但很快發現還有其他的天賦，他從學生時代起就對種族純潔產生了濃厚的興趣，使她順利進入了柏林納粹種族和移民辦公室。門格勒和一群致力於此的黨衛軍醫生一起為建立純粹的雅利安民族日以繼夜的工作。1943年5月他得到了一份工作，正是這份工作讓他從此飛黃騰達，他被任命為黨衛軍駐奧斯維辛集中營的醫生。
門格勒在奧斯維辛集中營度過了21個月，曾多次笑裡藏刀地迎接這些猶太囚犯。照片右邊的這個人就是他，每次猶太人到來後都是由他來判定哪些囚犯足夠健康，可以去右邊到勞工營裡悲慘的活下去，哪些不夠健康，應該去左邊等待某一天被送進毒氣室。一個奧斯維辛集中營的倖存者寫下了他印象中的門格勒，在我們面前相貌英俊，但內心極其陰毒的惡魔決定著我們的生死。他站在那像個迷人的舞蹈大師一樣，在導演著波蘭舞曲，看得出來惡魔非常沉迷於自己的工作，左邊還是右邊，右邊還是左邊，他的手臂隨意地舞動著，但是活下來的人可不僅僅是充當苦力，他們將成為門格勒做醫學研究的試驗品。
在門格勒的黨衛軍檔案中，他是一個遺傳與優生學專家阿姨，門格勒與希特勒一樣崇尚種族的純潔性，他的夢想就是以希特勒的青年團為範本，把雅利安人的金髮藍眼複製出來，然後通過技術開發，把優良基因大規模的播散到整個民族中去。在奧斯維辛集中營，門格勒對同卵雙胞胎產生了濃厚興趣，雙胞胎有著相同的基因，他總是在其中一個人身上做實驗，然後在同另一個做比較，結果非常直觀。因此集中營開始大量收納同卵雙胞胎，伊瓦克爾也是其中之一，這是集中營解放前一天的畫面。
一個女孩被注射了幾針毒劑之後見到了門格勒，我們被帶到了門格勒面前，他看見我後便挖苦地笑著說，太糟糕了，他還這麼小，就剩兩個星期的生命了。門格勒總共殺害了3000對雙胞胎，藥物被直接注射進了他們的眼球。門格勒這麼做的目的是想把劣等民族的褐色眼睛變成雅利安人的藍眼睛。這位死亡天使的實驗對象不僅僅局限於雙胞胎，所有的孩子都被當作試驗品，他們的母親也不例外。門格勒對婦女們實施了絕育手術，他想要研製出一種快捷的方法，使所有非雅利安民族絕育，有些孩子說門格勒對他們非常和善，還給過他們餅乾和巧克力，可這些我從來沒有見過，我倒是知道他掌握著我們的生命，如果他要我們死，我們肯定活不了伊娃的父母和祖父母都死在奧斯維辛集中營，沒有任何懸念，他和他的姐姐很快也會被送進毒氣室，可就在這時轉機出現了。