再來，我們來談談理懺的部分。理懺就是實相懺悔，也就是說一個證悟的菩薩行者，他可以實踐實相懺悔，以自己轉依真如體性的方式來懺悔過去的罪業。我們換一個方式來說，什麼叫作實相懺悔？簡單的說，實相懺悔就是一個真實證悟法界實相心的人，他親證了法界實相心而得到真實的轉依；因為他證悟第八識如來藏以後，得以現前觀察第八識如來藏的清淨體性，進而可以轉依於第八識心體的真如法性，這樣懺悔而實踐實相懺悔。但是，這樣的懺悔，必須是要已經證悟明心的菩薩，他才可以有能力這樣如實修習這個實相懺悔法。
如果是還沒有證悟第八識的人，而他只是以文字的內容去理解第八識心體的真如體性的話，他是沒有辦法現前觀察第八識真心；這樣沒有證悟的菩薩，他依於正知見而修習實相懺悔，那只是相似的實相懺悔，功德並不成就。如果是錯悟的人來實行這個實相懺悔，更不可能成就；因為他根本不能現前觀察如來藏的真如法性，因此他也根本沒辦法來成就實相懺悔的功德。
而證悟的菩薩是可以現前觀察，第八識如來藏心體乃是離於三界萬法，沒有一切相，祂是如如不動的清淨體性；既然沒有一切相，當然沒有所謂的持戒、犯戒問題，同時也沒有所謂懺悔的人可說；能夠這樣現前觀察通達這個道理，就叫作實相懺悔。所以，這個實相懺悔能夠滅罪的原理，是因為第八識真心如來藏本身無罪可言。
我們的五陰七轉識會犯戒會有罪，而第八識如來藏無罪，因為證悟了這個真心以後，可以真實轉依第八識如來藏而行，那就可以依於如來藏的無罪性來說清淨；這樣證悟的菩薩，不是以我們的五陰身相應的罪性來當作他的依止，他乃是依止於如來藏的真如法性。
所以，證悟菩薩他知道，這樣實相懺悔得以清淨以後，可是於未來世他還是會與這些惡業因緣來遇到現行；自己因為此世已經實踐實相懺悔，依止於如來藏成功轉依的功德力顯發，藉著這個緣來成就佛道自利利他的增上行。
因為這個惡業種子在未來世現行的時候，也是一個逆增上緣的緣起；菩薩藉這個現行的機會，能夠轉變染惡種子成為善淨種子，對於一切的順逆境界，都可以成就佛事。
因為轉依如來藏這樣的一分功德，一定遠遠超勝於原來所造惡業的勢力；因此，菩薩於悟後能夠這樣隨緣度眾而使得過去無量惡業種子現行，這個就叫作發露；並且能夠因為轉依而心得決定，不再回燻惡業種子回到如來藏當中，這樣我們可以叫作永不復作。如此這兩種統統能夠具足，我們就叫作懺悔。