如果原DNA樣品的體積較小(< I5uL),可加0.5mo/L EDTA (pH8.0) 至終濃度為10mmoI/,再加0.2倍體積的6X鹼性凝膠上樣緩衝液。
由於在高pH溶液中,Mg"能形成不溶於水的MgOH)z沉澱包裹DNA,因此在將電泳樣品調為鹼性條件前,用EDTA絡合溶液中的Mg2是極為重要的。
5.按方案1所述,將溶於6X鹼性凝膠上樣緩衝液的DNA樣品加置加樣孔中。以小於3.5V/cm的電壓開始電泳,當溴甲酚綠遷移入膠0.5~1cm時,關閉電源。在凝膠上面放置一塊玻璃板,繼續電泳至染料遷移至凝膠長度的近2/3時,停止電泳。
6.根據實驗目的,按照下面介紹的程序之一處理凝膠:
i.凝膠染色,按照步驟7進行。
ii. Souther 雜交,按照步驟9進行。凝膠染色
7.將凝膠置於中和溶液中,室溫浸泡45min。
8.將中和過的凝膠用含0.5μg/mL溴化乙錠得1XTAE溶液或SYBR Gold染色液染色。Southern雜交
9.將凝膠放入中和溶液,室溫浸泡45min。按方案11所述將DNA轉移至不帶電荷的硝酸纖維素或尼龍膜上。或凝膠不經中和溶液沒泡處理,將DNA直接從鹼性瓊脂糖凝膠轉移至帶電荷的尼龍膜上(方案)。
l0. 通過相應的標記探針對膜上固相化的DNA進行雜交檢測(方案13)。如需進行放射自顯影,參照附加方案中「鹼性瓊脂糖凝膠的放射自顯影」方法進行。