朱丹溪對雜病的辨證施治，突出表現在氣、血、痰、鬱四個方面。如王綸所說：「丹溪先生治病，不外乎氣，血，痰，故用藥之要有三，氣用四君子湯；血用四物湯；痰用二陳湯；久病屬鬱，立治鬱之方，曰越鞠丸。蓋氣、血、痰三病，多有兼鬱者，或鬱久而生病，或病久而生鬱，或誤藥雜亂而成鬱，故餘每用此方治病，時以鬱法參之。氣病兼鬱，則用四君子加開鬱藥，血病、痰病皆然。故四法者，治病用藥之大要也。」
丹溪診治雜病中，以對痰、鬱二證的辨治最有特色，對後世的影響甚大，簡述如下：
1.痰證——震亨謂：「凡治痰，用利藥過多，致脾氣下虛，則痰反易生多。」說明治痰過用滲利之藥，影響脾的運化，反易生痰。只有在維護脾氣功能的基礎上治痰才是正治。進而提出二陳湯實脾燥溼，可治一身之痰，但由於痰的性質和所在部位的不同，因此還當變通以治之。如「熱者清之，食積者攻之，兼氣虛者補之。」「痰在腸間者可下而愈，膈上之痰必吐之」等等。除此之外，他還根據臨證體會，總結了具體的用藥方法，據《金匱鉤玄》所載，將二陳湯加減列表如下：
上述用藥中，可以看出朱丹溪對竹瀝的使用更有體會，其謂曰：「痰在膈間使人癲狂、健忘，宜用竹瀝；風痰宜用竹瀝，又能養血；痰在四肢非竹瀝不開。」「竹瀝化滑痰，非薑汁不能行經絡也。」對鬱痰以白僵蠶、杏仁、瓜蔞、訶子、貝母治之。痰核結在咽喉，則用杏仁、海石、桂枝、連翹、瓜萎仁、少佐樸硝以薑汁蜜調丸噙化治療。另外，他認為許多疾病是由痰所致，即所謂「痰生百病」，因此在治療上往往參以治痰之法。說明痰的含義是十分廣泛的，從而為雜病的治療開拓了新的途徑。
2.鬱證——朱氏說：「氣血衝和，萬病不生，一有怫鬱，諸病生焉。故人身諸病，多生於鬱。」指出情志波動，失其常度，也會引起氣機鬱滯，鬱久則由氣及血，衍生多種疾病。他進一步將鬱證分為氣鬱、血鬱、溼鬱、痰鬱、熱鬱、食鬱等六種證型。他把「凡鬱皆在中焦」作為辨證治療的依據，因中焦為脾胃所屬，脾胃又是氣機升降出入的樞紐。凡六淫、七情、勞役過度均能影響氣機的升降，造成中氣鬱滯。亦有因飲食失節，停痰積飲亦致脾胃失職而成鬱者。
既然鬱多在中焦，用藥大法，在於升降兼施。認為蒼朮為陽明經藥，氣味辛烈，強胃健脾，發谷之氣，能逕入諸藥，疏洩陽明之溼，通行斂澀；香附乃陰中快氣之藥，下之最速。一升一降，故鬱散而平。震亨立越鞠丸通治六鬱，義即如是，方用蒼朮、香附、川芎、神曲、梔子諸藥。又根據六鬱性質的不同，而酌加相應的藥物，以為變通。現將越鞠丸加成法列表如下：
丹溪對六鬱的論述雖然過於簡略，但對六鬱的治療，考慮得還是較為周全的，若無豐富的實際經驗是很難做到這點的。
綜上所述，朱震亨對痰證、鬱證的辨治確有獨到之處，大大豐富了雜病的治法。故後世有「雜病宗丹溪」之說。然而朱氏對雜病的治疔也不是十分完善的，正因如此，明代醫家戴思恭、王綸完全繼承並發展了他的學說，使氣、血、痰、鬱的辨治日臻完善並自成體系。正如任應秋教授所說：「傳震亨雜病之學，王、戴二氏，可嘆觀止。」
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