牡丹的歷史到底有多久遠，學界一直眾說不一。最近我在主持 《中國牡丹文化系列叢書》（10卷）的編纂中，積累查閱了大量文獻資料，以證牡丹五千年歷史並非虛妄之言。
牡丹是我國本土固有的野生植物，也是目前科學界公認的最原始的一類被子植物。但是牡丹初無名，依芍藥得名。牡丹與芍藥均為芍藥科芍藥屬，二者枝葉、花型、籽實相似，花期相近，宋時已經有人開始研究分辨牡丹與芍藥了。三代，是對中國歷史上的夏、商、周三個朝代的合稱，夏朝始於公元前2205年，距今4000多年，如果這裡的芍藥即牡丹的話，這4000多年也是牡丹的歷史。
有文字記載的芍藥最早見於《山海經》，其中有四處寫到「芍藥」。《山海經》的作者是伯益，為舜、禹之臣，曾為舜掌管火及山林鳥獸，後又幫助禹治水。若從這時算起，芍藥之名出現在公元前21世紀前，距今亦4000餘年。
詩經《鄭風·溱洧》：「維士與女，伊其相謔，贈之以芍藥。」若這裡的芍藥就是牡丹，這是牡丹第一次在文學作品中出現。《詩經》是我國第一部詩歌總集，匯集了從西周初年到春秋中葉約五百多年間的詩歌305首，經孔子編修而成，距今也已4000餘年。
秦漢時期問世的《神農本草經》，首次在藥用植物中提到了牡丹並用文字記載了下來。它將牡丹列入「中品」，謂牡丹「味辛寒，一名鹿韭，一名鼠姑，生山谷」。同時，芍藥也被記入其「中品」，謂「主邪氣腹痛，除血痺，破堅積寒熱，疝瘕，止痛，利小便，益氣。生川谷及丘陵。」神農即炎帝，距今5500餘年，若以此為據，牡丹的歷史則更長。
「牡丹」之名最早見於戰國時期的《黃帝內經·素問》：「清明次五日，田鼠化為鴽，牡丹華。」華，古通花。這句是說過了清明節，田鼠即躲入洞穴避暑，取而代之的是鴽鳥開始出來活動，牡丹也到了盛開之時。戰國始於公元前475年，牡丹一詞距今已有2500歲左右。
宋代歐陽修在《洛陽牡丹記》中說:「牡丹初不載文字，唯以藥載《本草》。」自《神農本草經》《黃帝內經》以藥記載以後，牡丹在各種文獻資料中則屢見不鮮。
《中國牡丹品種圖志》認為，中國牡丹的主要栽培中心，一直位於黃河中下遊地區，分布中心始終在山東菏澤、河南洛陽和北京。宋代虞汝明的《古琴疏》記載：「帝相元年，條谷貢桐芍藥。帝命羿植桐於雲和，命武羅伯植芍藥於後苑」。帝相，本名姒相，夏朝前中期君主。帝相元年即公元前2146年，如果條谷貢的確實是牡丹，牡丹有文字記載的歷史已有4000多年。這也是傳說時代的牡丹栽培的歷史起點。
據南宋王應麟《海山記》(簡稱《海記》)記載：「隋帝闢地周二百裡為西苑……詔天下境內所有鳥獸草木，驛至京師……易州（今河北易縣）進二十箱牡丹。」宋代傳奇小說《〈青瑣高議〉後集之五·隋煬帝海山記》亦有類似記載。隋煬帝605-617年在位，距今已有1400年歷史。儘管今人對此提出了一些質疑，但本人認為，此說並非空穴來風，應當是其來有自，可能是相關文獻還在發現之中。宋代餘仁中本《顧虎頭列女傳》畫中描繪了庭院栽植的牡丹，顧虎頭即東晉畫家顧愷之，這又把牡丹的栽培開始期向前提了100餘年。
那麼，菏澤的牡丹栽培始於何時呢？清代餘鵬年在《曹州牡丹譜》中說：「曹州之有牡丹，未審始於何時。」首次記載曹州牡丹的是明代薛鳳翔的《亳州牡丹史》：狀元紅「弘治間得之曹縣，又名曹縣狀元紅」，他還明確記載說八個品種來自曹州：狀元紅、金玉交輝、平實紅、梅州紅、花紅平頭、綺新妝、喬家西瓜瓤、太真晚妝。這是現在大家公認的菏澤牡丹的起始時間，弘治（1488-1505）距今500多年。但此前，菏澤是否有牡丹呢？傳說隋煬帝時，曹州就出了一個著名的牡丹栽培花師，叫齊魯恆，他在洛陽西苑嫁接「樓臺牡丹」成功。若如此，菏澤牡丹的歷史又提前了八九百年。
牡丹的存在、牡丹的栽培，肯定都在記入文獻之前，所以牡丹的歷史一定是更久遠的，說牡丹有五千年的歷史是有根有據的。 蕭若然