力線方向，突然恢復到原來隨意排列狀態的過程釋放能量信號。一般需反覆多次施加磁場又突然消失，核磁共振機器會得到充分的數據並運算後成像。軟組織的分辨優於CT成像。
簡單說就相當於用手搖一搖，讓水分子振動起來，再平靜下來，感受一下裡面的振動並記錄下來。所以，核磁共振(MRI)也被戲說為是搖搖看的檢查。
就診時，醫生常會開各種各樣的影像學檢查單：超聲、CT、磁共振……不少患者會有疑惑。其實，醫生是依據不同病情選不同影像檢查的。
一、外傷後是否有骨折——首先X光片、細看CT或磁共振。
各種外傷，如果懷疑傷到了骨頭，優先選擇X光照片，檢查結果快速易得。若要進一步觀察，可以選擇CT。磁共振對於骨皮髓質顯示不如X光、CT檢查，但對於X光及CT發現不了的一些隱匿性的骨折，磁共振可以清晰顯示，對肌腱、股骨頸、軟骨等結構，能夠明確是否損傷，此外，磁共振也可以辨別新舊傷，指導臨床治療。
二、頸椎腰椎——最佳選磁共振、次選CT
頸椎病、腰椎間盤突出等椎間盤疾病需要觀察椎間盤與相應的神經根，要想更好觀察這些軟組織，最優選擇就是磁共振。同樣，對於關節、軟組織檢查，磁共振也是首選。
三、胸部——粗看X光片，細看CT，看肺不要選磁共振
X光胸片可粗略檢查心臟、主動脈、肺、胸膜、肋骨等，可以檢查有無肺紋理增多、肺部鈣化點、主動脈結鈣化等。
胸部CT檢查顯示出的結構更清晰，對胸部病變檢出敏感性和顯示病變的準確性均優於常規X光胸片，特別是對於早期肺癌確診有決定性意義。由於肺內空氣幹擾，磁共振在肺部應用限制，但對縱膈及心臟病變有前景。
四、腹部盆腔——一般超聲都能查（除腸道外）CT、磁共振更精細
超聲受腸胃道氣體幹擾很大，對於腸胃道等含氣較多的器官，超聲診斷準確率會降低。但超聲對肝臟、脾臟、胰腺、腎臟、盆腔臟器等診斷準確率較高。
CT、磁共振對病變的顯示更加清晰、準確，所以超聲篩選後，進一步檢查可以選CT、磁共振的增強掃描。
五、心臟——排除冠心病用CT，看心功能用超聲
常規的心臟結構與功能檢查，心臟彩超所提供的信息已經較為充分，又簡單易行。
用CT可檢查冠狀動脈，可以精確診斷心臟冠狀動脈有無斑塊，狹窄程度，為進一步治療提供客觀依據。適合作為冠狀動脈病變的檢查及心臟支架、心臟搭橋術後的隨診複查。磁共振雖無電磁輻射，但對冠狀動脈的觀察不及CT。但心臟磁共振則是評價心臟結構和功能的「金標準」。
六、乳腺——鉬靶平片為首選，進一步檢查選磁共振增強。
乳腺癌是女性最常見的惡性腫瘤之一，其發病率逐年上升，且發病率年齡段有下降的趨勢。
乳腺攝片是目前診斷乳腺疾病的首選和最簡便、最可靠的無創性檢測手段，痛苦相對較小，簡便易行，且解析度高，重複性好，留取的圖像可供前後對比，不受年齡、體形的限制，目前已作為常規的檢查。磁共振增強掃描對乳腺腫塊的定性及早期腫瘤的監測有很大的幫助。
關於X線的劑量：
由於近幾年CT再低劑量方面的應用有了很大的發展，大部分檢查CT劑量有了很大的降幅，如心臟冠脈CT，目前新雙源CT的劑量只有早期的十五分之一左右。胸部體檢X光胸片的劑量僅相當於坐2小時飛機在高空輻射的接受的劑量。而部分高天然輻射背景地區（如廣東陽江）的基礎輻射劑量相當於每天拍攝一次胸片，所以，必要時的X線檢查接受的劑量是完全可控的，大可不必過於驚慌。