一條巨獸的尾巴又在波濤海中揮動。
巨獸的出現引起了政府各部門的關注。
他們迅速召開會議，討論到底是消滅還是活捉怪物。
但就在眾人爭論不休時，巨獸卻又從吞川一路逆流而來，造成了許多毀滅性的破壞。
專家們原本表示，巨大的怪獸一旦離開水面，便會被自身的體重壓垮。
可怪物很快就成功登陸。
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隨著他的匍匐前進，紅色物質不斷被排出，沿途的建築也頓時變成了一片廢墟。
首相見狀，迅速讓日本進入戰備狀態，但就在武裝直升機前往怪物所在地時。
原本匍匐前進的巨大怪獸，此時用強壯的後肢站立在了城市中央。
短短的數個小時，怪物便完成了由海裡生物進化成陸地生物。
而此時準備攻擊的武裝直升機，已經到達了攻擊現場。
但考慮到附近還有普通民眾沒有撤離，首相只能無奈暫時下達了停止攻擊的命令。
而此時怪物由於自身熱量過高，無法及時釋放降溫，也迅速回到了海中。
讓日本政府有了喘息的時間，巨災事務局的矢口。
看著災害中被損壞的城市，面對政府的效率深感失望。
於是他另起爐灶召集了一批人，以此成立了體制外的應急小組。
由於排除了體制內的繁文縟節，每個人的工作都變得十分有效。
眾人很快就發現怪物的移動路線上，存在著大量核輻射。
說明怪物的能量很來自核裂變。
而此時，美國總統的特使加代子又找到了矢口。
並指明要他們尋找名叫牧悟郎的生物學教授。
原來，早在很多年之前，牧教授早預測到了巨獸的存在，並將其命名為哥斯拉。
並在日本情報部門的調查下，他們發現牧教授從大學離職後。
便被美國能源部門收入麾下。
幾天前牧教授駕駛遊艇出現在東京灣過。
可隨著巨獸的現身，牧教授也隨即消失不知所蹤。
他只是在那艘無人的遊艇上，留下了一份資料，加代子拿到那份資料後。
便將美方掌握的資料交給了，矢口研究小組。
這才知道了哥斯拉誕生的原因。
原來，人類在六十年前開始隨意丟棄核廢料，而古老海洋生物的哥斯拉。
卻誤食了大量核廢料，並逐漸在輻射中變異。
之後加代子又拿出了牧教授，在遊艇上留下的那份研究資料。
雖然眾人暫時還無法對其進行破譯，但他們還是發現哥斯拉。
居然有人類八倍的遺傳基因信息，而且是不需要遺傳進化。
完全可以自我進化的先進生物。
而隨著研究的深入，他們也得出了哥斯拉的弱點。
哥斯拉的散熱，僅靠背鰭肯定遠遠不夠，所以哥斯拉的冷卻系統，是血液的性很高。
只要他們向哥斯拉體內投入，血液凝固劑，就能將哥斯拉凍結起來。
但就在眾人開始商討凍結計劃時，已進化到第四形態的哥斯拉卻再次上岸。
它現在的體型變成了之前的兩倍，樣貌也發生了徹底的改變。
而眼看哥斯拉不斷向首都東京前進，日本首相隨即就下達了攻擊命令。
自衛隊利用直升機的機炮進行了攻擊，結果打完了一萬六千發子彈。
哥斯拉卻毫髮無傷。
於是，自衛隊又改用飛彈進行攻擊，依然沒有任何效果。
眼看空中打擊毫無成果，地面部隊又迅速開始行動。
在一陣炮火連續的攻擊之下，哥斯拉終於停止了前進。
指揮部發現攻擊有效果，並迅速讓戰機從空中對其進行轟炸。
可沒想到卻激怒了哥斯拉，他直接在煙塵中拆毀了一座大橋。
甩向了在河對岸攻擊的坦克部隊。
在巨大的震動中，前線指揮部被摧毀，防禦圈也隨即失效。
而哥斯拉繼續向著東京一路挺進。
首相見狀便準備向美國請求軍事援助。
可日本政府很快發現，美國為了保護他們的大使館，早已命令轟炸機群從關島起飛。
而且美軍的轟炸地區，遠比哥斯拉造成的毀滅範圍更廣。
日本政府只能迅速，讓還沒來得及疏散的民眾前往地下避難。
而此時美軍的轟炸機群，已經到達了東京上空，他們隨即就向哥斯拉投放了。
巨型鑽地彈，遭到攻擊的哥斯拉背部撕裂，很快就鮮血直流。
但哥斯拉憤怒的嚎叫過後，受傷的背鰭卻逐漸癒合，並且發出了耀眼的紫色光芒。
似乎是人類的行為徹底激怒了超級怪獸，他開始積聚能量，低頭向整個東京市區。
噴射了帶有輻射物質的高溫火焰，然而報復依然不能讓他滿意。
隨後，火焰就變成了高能射線，迅速擊落了一架隱形轟炸機。
美軍見狀，隨即又投下了另一種先進炸彈，哥斯拉則熄滅了嘴裡的射線。
用背鰭釋放出了幾十道高能射線，轟炸機與炸彈瞬間就被火光吞沒。
緊接著，哥斯拉再次從嘴裡噴射出了高能射線。
整座城市轉眼間就被刺眼的光束橫掃。
無數高樓大廈被攔腰截斷，首相與幾位大臣也在這場毀滅中全部遇難。
之後耗盡了能量的哥斯拉，便站立在城市中央進入了休眠狀態。
由於政府的主要內閣成員盡數遇害，農林水產大臣臨危受命成為了臨時首相。
而矢口則繼續帶領自己的研究小隊，準備儘快落實他們的凍結計劃。
此時再加代子的建議下，美國的調查團也加入了矢口的研究小組。
他們很快就對哥斯拉掉落的背鰭，進行了採樣分析。
結果發現，哥斯拉不僅可以無性繁殖，
還能隨意控制自身軀體的大小。
美方調查團發現哥斯拉如此恐怖，便迅速上報了他們的發現。
美軍也隨即決定對哥斯拉進行核打擊。
而由於哥斯拉已經造成了全球的恐慌，聯合國便批准了美國使用核彈的決定。
可對於核彈有著深深恐懼的日本人來說，結局讓他們無法接受。
作為美國總統特使的加代子也拋棄了，自己的仕途選擇。
留在故土奮戰到底，而矢口則決定在核打擊之前，完成他們的凍結計劃。
另一邊，日本政府已經開始緊急撤離360萬的東京市民。
讓他們儘快離開即將受到核打擊的土地。
而研究小組則很快發現了，牧教授的妻子死於輻射導致的癌症。
牧教授非常痛恨核研究，並在尋找將放射性物質，變得無害的方法。
接著眾人又從牧教授留下了一隻千紙鶴中。
得到啟發，他們意識到那份研究圖紙並不能展開來看。
而是需要像千紙鶴那樣將圖紙折迭。
眾人以此發現了讓他們震驚的真相。
原來哥斯拉並不是以放射性物質獲取能量，他只需要水和空氣就能產生核反應。
也是牧教授研究的重點。
矢口也意識到，哥斯拉的存在不只是人類的威脅。
他同時也能為人類，提供另一種能源的轉化方式。
藉助國際上的超級計算機群，研究小組又成功對圖紙進行了解析。
他們也順利得到了可以抑制，哥斯拉細胞膜的嗜級端菌的分子結構。
只要將這種抑制劑加入血液凝固劑，他們就可以將哥斯拉凍結起來。
由於核打擊幾天後就會來臨時，矢口邊迅速開始了他們的凍結計劃。
無人駕駛的新幹線炸彈列車，首先將哥斯拉強勢喚醒。
緊接著再加代子的安排下，美國的無人機群又向哥斯拉發起了攻擊。
哥斯拉憤怒之下，直接利用背鰭的高能射線開始反擊。
在消滅了幾波無人機後，能量有所下降的哥斯拉。
又從嘴裡和尾部發射高能射線，所幸無人機群數量眾多，哥斯拉的能量逐漸被耗盡。
於是矢口又迅速下令引爆哥斯拉附近的高樓，哥斯拉也隨即被四周的鋼筋水泥吞沒。
此時在附近等待的一號小組，抓緊時間向哥斯拉口中注射了凝血劑。
但他們才注入了30%。
哥斯拉變積聚起能量，將一號小組瞬間摧毀，並隨即站了起來。
矢口見狀，只能迅速派出了所有的無人電車炸彈。
還沒來得及喘息的哥斯拉，在無人電車爆炸攻擊中倒下。
於是剩下的二號與三號小組同時衝了上去，繼續向哥斯拉口中注射凝血劑。
很快所有凝血劑，便被成功注入了哥斯拉的體內。
雖然哥斯拉之後再度站了起來，但他只發出了一聲痛苦的呻吟。
便瞬間被凍在了原地。
最終時刻的凍結計劃成功控制住了哥斯拉。
而經過小組分析，哥斯拉造成的輻射會在兩三年內消退。
東京的難民們很快便能回歸故土。
而眼看著事態逐漸平息，臨時首相也帶著內閣成員集體辭職。
而矢口這樣的實幹家隨即就被寄予厚望。
矢口則將牧教授留下的研究數據，共享給了全世界。
人類或許可以從哥斯拉的身上，拓展出物理的新發現。