NO 1：絨毛藻
好發位置：水草的老葉及缸壁上
危害程度：較大
形態特徵：絨毛藻是鞘藻屬的絲狀綠藻，經常附著於水草的葉片或莖節上，但也有可能自由漂浮，絨毛藻的長度一般在5-8毫米左右。
誘因：水草缺少必須的元素造成葉子營養不良發育遲緩，可能是造成絨毛藻附著成長的原因，另外水體富營養化，氨氮含量過高也是重要誘因。
防治：提供水草豐富的營養，能有效預防絨毛藻的發生，尤其是 CO2。大和沼蝦清理絨毛藻的功效卓著，是最受歡迎的藻類清理生物，此外黑殼蝦、黑線飛狐、小精靈、大鬍子異形、黑瑪麗魚對於絨毛藻的清理也很有幫助。戊二醛也有效。
治療劑量：每天每200升水加5毫升2%濃度的戊二醛。治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛。
NO 2：發藻
好發位置：底床及水草上
危害程度：中等
形態特徵：發藻其實就是水綿屬（spirogyra）的植物，常常附著於成長慢速的水草、底床或沉木上，發藻多呈現灰綠色，摸起來滑滑黏黏的感覺，其長度通常不超過4釐米。
誘因：照明強度過高或時間過長，水中營養元素過剩均是其暴發的重要原因。
防治：光靠控制營養無法有效抑制發藻的成長。預防的措施比較重要，任何新加入水族缸的水草或魚蝦，都要先做好消毒防範的工作，例如使用高錳酸鉀溶液或稀釋的雙氧水或者漂白水來消毒。一旦看見發藻的蹤跡，就必須立即採取行動，手動清理的方式包括使用筷子或牙刷將發藻卷除，不要指望發藻會自動消失。一眉道人對於清理髮藻的功效，很受到肯定，由於體型較大的關係，對於清除發藻的功效很是驚人。黑殼蝦與大和沼蝦效果也不錯。戊二醛也有效。
治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛。
NO 3：綠水
危害程度：較大
形態特徵：綠水與水質混濁常常令人混淆不清，因為綠水早期未必會呈現綠色的水色，往往是白濁。
誘因：NH4濃度過高（多由於種草拔草或翻缸攪動底床所致）、強光、不穩定的CO2、硝酸鉀和磷酸濃度共同過高時，就容易誘發綠水。
防治：紫外線殺菌燈有特效。具體使用上，可以參考每1瓦紫外線燈處理10升水的標準（比如50升水的魚缸就用5瓦的紫外線燈，100升水可以用9瓦或10瓦的紫外線燈），連續用3-5天，每天晚上開6-10個小時，一般都能根除。加強過濾，勤換水也有一定效果。
NO 4：褐藻（矽藻、硅藻）
好發部位：水草葉面、底床及進出水管內壁
危害程度：中等
形態特徵：褐藻是草缸中最常見的藻類，多發生於設缸初期，外觀為片狀的灰褐色或黃褐色，多數比較容易擦掉，少數十分堅固。
誘因：光線過弱、水中矽酸鹽含量過高（多數是由於新鋪的沙粒底砂及巖石所致）、及NH4濃度過高（尤其在硝化系統尚未完整建立的新缸裡）。
防治：增強照明及過濾、加入小精靈及螺均有效。如果照明強度達到或超過每升水1瓦的標準，褐藻很難適應，很可能會逐漸減少或消失。濾桶的流量建議每小時將整缸水過濾5到10遍，流量低濾材少很難有效截留藻類及其孢子。通常在硝化系統建立完全後，褐藻往往會自動減少並最終消失。
NO 5：綠斑點藻
好發部位：缸壁及水草葉面、底床及受燈光長時間照射的設備上
危害程度：中等
形態特徵：綠斑點藻是直徑0.5毫米左右的綠色斑點狀藻類，偏愛較強的照明，通常附著於光線較強的水族缸玻璃面或者成長緩慢的水草上面。
誘因：硝酸鹽和磷酸鹽之間的不平衡，磷酸鹽缺乏是最大的誘因，另外光線過強，照明時間過長也是重要的誘因。
防治：生物防治可用小精靈、大鬍子異形、斑馬螺、彩蛋螺。手動清除可以用信用卡或刀片刮除。加磷酸二氫鉀有特效。
具體用法如下：
1、每天每2升水加1毫克磷酸二氫鉀，7天一療程，到第7天無論是否有效都必須大換水，以防肥害。
2、用藥期間每天都要擦乾淨缸壁，看第二天還有沒有綠斑點藻生長。
3、如果連續一周都沒有見到綠斑點藻再度爆發，說明目前應用的這個劑量合適，那麼就每天都添加這個劑量就行，無效的話加倍劑量再試7天，還無效的話可以再加倍。
NO 6：剛毛藻
好發部位：底床、沉木或叢生水草上
危害程度：中等
形態特徵：剛毛藻是絲狀、綠色的分支狀藻類，集結生長時看起來很象是個墨絲球。剛毛藻摸起來並不會有滑滑的感覺，而且感覺起來又硬又細。剛毛藻主要生長在直接受到光照的巖石或沉木上，在嚴重的情況下，也會長在水草上面。不過剛毛藻通常會集中在某個地點，很容易便能加以移除。
誘因：光照和二氧化碳之間的不平衡，光太強或二氧化碳缺乏是最大的誘因。
防治：如果沒有足夠的二氧化碳供應最好減弱照明。戊二醛有效，但需要較高濃度。
治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛，無效可適當加量。因為剛毛藻比較堅韌，所以手動摘除也比較方便有效。
NO 7：絲藻
好發部位：葉子邊緣及生長緩慢的叢生水草上
危害程度：中等
形態特徵：絲藻是黑孢藻屬的藻類，因為形態相似，非常容易與水棉屬的發藻相互混淆。絲藻通常長在葉片的邊緣，長度可達30釐米，多為細絲狀。絲藻與發藻也經常一起出現並糾纏在一起。絲藻比發藻堅韌一些，長度也要長得多。
誘因：水中NH4含量過高。
防治：大和沼蝦和一眉道人有效。戊二醛有效。
治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛。如果過多絲藻纏繞水草可先用牙刷捲走一部分，再放入大量黑殼蝦。
NO 8：藍藻（藍綠藻、藍綠菌）
好發部位：底床，尤其是底砂與玻璃的結合處
危害程度：非常大
形態特徵：藍藻在大量繁殖時，會形成藍綠色的薄膜，並且於很短的時間內便會覆蓋所有的東西。如果放任不處理的話，藍藻將佔據整個水族缸，並且會害死水草與魚類。
誘因：水體富營養化，氨氮含量過高，磷酸鹽過多或硝酸鹽不足等都是誘因。
防治：會吃藍藻的生物不多，笠螺是其中的佼佼者。笠螺甚至會順著玻璃面鑽入底泥刮食藍藻，雖然底床中的藍藻並不會直接危害水族缸。紅黴素有特效，雙氧水、遮光及加入硝酸鉀均有效。藍藻也可以用物理的方式來處理和移除，但如果水質沒有配合改善的話，很快的又會死灰復燃。藍藻屬於細菌所以可以使用抗生素來殺死，最常用的抗生素是紅黴素。紅黴素用來治療魚病時，建議劑量是連續五日以每 38 公升使用 200 mg 來投藥；但如果要殺死藍綠藻，建議只連續四日使用 2.5 ppm 的劑量即可。通常可以把紅黴素粉末直接撒在有藍藻的地方。
NO 9：綠塵藻
好發部位：缸壁上及石頭表面、細化器的陶瓷片表面
危害程度：中等
形態特徵：綠塵藻事實上是遊動孢子，通常發生於水族缸的玻璃表面上。綠塵藻形成一層灰塵狀的綠色黏膜，在嚴重的情況下會整個覆蓋住水族缸的玻璃。綠塵藻偏愛強光。將玻璃面的綠塵藻刮乾淨並無助於綠塵藻的再發。因為綠塵藻就在水裡面，況且能夠在水中漂浮 30-90 分鐘後，再度依附至玻璃面上。因為某種原因，這些遊動孢子避開了水草和沉木，總是挑選玻璃表面來附著。限制營養的作法無法擊退綠塵藻，況且只會讓水草處於營養缺乏的狀態，也會產生另外的問題，尤其是其他品種的藻類之暴發。
誘因：鈣鎂比例失調，鈣質太多；硝酸鹽磷酸鹽比失調，磷酸鹽太多，硝酸鹽太少。
防治：減光並加入硝酸鉀後等待三周，綠塵藻大多都會死亡。硝酸鉀參考用量是每天每升水加1毫克，無效可加倍。其實不必理會綠塵藻並且任其成長，在 10-20 天的日子裡都不必去刮玻璃，過了這段時期以後，綠塵藻開始形成一大塊厚度不一的薄膜，而且開始由水族缸的玻璃面上自己剝落。當整片綠塵藻開始自然剝離時，正是整片將綠塵藻移除的好機會。利用此一方法，綠塵藻便能受到很好的控制。
NO 10：鹿角藻
好發部位：水草葉面及沉木上
危害程度：中等
形態特徵：鹿角藻與黑毛藻同為紅藻，但是並不是同一個屬，鹿角藻是美芒藻屬的紅藻。而叫鹿角藻主要是因為在顯微鏡底下此藻類具有如雄鹿的鹿角一般的分枝狀。
草友辨認這兩種類型的藻類時，只要看到了分枝狀的就是鹿角藻，如果沒有分枝狀的就是黑毛藻。
誘因：水中氨氮偏高（養魚蝦過多或攪動底床所致）是暴鹿角藻的主要誘因，另外二氧化碳缺乏或水質偏硬也有可能誘發。
防治：戊二醛有特效，預防劑量：每天每200升水加5毫升2%濃度的戊二醛。治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛。
NO 11：黑毛藻
好發部位：水草葉子邊緣、底床的砂石上
危害程度：較大
形態特徵：黑毛藻屬於紅藻的一種，常常一簇一簇出現在水草葉子邊緣及葉尖上，每一簇均呈放射狀，無分叉，顏色為黑色或藍黑色。
誘因：缺乏二氧化碳或二氧化碳供應不穩定、底床水流太強、水體硬度過高均可能誘發。
防治：持續加入足量的二氧化碳或添加戊二醛有特效。
治療劑量：每天每40升水加5毫升2%濃度的戊二醛，近距離點射效果更好。黑線飛狐會吃剛長出來的黑毛藻，對預防其復發十分有效。但是已經長大的黑毛藻十分堅硬，一般魚蝦很少會去吃。
NO 12：墨漬藻
好發部位：生長緩慢的水草葉子上
危害程度：較大
形態特徵：墨漬藻多生長在榕類水草的老葉上，與短黑毛藻不同之處在於前者有一定厚度（一般不超過一毫米），而墨漬藻就像緊貼在葉子表面並滲透到葉子裡面一樣，很難擦除。
誘因：磷酸鹽和硝酸鹽之間的不平衡，磷酸鹽含量過高，同時缺乏二氧化碳是主要誘因。
防治：添加硝酸鉀及二氧化碳有效，同時要停止添加磷酸鹽。硝酸鉀參考用量是每天每升水加1毫克，無效可以加倍。或者把水草拿出來，用稀釋10-20倍的漂白水來擦拭葉子表面，也有一定效果。
NO 13：褐毛藻
好發部位：底床及沉木石頭表面
危害程度：較大
形態特徵：褐毛藻屬於短毛藻科褐毛藻屬的藻類，多見於工業汙染的河道中。顏色多呈黃褐色或棕褐色，長度從數毫米到數釐米不等，質地柔軟但密集程度較高。
誘因：水中硫元素含量過多是最主要的誘因。
防治：停止添加硫酸鹽肥料並加入硝酸鉀有效，石頭及沉木上的褐毛藻可以拿出來用刷子刷掉。
NO 14：水綿
好發部位：底床
危害程度：較小
形態特徵：水綿是水綿屬綠藻的總稱，通常呈現綠色或黃綠色，長度最長可達數釐米。在相對清潔的富營養化水體中非常普遍，在水中呈片或團狀，摸起來手感黏滑。前面提到的發藻是水綿屬中的一種，水綿也可以看成是成團的發藻。
誘因：水中氨氮含量過高，硝酸鹽磷酸鹽含量過高，光線過強均可誘發。
防治：可用牙刷捲走大部分水綿，再放入大量黑殼蝦。某些原生魚如鰟鮍、麥穗也會吃水綿。戊二醛有效，需要連續高濃度應用。
NO 15：短黑毛藻
好發部位：水草葉子表面
危害程度：較大
形態特徵：短黑毛藻也屬於紅藻的一種，多出現在水草葉子表面及邊緣上，顏色為黑色，由眾多的微小顆粒聚集而成，厚度一般不超過一毫米。
誘因：水體硬度過高，鈣鎂比失調。
防治：近距離噴射戊二醛有特效，每天每40升水用5毫升2%濃度的戊二醛，裝在注射器裡近距離噴射長藻的葉子，連用幾天即可見效。另外也可用雙氧水近距離點射，每天每100升水用量為10毫升。